Ο σημερινός ναός της Κυρίας των Αγγέλων ή «Μικρή Παναγία» στα ανατολικά της Παλιάς Πόλης του Ρεθύμνου, σε αντιπαραβολή με τη «Μεγάλη Παναγία», δηλαδή το μητροπολιτικό ναό του Ρεθύμνου, κτίστηκε τα τελευταία χρόνια της Ενετοκρατίας και ήταν αφιερωμένη στην Αγία Μαρία Μαγδαληνή του τάγματος των Δομηνικανών.

Ο νεοκλασικός ναός του Αγίου Αντωνίου στην παλιά πόλη του Ρεθύμνου ανήκει στο καθολικό δόγμα. Κατασκευάστηκε το 1890, όπως αναφέρει σχετική επιγραφή στην είσοδο, και κτίστηκε για να καλύψει τις ανάγκες των καθολικών χριστιανών της πόλης.

Το Τζαμί του Καρα Μουσά Πασά στο Ρέθυμνο πήρε το όνομά του από τον ναύαρχο των Τούρκικων δυνάμεων κατάληψης του Ρεθύμνου, το έτος 1646. Στο σημείο αυτό, ήδη από την Ενετοκρατία, λειτουργούσε η μονή της Αγίας Βαρβάρας

Η μικρή εκκλησία της Αγίας Αικατερίνης είναι σύγχρονος ναός και βρίσκεται μέσα στο φρούριο της Φορτέτσας στο Ρέθυμνο . Κτίστηκε τον 19ο αιώνα με υλικά από το φρούριο πολύ κοντά στο σημείο που βρίσκεται το τζαμί του Ιμπραήμ Χαν. Το καμπαναριό προστέθηκε το 1985.

Ο ναός της προστάτιδας του Ρεθύμνου, Αγίας Βαρβάρας, βρίσκεται κοντά στη Μεγάλη Παναγία και εορτάζει στις 4 Δεκεμβρίου. Ο ναός ιδρύθηκε το 1885 στη θέση παλαιότερου ναού, πιθανότατα αφιερωμένου στην ίδια αγία, που εμφανίζεται σε χάρτες του 1613.

Ο μεγάλος ναός των Τεσσάρων Μαρτύρων βρίσκεται νότια από τα τείχη της παλιάς πόλης. Είναι αφιερωμένος στους νεομάρτυρες κρυπτοχριστιανούς Αγγελή, Μανουήλ, Γεώργιο και Νικόλαο από τις Μέλαμπες, οι οποίοι μαρτύρησαν κοντά στο σημείο το 1824.

Ο μιναρές από το τζαμί της Τουρχάν Χαντιτζέ δεσπόζει ακόμη στην κεντρική πλατεία του Ρεθύμνου. Η Τουρχάν Χαντιτζέ ανήκε στο χαρέμι του σουλτάνου Ιμπραήμ (1640-1648) και έγινε βασιλομήτωρ (valide sultan) το 1648, όταν έγινε σουλτάνος ο γιος της, Μεχμέτ Δ’.

Στη γωνία των οδών Π. Κορωναίου και Σμύρνης βρισκόταν ο ναός της Αγίας Σοφίας. Πρόκειται για μια δίκλιτη εκκλησία με ένα ενιαίο εσωτερικά χώρο που καλύπτεται από δυο οξυκόρυφους θόλους.

Ο μητροπολιτικός ναός της Μεγάλης Παναγιάς στο Ρέθυμνο είναι αφιερωμένος στα Εισόδια της Θεοτόκου (εορτ. 21 Νοεμβρίου). Το αρχικό κτίριο ήταν τρίκλιτη βασιλική με το μεσαίο κλίτος αφιερωμένο στα Εισόδια της Παναγίας και τα άλλα δύο στους Τρεις Ιεράρχες και στους Αγίους Αποστόλους.

