Η βραχυκέρατη αγελάδα της Κρητικής φυλής διασώζει σήμερα πολλά άτομα κυρίως στην περιοχή της Δρακώνας στα Λευκά Όρη και μέχρι πρόσφατα θεωρούνταν σχεδόν εξαφανισμένη.

Ο περήφανος Κρητικός αίγαγρος (επιστ. Capra aegagrus creticus), γνωστός κι ως κρι-κρι, αγρίμι ή Κρητικό αγριοκάτσικο είναι ένα ενδημικό υποείδος αγριοκάτσικου και η μοναδική μορφή αιγάγρου στην Ευρώπη. Με βάση τα γενετικά του χαρακτηριστικά, ο Κρητικός αίγαγρος εισήχθη στην Κρήτη σε άγρια μορφή από την Ασία και στη συνέχεια ήρθε σε επαφή με τα ήμερα κατσίκια του νησιού, διατηρώντας όμως πολλά από τα κύρια χαρακτηριστικά των αιγάγρων της Ασίας.

Η Κρητική ζουρίδα (επιστ. Martes foina bunites), κουνάβι ή πετροκούναβο είναι ένα συμπαθητικό θηλαστικό, δενδρόβιο, νυχτόβιο, σαρκοφάγο και φρουτοφάγο που ζει μοναχικά (εκτός της εποχής του ζευγαρώματος) στις σχισμές των βράχων, σε κουφάλες δέντρων, σε εγκαταλελειμένες φωλιές αρπακτικών πουλιών, σε έρημες υπόγειες στοές, σε αραιά δάση, σε θαμνότοπους και σε φαράγγια.

Η νυφίτσα της Κρήτης (mustela nivalis galinthias) αποτελεί ενδημικό υποείδος της κοινής νυφίτσας, το οποίο βρίσκεται σε όλο το νησί. Στην Κρήτη είναι γνωστό κι ως Καλογιαννού ή καλογυναικάρι, καθώς η άσπρη λουριδωτή κοιλιά της θυμίζει καλόγρια.

Ο σκαντζόχοιρος είναι ένα διαδεδομένο νυκτόβιο θηλαστικό της Κρήτης, το οποίο χωρίζεται σε δύο είδη, το Erinaceus concolor και Erinaceus roumanicus. Δυστυχώς οι σκαντζόχοιροι θεωρούνται λιχουδιά για κάποιους και δεν είναι λίγες οι φορές που στην Κρήτη τα άμοιρα αυτά ζώα τρώγονται (κυρίως από αθίγγανους). Τέλος, οι σκαντζόχοιροι θεωρούνται ιερό ζώο από την Εκκλησία λόγω του χαρακτηριστικού τρόπου ζευγαρώματος (όχι πάντα) τους που θυμίζει τον άνθρωπο, πρόσωπο με πρόσωπο, για να αποφύγουν τα αγκάθια στη ράχη τους.

Ο Κρητικός ακανθοποντικός (επιστ. Acomys minous) αποτελεί ένα απειλούμενο θηλαστικό, το οποίο απαντάται αποκλειστικά στο νησί της Κρήτης. Το όνομα του το παίρνει από τις σκληρές χοντρές τρίχες που βρίσκονται στη ράχη και στην ουρά του.

Ο μυωξός (Glis glis argenteus) ή ποντικοσκίουρος αποτελεί υποείδος του κοινού είδους μυωξού, το οποίο απαντάται σε όλη την Ευρώπη και την δυτική Ασία. Η Κρήτη αποτελεί το νοτιότερο σημείο που τον συναντάμε. Στην Κρήτη, ο κυριότερος πληθυσμός περιορίζεται στο φαράγγι της Σαμαριάς, ενώ έχουν αναφερθεί μυωξοί και στον Ψηλορείτη.

Η Κρητική μυγαλή (επιστ. Crocidura zimmermanni) είναι το μοναδικό ενδημικό θηλαστικό στην Ελλάδα και βρίσκεται μόνο στην Κρήτη, αλλά έχει εκτοπιστεί επικίνδυνα από το εισηγμένο είδος της κηπομυγαλής (επιστ. Crocidura suaveolens). Επίσης, στην Κρήτη απαντάται και το μικρότερο θηλαστικό στον κόσμο, η μικροσκοπική ετρουσκομυγαλή.

