Ο ναός της Αγίας Κυριακής βρίσκεται στις όχθες του ποταμού Μουσέλα, που τροφοδοτείται από τις πλούσιες πηγές της Αργυρούπολης. Αποτελεί το αποτέλεσμα της μετατροπής ενός υστερορωμαϊκού λουτρού σε εκκλησία κατά τον 9ο αιώνα. Ο ναός καταλαμβάνει τον κυρίως χώρο του λουτρού, που ήταν κτισμένος με πλίνθους, και έχει επεκταθεί με την προσθήκη της αψίδας του ιερού βήματος.

Στη συνοικία Μπαροτσιανά της Αργυρούπολης βρίσκεται ο ναός της Παναγίας της Μπαροτσιανής, ένας μονόχωρος ναός του 13ου αιώνα, στον οποίο έχει προστεθεί μεταγενέστερα παρεκκλήσι του Αγίου Αντωνίου. Το τοπωνύμιο προέρχεται από την Ενετική οικογένεια των Barozzi που είχε την περιοχή ως φέουδό της.

Ο Άγιος Γεώργιος στον Αρτό είναι μικρός, μονόχωρος και καμαροσκέπαστος, όπως και οι περισσότεροι Βυζαντινοί ναοί της Κρητικής υπαίθρου, και φέρει σταυρό από στρογγυλά πινάκια πάνω από την είσοδό του. Αυτό που τον κάνει να ξεχωρίζει όμως είναι οι σημαντικές τοιχογραφίες στο εσωτερικό του που χρονολογούνται στο 1401.

Ο ναός της Παναγίας στις Σαϊτούρες είναι αφιερωμένος στη Γέννηση της Θεοτόκου και είναι κτισμένος στην είσοδο του σημερινού χωριού. Φέρει τοιχογραφίες του 13ου-14ου αιώνα, ανάμεσα στις οποίες ξεχωρίζουν αναπαραστάσεις με κολασμένους. Η εικονογράφηση πρέπει να έγινε από ντόπιο καλλιτέχνη, όπως δείχνει ο επαρχιακός τύπος τοιχογραφιών.

Η Μονή Προφήτη Ηλία Ρουστίκων βρίσκεται σε ένα ψηλό λόφο με πανοραμική θέα, 20km νότια του Ρεθύμνου, δίπλα στο χωριό Ρούστικα. Είναι ένα σχετικά άγνωστο μοναστήρι της Κρήτης, παρόλο που έχει ιδρυθεί από την εποχή της Ενετοκρατίας και είναι από τα ιστορικότερα στο νησί.

Η γυναικεία μονή του Σωτήρος Χριστού είναι κτισμένη στον λόφο του Τιμίου Σταυρού, στο προάστιο του Κουμπέ Ρεθύμνου. Η μονή πιθανόν ιδρύθηκε κατά την Ενετοκρατία, όπως κι όλα τα υπόλοιπα μοναστήρια και ναοί της περιοχής, αλλά δεν υπάρχουν στοιχεία.

Η μονή της Αγίας Αναστασίας της Ρωμαίας, η πρώτη στην Ελλάδα μονή αφιερωμένη σε αυτήν, ιδρύθηκε το 2008 και άρχισε τη λειτουργία της τον Ιούλιο του 2009. Εκτός από τον κύριο ναό της Αγίας Αναστασίας που εορτάζει στις 29 Οκτωβρίου, υπάρχει το παρεκκλήσι του Αγίου Κοσμά του Αιτωλού.

Η Μονή Αγίας Ειρήνης είναι σκαρφαλωμένη σε υψόμετρο 260m στους πρόποδες του όρους Βρύσινα, περίπου 5km νότια του Ρεθύμνου. Είναι γυναικείο μοναστήρι κι ένα από τα παλαιότερα της Κρήτης, χτισμένο πριν το 1362.

Η μονή του Αγίου Παύλου βρίσκεται στον οικισμό του Γάλλου, κοντά στο Πανεπιστήμιο Κρήτης. Η αναστηλωμένη σήμερα μονή, για την οποία δεν διασώζονται πληροφορίες για την ιστορία της, αποτελεί μετόχι της Μονής Αρκαδίου.

Ο δίκλιτος ναός της Αγίας Παρασκευής και του Αγίου Παντελεήμονος στον Κάστελο έχει όμορφο πέτρινο τέμπλο και αποτελεί καθολικό πρώην μοναστηριού. Η μονή ήταν κτισμένη σε ένα πανέμορφο μέρος με δέντρα ιδανικό για μια εξόρμηση.