Στη δυτική πλευρά του επιβλητικού κάστρου της Φορτέτσας στο Ρέθυμνο και πάνω από τη θάλασσα βρίσκεται ο σπηλαιώδης ναός του Αγίου Σπυρίδωνος στο Σκίερο (εορτ. 11 Αυγούστου και 12 Δεκεμβρίου). Ο ναός χρονολογείται στον ύστερο 16ο αιώνα και αποτελεί έναν από τους παλαιότερους ναούς της πόλης του Ρεθύμνου που διασώζονται.

Ο Κουμπές βρίσκεται 2 χλμ δυτικά του κέντρου του Ρεθύμνου και αποτελεί ουσιαστικά τη μόνη παραλία στα δυτικά της πόλης. Έχει υπέροχη θέα στο επιβλητικό φρούριο της Φορτέτσας, που βρίσκεται λίγες εκατοντάδες μέτρα ανατολικότερα. Το όνομα προέρχεται από την Τουρκική λέξη Kubbe που σημαίνει «τρούλος», προφανώς από κάποιο τοπικό κτίριο.

Η παραλία του Ρεθύμνου βρίσκεται μόλις 1 χλμ ανατολικά του κέντρου της πόλης, δίπλα στο ενετικό λιμάνι της πόλης και τον μοναδικό φάρο. Είναι μια υπέροχη παραλία με χρυσή άμμο και πεντακάθαρα ρηχά νερά, πάρα πολύ καλά οργανωμένη και δίπλα σε όλες τις ανέσεις της πόλης.

Το όμορφο Γαλλιανό φαράγγι ξεκινάει νοτιοανατολικά του Γάλλου και καταλήγει μέσα στην πόλη του Ρεθύμνου. Έχει μήκος 5.5km και η πορεία γίνεται κατά μήκος της καταπράσινης ρεματιάς.

Ο φάρος του Ενετικού Λιμανιού του Ρεθύμνου αποτελεί τον δεύτερο σε μέγεθος εναπομείναντα Αιγυπτιακό Φάρο της Κρήτης, μετά από το φάρο των Χανίων. Βρίσκεται στην άκρη της παλιάς προβλήτας του Ρεθύμνου και η πρόσβαση είναι πολύ εύκολη.

Η γυναικεία μονή του Σωτήρος Χριστού είναι κτισμένη στον λόφο του Τιμίου Σταυρού, στο προάστιο του Κουμπέ Ρεθύμνου. Η μονή πιθανόν ιδρύθηκε κατά την Ενετοκρατία, όπως κι όλα τα υπόλοιπα μοναστήρια και ναοί της περιοχής, αλλά δεν υπάρχουν στοιχεία.

Το Αρχαιολογικό Μουσείο στεγάζεται προσωρινά στη βασιλική του Αγίου Φραγκίσκου στο κέντρο της παλιάς πόλης του Ρεθύμνου. Τα εκθέματα του προέρχονται από διάφορες ανασκαφές στο νομό και αντιπροσωπεύουν όλες τις περιόδους,από τη νεολιθική εποχή έως τα χρόνια της ρωμαιοκρατίας.

Ιδρύθηκε το 1974 και στεγάζεται σε βενετσιάνικο κτήριο του 17ου αιώνα. Αποτελεί ένα θαυμάσιο δείγμα αστικής κατοικίας της τελευταίας φάσης της Βενετοκρατίας στην Κρήτη, σε ρυθμό αναγεννησιακό.

Βρίσκεται στη καρδιά της παλιάς πόλης του Ρεθύμνου, κάτω από το ενετικό τείχος και αρχαιολογικό μουσείο και στεγάζεται σε ένα ενετικό κτίριο που αποτέλεσε στις αρχές του 20ου αιώνα και μέχρι τη δεκαετία του 70΄,

Η παλιά πόλη του Ρεθύμνου αποτελεί διατηρητέα Αναγεννησιακή πόλη που διαθέτει στοιχεία τόσο από την Ενετοκρατία όσο και από την Τουρκοκρατία. Στην πόλη υπάρχουν οι αγορές της οδού Αρκαδίου και της οδού Αντιστάσεως. Πάνω από την παλιά πόλη υψώνεται το φρούριο της Φορτέτζας. Στα γραφικά στενά της περιοχής στεγάζονται και ταβέρνες με παραδοσιακή μουσική.