Το ευρωπαϊκό αγριοκούνελο (επιστ. Oryctolagus cuniculus) είναι ένα συγγενικό είδος του λαγού, το οποίο έχει εισαχθεί στον νησί της Κρήτης από τον άνθρωπο, και πολλοί το μπερδεύουν με τον λαγό. Παρά την ύπαρξη πολλών φυσικών θηρευτών, το αγριοκούνελο, που αναπαράγεται ταχύτατα, εξαπλώθηκε σε όλη την Κρήτη και σε πολλά μικρά νησιά που υπάρχουν τριγύρω,

Τα τρωκτικά είναι η δεύτερη μεγαλύτερη οικογένεια θηλαστικών της Κρήτης, μετά τις νυχτερίδες της. Εκτός από τους σκαντζόχοιρους, τον μυωξό και τον ακανθοποντικό, που περιγράφονται σε ξεχωριστά άρθρα, η Κρήτη φιλοξενεί τον δασοποντικό, τον βραχοποντικό, τον σπιτικό ποντικό, τον δεκατιστή και τον μαύρο αρουραίο.

Η Κρήτη έχει απομονωμένα δάση, πολλές εγκαταλελειμένες αγροικίες και περισσότερα από 2000 σπήλαια, που μαζί με τα μικρά σπήλαια, ξεπερνούν τις 5000. Έτσι, ανέκαθεν αποτελούσε ιδανικό μέρος για τα πτερωτά θηλαστικά της, τις νυχτερίδες. Στην Κρήτη έχουν εντοπιστεί ήδη πολλά είδη νυχτερίδων

Ο Κρητικός Ιχνηλάτης είναι η αρχαιότερη ράτσα κυνηγετικών σκυλιών στην Ευρώπη, με περισσότερα από 4000 χρόνια ιστορίας αποκλειστικά στο νησί της Κρήτης. Θεωρείται ότι κατάγεται από την αρχαία λαγωνική ράτσα της Αιγύπτου Μπασέντζι, που εισήχθη στο νησί για να προσαρμοστούν στις ιδιαίτερες συνθήκες του. Μέχρι τα μέσα του προηγούμενου αιώνα είχαν απομείνει λίγα καθαρόαιμα σκυλιά, κυρίως στη Ανατολική Κρήτη, αλλά σήμερα η κατάσταση έχει βελτιωθεί αισθητά.

Ο μυστηριώδης αγριόγατος της Κρήτης (επιστ. Felis silvestris cretensis) ή φουρόγατος αποτελεί ενδημικό υποείδος του Ευρωπαϊκού αγριόγατου. Θα ακούσετε κάποιους να τον αναφέρουν κι ως Κρητικό Λύγκα, παρόλο που δεν ανήκει στην ίδια οικογένεια με τους λύγκες. Είναι το μόνο άγριο αιλουροειδές του νησιού, το οποίο είναι περιορισμένο σε μικρό τμήμα της Κρήτης.

Ο ασβός της Κρήτης ή άρκαλος (επιστ. Meles meles arcalus) αποτελεί ενδημικό υποείδος του κοινού ασβού. Είναι σαρκοφάγο θηλαστικό που θυμίζει αρκούδα με κοντά πόδια και σχετικά μακρύ σώμα (70-95 εκατοστά) και κοντή ουρά (15 εκατοστά), ενώ φτάνει σε βάρος τα 20 κιλά.

Ο λαγός (επιστ. Lepus europaeus) είναι ένα από τα πιο διαδεδομένα θηλαστικά σε όλη την Ευρώπη, το οποίο υπάρχει σε μεγάλους πληθυσμούς σε όλη την Κρήτη. Είναι ζώο θηλαστικό, χορτοφάγο με συνολικό μήκος έως 55 εκατοστά, ζυγίζει 2-3 κιλά. Το χρώμα του είναι καστανόγκριζο έως γκρίζο καφέ. Έχει μακριά αυτιά, τα πίσω πόδια του είναι πιο μακριά από τα μπροστινά και τα πέλματα του καλύπτονται από παχύ τρίχωμα και αφήνουν χαρακτηριστικό αποτύπωμα στο χιόνι.

Το Άλογο της Μεσσαράς ή αλλιώς Γεωργαλίδικο, Γιοργαλίδικο ή Κρητικό Άλογο αποτελεί μια αυτόχθονη ράτσα κατοικίδιου αλόγου της Κρήτης, που δεν υπάρχει αλλού στον κόσμο. Η φυλή αυτή υπάρχει στο νησί από την Προμινωϊκή εποχή, καθώς έχει βρεθεί σκελετός αλόγου της ίδιας ράτσας σε ανασκαφές, και θεωρείται η αρχαιότερη στην Ευρώπη. Οι Κρητικοί το ονομάζουν άλογο της Μεσαράς, λόγω της αρχικής εκτροφής του στην ομώνυμη πεδιάδα.