Η μονή Παναγίας Αντιφωνήτριας βρίσκεται μέσα στο χωριό Μυριοκέφαλα, 29km νοτιοδυτικά του Ρεθύμνου. Το μοναστήρι δεν λειτουργεί πλέον και ανήκει στα αρχαιότερα μοναστήρια της Κρήτης, καθώς λέγεται ότι ιδρύθηκε τον 11ο αιώνα από τον Άγιο Ιωάννη τον Ξένο. Ο Ιωάννης είναι πολύ γνωστός για την ίδρυση μονυδρίων σε όλη την Κρήτη.

Η μονή Χαλεβή βρίσκεται περίπου 12km νότια του Ρεθύμνου, στο δρόμο προς το Χρωμοναστήρι. Είναι ακόμη ένα Ενετικό μοναστήρι της Κρήτης, το οποίο είναι ερειπωμένο και αξίζει να αναστηλωθεί.

<pΑν και οι παλαιότερες μαρτυρίες για τη μονή Αυγουστιανών μοναχών, ένα από τα πιο σημαντικά μοναστικά καθιδρύματα των βενετών, ανάγονται στο β’ μισό του 16ου αιώνα, εν τούτοις είναι σχεδόν βέβαιο ότι η μονή ιδρύθηκε σε αρκετά πρωιμότερη περίοδο. Σήμερα είναι γνωστό ως Νερατζέ Τζαμί.

Στο προάστιο Τρία Μοναστήρια του Ρεθύμνου, ακριβώς απέναντι από την είσοδο του Δημοτικού Κοιμητηρίου της πόλης, βλέπουμε ένα ερειπωμένο πετρόκτιστο κτίριο με μια μικρή εκκλησία στη σκεπή του, μέσα σε έναν όμορφο ελαιώνα.

Ο δίκλιτος ναός της Παναγίας της Κατωχωριανής ή Λεβαδιώτισσας στα Ρούστικα είναι αφιερωμένος στην Κοίμηση της Θεοτόκου και στην Μεταμόρφωση του Σωτήρος. Ιδρύθηκε πιθανόν τον 12ο αιώνα ως μονόκλιτος ναός της Παναγίας και σ’ αυτόν προσαρτήθηκε δεύτερο κλίτος και κωδωνοστάσιο το 1627.

Ο Άγιος Ευτύχιος αποτελεί ένα από τους αρχαιότερους ναούς σε ολόκληρη την Κρήτη και είναι κόσμημα για την ευρύτερη περιοχή. Ο ναός πρόσφατα έτυχε συντήρησης από την αρχαιολογική υπηρεσία και σήμερα είναι ανοικτός στο κοινό. Ο ναός κτίστηκε στην Μεσοβυζαντινή περίοδο αλλά υπήρχε ήδη κτίσμα στον χώρο του ναού ήδη από τον 3ο μ.Χ. αιώνα τμήματα του οποίου ενσωμάτωσε αργότερα ο ναός.

Ο σπηλαιώδης ναός της Αγίας Δύναμης βρίσκεται στην Αργυρούπολη. Μέσα σε αυτόν υπάρχει η τεράστια πηγή της Άγιας Δύναμης από όπου υδρεύεται σχεδόν όλο το Ρέθυμνο. Εντός του ναού υπήρχε ένα εντυπωσιακό ψηφιδωτό του Χριστού, το οποίο έχει αντικατασταθεί με μία απλή εικόνα και έχει μεταφερθεί στο μουσείο του Ρεθύμνου.

Ο ναός της Παναγίας βρίσκεται στο κέντρο του χωριού Κυριάννα και είναι αφιερωμένος στην κοίμηση της Θεοτόκου. Ο αρχικός ναός (11ος αιώνας) ήταν σταυροειδής με τρούλο και έμοιαζε με τον Άγιο Παύλο των Σφακίων. Λέγεται ότι ιδρύθηκε από τον Άγιο Ιωάννη τον Ξένο, από τον οποίο ίσως πήρε το όνομα του το χωριό (Άη Κυρ Γιάννης => Κυριάννα)

Ένας από τους πιο άγνωστους και πιο όμορφους ταυτόχρονα είναι ο Άγιος Αντώνιος στα Ρούστικα Ρεθύμνου. Χτισμένος στην καρδιά του κυπαρισσόδασους που περιβάλλει το Ρουστικιανό φαράγγι και κρυμμένος στην οργιώδη βλάστηση κρατά καλά κρυμμένα τα μυστικά του.

Στη ρίζα του απότομου και επιβλητικού όρους Κρυονερίτη στο νότιο Ρέθυμνο βρίσκεται το γραφικό και καταπράσινο χωριουδάκι Αλώνες. Το όνομά του το έχει πάρει από το σχήμα του που θυμίζει ένα τεράστιο αλώνι. Στην πλατεία του χωριού κάτω από ένα αιωνόβιο πλάτανο βρίσκεται το όμορφο και ταυτόχρονα ταπεινό εκκλησάκι του Αγίου Ονούφριου.