Ο σημερινός ναός της Κυρίας των Αγγέλων ή «Μικρή Παναγία» στα ανατολικά της Παλιάς Πόλης του Ρεθύμνου, σε αντιπαραβολή με τη «Μεγάλη Παναγία», δηλαδή το μητροπολιτικό ναό του Ρεθύμνου, κτίστηκε τα τελευταία χρόνια της Ενετοκρατίας και ήταν αφιερωμένη στην Αγία Μαρία Μαγδαληνή του τάγματος των Δομηνικανών.

Ο νεοκλασικός ναός του Αγίου Αντωνίου στην παλιά πόλη του Ρεθύμνου ανήκει στο καθολικό δόγμα. Κατασκευάστηκε το 1890, όπως αναφέρει σχετική επιγραφή στην είσοδο, και κτίστηκε για να καλύψει τις ανάγκες των καθολικών χριστιανών της πόλης.

Το Τζαμί του Καρα Μουσά Πασά στο Ρέθυμνο πήρε το όνομά του από τον ναύαρχο των Τούρκικων δυνάμεων κατάληψης του Ρεθύμνου, το έτος 1646. Στο σημείο αυτό, ήδη από την Ενετοκρατία, λειτουργούσε η μονή της Αγίας Βαρβάρας

Η μικρή εκκλησία της Αγίας Αικατερίνης είναι σύγχρονος ναός και βρίσκεται μέσα στο φρούριο της Φορτέτσας στο Ρέθυμνο . Κτίστηκε τον 19ο αιώνα με υλικά από το φρούριο πολύ κοντά στο σημείο που βρίσκεται το τζαμί του Ιμπραήμ Χαν. Το καμπαναριό προστέθηκε το 1985.

Ο ναός της προστάτιδας του Ρεθύμνου, Αγίας Βαρβάρας, βρίσκεται κοντά στη Μεγάλη Παναγία και εορτάζει στις 4 Δεκεμβρίου. Ο ναός ιδρύθηκε το 1885 στη θέση παλαιότερου ναού, πιθανότατα αφιερωμένου στην ίδια αγία, που εμφανίζεται σε χάρτες του 1613.

Ο μεγάλος ναός των Τεσσάρων Μαρτύρων βρίσκεται νότια από τα τείχη της παλιάς πόλης. Είναι αφιερωμένος στους νεομάρτυρες κρυπτοχριστιανούς Αγγελή, Μανουήλ, Γεώργιο και Νικόλαο από τις Μέλαμπες, οι οποίοι μαρτύρησαν κοντά στο σημείο το 1824.

Ο μιναρές από το τζαμί της Τουρχάν Χαντιτζέ δεσπόζει ακόμη στην κεντρική πλατεία του Ρεθύμνου. Η Τουρχάν Χαντιτζέ ανήκε στο χαρέμι του σουλτάνου Ιμπραήμ (1640-1648) και έγινε βασιλομήτωρ (valide sultan) το 1648, όταν έγινε σουλτάνος ο γιος της, Μεχμέτ Δ’.

Στη γωνία των οδών Π. Κορωναίου και Σμύρνης βρισκόταν ο ναός της Αγίας Σοφίας. Πρόκειται για μια δίκλιτη εκκλησία με ένα ενιαίο εσωτερικά χώρο που καλύπτεται από δυο οξυκόρυφους θόλους.

Ο μητροπολιτικός ναός της Μεγάλης Παναγιάς στο Ρέθυμνο είναι αφιερωμένος στα Εισόδια της Θεοτόκου (εορτ. 21 Νοεμβρίου). Το αρχικό κτίριο ήταν τρίκλιτη βασιλική με το μεσαίο κλίτος αφιερωμένο στα Εισόδια της Παναγίας και τα άλλα δύο στους Τρεις Ιεράρχες και στους Αγίους Αποστόλους.

Στη δυτική πλευρά του επιβλητικού κάστρου της Φορτέτσας στο Ρέθυμνο και πάνω από τη θάλασσα βρίσκεται ο σπηλαιώδης ναός του Αγίου Σπυρίδωνος στο Σκίερο (εορτ. 11 Αυγούστου και 12 Δεκεμβρίου). Ο ναός χρονολογείται στον ύστερο 16ο αιώνα και αποτελεί έναν από τους παλαιότερους ναούς της πόλης του Ρεθύμνου που διασώζονται.

Η γυναικεία μονή του Σωτήρος Χριστού είναι κτισμένη στον λόφο του Τιμίου Σταυρού, στο προάστιο του Κουμπέ Ρεθύμνου. Η μονή πιθανόν ιδρύθηκε κατά την Ενετοκρατία, όπως κι όλα τα υπόλοιπα μοναστήρια και ναοί της περιοχής, αλλά δεν υπάρχουν στοιχεία.

Το Αρχαιολογικό Μουσείο στεγάζεται προσωρινά στη βασιλική του Αγίου Φραγκίσκου στο κέντρο της παλιάς πόλης του Ρεθύμνου. Τα εκθέματα του προέρχονται από διάφορες ανασκαφές στο νομό και αντιπροσωπεύουν όλες τις περιόδους,από τη νεολιθική εποχή έως τα χρόνια της ρωμαιοκρατίας.

Η μονή του Αγίου Παύλου βρίσκεται στον οικισμό του Γάλλου, κοντά στο Πανεπιστήμιο Κρήτης. Η αναστηλωμένη σήμερα μονή, για την οποία δεν διασώζονται πληροφορίες για την ιστορία της, αποτελεί μετόχι της Μονής Αρκαδίου.

<pΑν και οι παλαιότερες μαρτυρίες για τη μονή Αυγουστιανών μοναχών, ένα από τα πιο σημαντικά μοναστικά καθιδρύματα των βενετών, ανάγονται στο β’ μισό του 16ου αιώνα, εν τούτοις είναι σχεδόν βέβαιο ότι η μονή ιδρύθηκε σε αρκετά πρωιμότερη περίοδο. Σήμερα είναι γνωστό ως Νερατζέ Τζαμί.

Το Τέμενος Μασταμπά, με την ιδιάζουσα αρχιτεκτονική των 9 τρούλων, τα συνεχόμενα κελιά, το «Ηγουμενείο» και τον περιβάλλοντα χώρο του αποτελεί αυτό καθ’ αυτό μνημείο της πόλης του Ρεθύμνου. Έχει παραχωρηθεί στο Μ.Γ.Φ.Ι. με απόφαση του Υπουργείου Πολιτισμού. Μετά την ολοκλήρωση της αναστήλωσης και την εκτέλεση της σχετικής μουσειολογικής μελέτης, λειτουργεί ως Παλαιοντολογικό Μουσείο Ρεθύμνου – Γουλανδρή Φ.Ι.

Ο ναός του Αγίου Γεωργίου της Γρότα (Grotta) είναι μικρός μονόχωρος ναός που βρίσκεται σε στενό αδιέξοδο στην παλιά πόλη του Ρεθύμνου και χρονολογείται στον 16ο αιώνα. Η ταύτιση του σημερινού ναού με τον ομώνυμο ναό των Ενετικών αρχείων δεν είναι βέβαιη, καθώς στην πόλη υπήρχαν τρεις ναοί αφιερωμένοι στον Άγιο Γεώργιο.

Το τζαμί του Ιμπραήμ Χαν βρίσκεται σχεδόν στο κέντρο της επιβλητικής Φορτέτσας στο Ρέθυμνο. Το κτίριο κτίστηκε το 1583, δηλαδή κατά την Ενετοκρατία, και λειτούργησε ως χριστιανικός ναός αφιερωμένος στον Άγιο Νικόλαο.