Το Μουσείο – Κέντρο Έρευνας και Μελέτης του Μικρασιατικού Πολιτισμού του νομού Χανίων εγκαινιάστηκε το 2019 από την Αδελφότητα Μικρασιατών Χανίων “Ο Αγιος Πολύκαρπος” εις μνήμην της Άννας Νικολιδάκη, σε ακίνητο που παραχώρησε η μονή Αγίας Τριάδας Τζαγκαρόλων.

Το Λαογραφικό και Ιστορικό Μουσείο Νεάπολης στεγάζεται από το 2016 στο κτίριο του πρώτου Γυμνασίου της Νεάπολης και φορέας διαχείρισής του είναι η Πολιτιστική Λαογραφική Εταιρεία Απάνω Μεραμπέλλου. Η έκθεσή του αποτελείται από κειμήλια της πολιτισμικής παράδοσης της επαρχίας Μεραμβέλου που αφορούν την καθημερινή ζωή μετά τον 19ο αιώνα.

Το Μουσείο Ιστορίας της Ταφής αποτελεί έναν πολύ ιδιαίτερο χώρο του Ηρακλείου. Στεγάζεται στο διώροφο οστεοφυλάκιο του παλαιού κοιμητηρίου των Αγίων Κωνσταντίνου και Ελένης, το οποίο χρονολογείται από το 1890 και παρουσιάζει την ιστορία της ταφής από τη μινωική εποχή ως και σήμερα.

Το μουσείο είναι ένα από τα δύο μουσεία κέρινων ομοιωμάτων που υπάρχουν στην Ελλάδα και είναι μια ιδιωτική πρωτοβουλία του γλύπτη Διονύση Ποταμιάνου. Βρίσκεται στα Ζωνιανά Μυλοποτάμου, στους βόρειους πρόποδες του Ψηλορείτη.

Ένας από τους μαρτυρικούς τόπους είναι και τα Περβόλια των Εννιά Χωριών Κισάμου, από όπου κατάγεται και είχε το Αρχηγείο του ο οπλαρχηγός Αναγνώστης Σκαλίδης, ο οποίος δικαίως ονομάσθηκε ο Καραϊσκάκης της Κρήτης.

Το μουσείο λειτουργεί από το 1967 και ιδρύθηκε από το Σωματείο Αγωνιστών Εθνικής Αντίστασης – Ομάδες Μπαντουβά. Στεγάζεται στο σημερινό στρατολογικό γραφείο Ηρακλείου, το οικόπεδο του οποίου ανήκε στον αντάρτη της Εθνικής Αντίστασης, καπετάν Μανώλη Μπαντουβά.

Το μουσείο Εθνικής Αντίστασης του 1941-1945 βρίσκεται στην είσοδο του χωριού. Τα εγκαίνια του Μουσείου έγιναν το Μάιο του 2003 και παραμένει ανοικτό κάθε μέρα χάρη στην εθελοντική προσφορά μιας κοπέλας.

Η συλλογή του Στρατιωτικού Μουσείου Ρεθύμνου βρίσκεται στο Χρωμοναστήρι και περιλαμβάνει στρατιωτικές στολές, όπλα διαφόρων εποχών, παράσημα, ιστορικά κειμήλια από το 1821 και μετά, έκθεση για το Μακεδονικό Αγώνα, βιβλιοθήκη και αίθουσες συνεδριάσεων.

Το ιδιωτικό μουσείο ανήκει στον Γεώργιο Χατζηδάκη ο οποίος βίωσε με δραματικό τρόπο τη Γερμανική Κατοχή. Με το τέλος του πολέμου ξεκίνησε να μαζεύει με πάθος κάθε απομεινάρι της μάχης για να καταφέρει να διατηρήσει ζωντανές τις μνήμες της περιόδου αυτής.

