Το Μουσείο Κρητικών Βοτάνων - Herbarium Jacques Zaffran, εγκαινιάσθηκε το 2008. Στεγάζεται σε κτήριο της Ορθοδόξου Ακαδημίας Κρήτης και εκθέτει τα περίπου 9.000 βότανα της Συλλογής Κρητικών Βοτάνων, που πρόσφερε ο Γάλλος Καθηγητής της Βοτανικής Jacques Zaffran.

Το Λαογραφικό και Γεωλογικό Μουσείο Ζαρού βρίσκεται δίπλα στο ναό του Αγίου Γεωργίου στο Ζαρό και στεγάζεται σε ένα παραδοσιακό Κρητικό σπίτι. Το Μουσείο είναι δημιουργία του Παγκρήτιου Λαογραφικού Συλλόγου και λειτουργεί από το Νοέμβριο του 2014.

Η έκθεση αυτή απευθύνεται σε όλους τους επισκέπτες του Εθνικού Δρυμού Σαμαριάς, αλλά και σε αυτούς που φτάνουν μέχρι το Ξυλόσκαλο χωρίς να σκοπεύουν να διανύσουν την απόσταση από Ξυλόσκαλο μέχρι Αγία Ρούμελη, δίνοντας τους μια ευκαιρία γνωριμίας με το χώρο και εκπαιδεύοντας τους περιβαλλοντικά.

Το Μουσείο Χημείας Χανίων αποτελεί αναπαράσταση του Πρώτου Δημόσιου Χημείου της Ελλάδας που δημιουργήθηκε στα Χανιά και βρίσκεται στον 2ο όροφο του Γενικού Χημείου Χανίων. Δημιουργήθηκε το 1900, με διάταγμα της Κρητικής Πολιτείας, από τον χημικό Δρ Ιωάννη Βαμβακά με σκοπό την εποπτεία της δημόσιας υγείας.

Το Αστεροσκοπείο Σκίνακα είναι μια κοινή ερευνητική εγκατάσταση του Ιδρύματος Τεχνολογίας και Έρευνας, του Πανεπιστημίου Κρήτης και του Ινστιτούτου Max Planck Εξωγήινης Φυσικής της Γερμανίας.

Το Μουσείο Ιατρικής στεγάζεται στο Τμήμα Ιατρικής του Πανεπιστημίου Κρήτης στο Ηράκλειο. Η συλλογή του αποτελείται από ιστορικά ιατρικά βιβλία, ιατρικά και χειρουργικά εργαλεία, παλαιά ιατρικά μηχανήματα, φαρμακευτικά σκεύη ιστορικής σημασίας, καθώς και πλούσιο φωτογραφικό υλικό.

Ήταν το πρώτο ενυδρείο που λειτούργησε στην Κρήτη και το τρίτο στην Ελλάδα. Στο χώρο του θα δείτε μια μικρή συλλογή από ψάρια, ερπετά και αμφίβια.

Στην Ανατολή Ιεράπετρας λειτουργεί μια φάρμα διάσωσης γαϊδουριών, μουλαριών και αλόγων από τους Σκωτσέζους Alistair και Suzanne, την οποία αξίζει να επισκεφτείτε. Το "Ιερό των Γαϊδουριών", όπως το ονομάζουν, ξεκίνησε τη λειτουργία του το 2006 και είναι μη κερδοσκοπική επιχείρηση που εξαρτάται αποκλειστικά σε δωρεές και χρηματοδότηση.

Το Μουσείο είναι αφιερωμένο στα χαρακτηριστικά του Φυσικού Περιβάλλοντος του Πάρκου. Μέσα από μικρές αναπαραστάσεις οικοτόπων (διοράματα), προθήκες, ταριχευμένα ζώα, πετρώματα, απολιθώματα και πόστερς, παρουσιάζονται τα ιδιαίτερα στοιχεία της χλωρίδας, πανίδας και γεωλογίας της περιοχής.

Το Τέμενος Μασταμπά, με την ιδιάζουσα αρχιτεκτονική των 9 τρούλων, τα συνεχόμενα κελιά, το «Ηγουμενείο» και τον περιβάλλοντα χώρο του αποτελεί αυτό καθ’ αυτό μνημείο της πόλης του Ρεθύμνου. Έχει παραχωρηθεί στο Μ.Γ.Φ.Ι. με απόφαση του Υπουργείου Πολιτισμού. Μετά την ολοκλήρωση της αναστήλωσης και την εκτέλεση της σχετικής μουσειολογικής μελέτης, λειτουργεί ως Παλαιοντολογικό Μουσείο Ρεθύμνου – Γουλανδρή Φ.Ι.

Το Mουσείο Κοτσανά-Αρχαίας Ελληνικής Τεχνολογίας μελετά, αναδεικνύει και παρουσιάζει στο ελληνικό και διεθνές κοινό μια ύψιστης σημασίας αλλά σχετικά άγνωστη πτυχή του αρχαιοελληνικού πολιτισμού: την τεχνολογία. Στο ενετικό μεγαρο Ιττάρ, οι επισκέπτες έχουν την μοναδική ευκαιρία να εξερευνήσουν την έκθεση «Αρχαία Ελλάδα-Οι Απαρχές των Τεχνολογιών», η οποία περιλαμβάνει 55 επιλεγμένα εκθέματα –ομοιώματα εφευρέσεων

Το sci·sense ιδρύθηκε το 2022 και βρίσκεται κεντρικά της πόλης των Χανίων, κοντά στην Πλατεία Ελευθερίας (Δικαστηρίων). Περισσότερα από 100 διαδραστικά πειράματα φυσικής είναι χρονικά μοιρασμένα σε επτά “διαδρομές” – επτά επισκέψεις και χωρικά μοιρασμένα βάσει τεσσάρων από τις αισθήσεις μας.