Ο ναός της Παναγίας Οδηγήτριας στην Κριτσά είναι ο κεντρικός ναός του χωριού. Είναι δίκλιτος με τα δύο του κλίτη αφιερωμένα στον Άγιο Χαράλαμπο και στα Εισόδια της Θεοτόκου.

Ο μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου βρίσκεται στην κεντρική πλατεία του χωριού Αρμένοι Αποκορώνου. Ο ναός κτίστηκε τον 16ο αιώνα στη θέση παλαιότερου ναού με τρούλο του 13ου αιώνα , ο οποίος με τη σειρά του ήταν κτισμένος στη θέση του κεντρικού κλίτους τρίκλιτης παλαιοχριστιανικής βασιλικής του 6ου αιώνα.

Ο κοιμητηριακός ναός της Παναγίας Ζωοδόχου Πηγής στο Καβούσι Ιεράπετρας βρίσκεται στη θέση «Σφακιάς», παραπέμποντας στο ομώνυμο θεομητορικό προσκύνημα της Κωνσταντινούπολης. Είναι μικρός καμαροσκεπής ναός στο εσωτερικού του οποίου διατηρείται σε όχι καλή κατάσταση μικρό μέρος του αρχικού τοιχογραφικού διακόσμου.

Ο ναός της Παναγίας της Κοίμησης βρίσκεται στο παλιό κοιμητήριο κάτω από το χωριό Δρύμισκος της επαρχίας Αγίου Βασιλείου. Η πρόσβαση γίνεται με χωματόδρομο που ξεκινάει από το δρόμο που ενώνει τη Δρύμισκο με την Πρέβελη.

Ο ναός της Αγίας Παρασκευής του Μερίτη βρίσκεται μέσα στα όρια της Γεωργικής Σχολής Μεσαράς στην είσοδο του χωριού Αμπελούζος της επαρχίας Καινουργίου. Ο ναός είναι το μοναδικό σωζόμενο απομεινάρι από το μικρό μοναστήρι που λειτούργησε ως μετόχι της Μονής Αγίου Φανουρίου στο Βαλσαμόνερο.

Ο σπηλαιώδης ναός του Αγίου Αντωνίου, ίσως παλιό μοναστήρι, βρίσκεται στο ομώνυμο φαράγγι των Ασιτών, σε μια περιοχή κατάφυτη με πλατάνια. Μια πηγή ρέει με νερό από τον τοίχο της εκκλησίας.

Ο ερειπωμένος ναός της Αγίας Τριάδας βρίσκεται μέσα στα όρια του οικισμού της Λιγόρτυνου της επαρχίας Μονοφατσίου. Η χρήση του τοποθετείται από την μεταβυζαντινή περίοδο ως και την Ενετοκρατία, και πιο συγκεκριμένα μεταξύ του 11ου και του 15ου αιώνα.

Λίγα μέτρα από την κεντρική πλατεία του χωριού Σταυροχώρι της επαρχίας Ιεράπετρας βρίσκεται ο δίκλιτος ναός του Αγίου Γεωργίου και της Παναγίας. Το νότιο κλίτος διασώζει μέρος των αρχικών τοιχογραφιών που χρονολογούνται από την Ενετική Περίοδο.

Πολύ κοντά στον οικισμό του Ξιδά, που σήμερα ονομάζεται Λύττος προς χάριν της κοντινής αρχαίας Λύττου, βρίσκεται ο ναός του Αγίου Γεωργίου στη θέση Τζενεράληδων (υπάρχει κι ο ναός του Αγίου Γεωργίου μέσα στον αρχαιολογικό χώρο της Λύττου).

Ο ναός του Αγίου Γεωργίου βρίσκεται στον προαύλιο χώρο του νεότερου ναού των Αγίων Ραφαήλ, Νικολάου και Ειρήνης στην όμορφη Αξό Μυλοποτάμου.

Ο ναός της Παναγίας βρίσκεται στο κοιμητήριο πάνω από το χωριό Δρύμισκος της επαρχίας Αγίου Βασιλείου, σε σημείο με εντυπωσιακή θέα στην κοιλάδα των Χελιδονιών. Είναι αφιερωμένος στο Γενέθλιον της Θεοτόκου που εορτάζεται από την Εκκλησία στις 8 Σεπτεμβρίου.