Το Αργυράκειο Πολεμικό και Εθνολογικό Μουσείο στεγάζει μια πολύ σημαντική πολεμική συλλογή του ιδρυτή του Μιχάλη Αργυράκη στην Επισκοπή Πεδιάδος. Παρουσιάζονται οικογενειακά κειμήλια, στρατιωτικός εξοπλισμός από τον Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο, φωτογραφίες και έγγραφα.

Το Ιστορικό Μουσείο Βοριζίων «Ο Σπήλιος» βρίσκεται στο χωριό Βορίζια του Ηρακλείου και φιλοξενείται σε σπηλιά πάνω από το χωριό, όπου μέχρι και την ίδρυσή του χρησιμοποιούνταν για τυροκομία. Το μουσείο εγκαινιάστηκε στις 16 Αυγούστου 2014.

Στο μουσείο, εκτός από τη σημαία του κινήματος, εκτίθενται προσωπικά αντικείμενα του Ελευθερίου Βενιζέλου, το απολυτήριο του από το «Βασιλικόν Γυμνάσιον Σύρου» το 1880, πλούσιο φωτογραφικό και αρχειακό υλικό, εφημερίδες της εποχής, στολές και άλλα σημαντικά κειμήλια.

Το Μουσείο λειτουργεί από το 1968 και εγκαινιάστηκε το Σεπτέμβριο του 1993. Στεγάζεται σε κτίριο που αποτελεί χαρακτηριστικό δείγμα τοπικής παραδοσιακής αρχιτεκτονικής και αναπτύσσεται σε δύο επίπεδα.

Ιδρύθηκε το 1974 και στεγάζεται σε βενετσιάνικο κτήριο του 17ου αιώνα. Αποτελεί ένα θαυμάσιο δείγμα αστικής κατοικίας της τελευταίας φάσης της Βενετοκρατίας στην Κρήτη, σε ρυθμό αναγεννησιακό.

Το πατρικό του Ελευθερίου Βενιζέλου στη Χαλέπα Χανίων αποτέλεσε τη στέγη της ζωής του επί 30 και πλέον χρόνια, από το 1880 μέχρι το 1910 και αργότερα κατά διαστήματα από το 1927 μέχρι το 1935.

Ένα ζωντανό μουσείο ιστορικής μνήμης που αξίζει να δει κανείς και πραγματικής καταγραφής των βασάνων που τράβηξε ο Ελληνικός λαός κατά τη διάρκεια της Γερμανικής Κατοχής, είναι το καταφύγιο στον Πλατανιά.

Στο χωριό Έξω Λακώνια από το 2005 λειτουργεί μια εξαιρετική έκθεση κλασικών οχημάτων με πάνω από 110 ιστορικά οχήματα ιδιαίτερου συλλεκτικού ενδιαφέροντος από όλη την Κρήτη. Στο χώρο του Παγκρήτιου Συλλόγου Οχημάτων Εποχής λειτουργεί και μόνιμη έκθεση παλιάς φωτογραφίας αυτοκινήτων και μοτοσικλετών.

Σε υψόμετρο 450μ., 14 χλμ νότια από τη πόλη των Χανίων, βρίσκεται ο οικισμός Αχλάδες,ένα μικρό χωριουδάκι που κατοικούν μόνιμα ελάχιστοι κάτοικοι. Στο χωριουδάκι αυτό, σε ένα ξέφωτο με ωραία θέα, μέσα σε ένα μικρό ταβερνάκι, φιλοξενείται η ιδιωτική πολεμική συλλογή που με μεράκι και αγάπη έχει δημιουργήσει ο Κώστας Μαυριγιαννάκης.

Το Ιστορικό Αρχείο Κρήτης ιδρύθηκε το 1920 με έδρα τα Χανιά το οποίο λειτούργησε άτυπα μέχρι το 1928 οπότε αναγνωρίσθηκε ως ΝΠΔΔ. Το 1943, με νομοθετικό διάταγμα έγινε Δημόσια Υπηρεσία ως παράρτημα των Γενικών Αρχείων του Κράτους.