Ο μικρός μονοχωρος καμαροσκέπαστος ναός της Οσίας Μαρίας της Αιγυπτίας βρίσκεται στον έρημο οικισμό της Σαμαριάς, μέσα στο ομώνυμο φαράγγι, και σε σημείο που οδηγεί σύντομο μονοπάτι. Σύμφωνα με μια από τις εκδοχές, το όνομά του φαραγγιού της Σαμαριάς προέρχεται από την παραφθορά του ονόματος της Οσίας Μαρίας.

Ο πρώιμος Βυζαντινός ναός του Αγίου Θεοδώρου του Στρατηλάτη βρίσκεται στο Χόνδρο της επαρχίας Βιάννου, στο σημείο όπου υπήρχε το παλιό κοιμητήριο του χωριού. Ο εξωτερικός χώρος έχει διαμορφωθεί σε όμορφο ευρύχωρο πάρκο.

Ο ναός της Παναγίας της Ζερβιώτισσας (δηλαδή αριστεροκρατούσας) ή Μοναστήρας βρίσκεται ανατολικά του χωριού Στύλος Αποκορώνου. Είναι σταυροειδής ναός του 12ου αιώνα με οκτάγωνο τρούλο, ο οποιος τρούλος φέρει παράθυρο σε κάθε πλευρά και στηρίζεται σε τέσσερις πεσσούς. Η κάτοψη προσομοιάζει τρίκλιτης βασιλικής με τρεις ημικυλινδρικές αψίδες.

Κάτω από το σωζόμενο ναό του Αγίου Παντελεήμονα στη Σούγια Σελίνου σώζονται λείψανα τρίκλιτης ξυλόστεγης βασιλικής με νάρθηκα μήκους 20,80μ και πλάτους 12.40μ, η οποία έχει ανασκαφεί από τον ακαδημαϊκό Α. Ορλάνδο.

Η Παλαιοχριστιανική βασιλική της Παναγίας βρίσκεται μόλις 50μ μακριά από την παραλία της Λισσού και το ιερό της βήμα έφερε κυκλοτερή αψίδα, από την οποία δε σώζεται το σύνθρονο. Μπροστά από την αψίδα διατηρείται η βάση της αγίας τράπεζας, ενώ σε βάθος 60 εκατοστών διατηρείται σε σχετικά καλή κατάσταση το ψηφιδωτό δάπεδο.

Ο κατάγραφος ναός του Αγίου Ισιδώρου είναι κτισμένος σε πλατωμα μικρού λόφου στη μικρή γειτονιά Τζιναλιανά στο Κακοδίκι Σελίνου. Ανήκει στον αρχιτεκτονικό τύπο του μονόχωρου καμαροσκέπαστου. Στις παραστάδες της εισόδου είναι εντοιχισμένα δύο τμήματα από αρχαίο δωρικό επιστύλιο.

Ο κατάγραφος ναός της Παναγίας της (Μ)πιτσιανής βρίσκεται στην τοποθεσία Καουριανά της μικρής γειτονιάς Κάδρος στο Κακοδίκι Σελίνου και είναι αφιερωμένος στη Γέννηση της Θεοτόκου (εορτ. 8 Σεμπτεμβρίου). Ο ναός είναι μικρός, καμαροσκέπαστος με οξυκόρυφη καμάρα ενισχυμένη με σφενδόνιο και δύο τυφλά αψιδώματα στους πλάγιους τοίχους.

Ο ναός του Αγίου Ιωάννη του Χρυσόστομου βρίσκεται μέσα στον οικισμό της Σαρακήνας Σελίνου. Είναι μικρός μονόχωρος καμαροσκέπαστος και φέρει στο εσωτερικό του τοιχογραφικό διάκοσμο που έχει υποστεί σχεδόν ολοκληρωτική καταστροφή.

Ο ναός του Αγίου Αντωνίου βρίσκεται στην θέση Βρυσίδια, πάνω από την παραλία του Θόλους, στο Καβούσι της επαρχίας Ιεράπετρας. Ο ναός αποτελούσε καθολικό μικρής μονής που τοποθετείται χρονολογικά στα τέλη του 14ου αιώνα. Μάλιστα υπάρχει χάραγμα επισκέπτη που αναφέρει το έτος 1390.