Ο κοιμητηριακός ναός της Παναγίας Ζωοδόχου Πηγής στο Καβούσι Ιεράπετρας βρίσκεται στη θέση «Σφακιάς», παραπέμποντας στο ομώνυμο θεομητορικό προσκύνημα της Κωνσταντινούπολης. Είναι μικρός καμαροσκεπής ναός στο εσωτερικού του οποίου διατηρείται σε όχι καλή κατάσταση μικρό μέρος του αρχικού τοιχογραφικού διακόσμου.

Λίγα μέτρα από την κεντρική πλατεία του χωριού Σταυροχώρι της επαρχίας Ιεράπετρας βρίσκεται ο δίκλιτος ναός του Αγίου Γεωργίου και της Παναγίας. Το νότιο κλίτος διασώζει μέρος των αρχικών τοιχογραφιών που χρονολογούνται από την Ενετική Περίοδο.

Ο ναός του Αγίου Αντωνίου βρίσκεται στην θέση Βρυσίδια, πάνω από την παραλία του Θόλους, στο Καβούσι της επαρχίας Ιεράπετρας. Ο ναός αποτελούσε καθολικό μικρής μονής που τοποθετείται χρονολογικά στα τέλη του 14ου αιώνα. Μάλιστα υπάρχει χάραγμα επισκέπτη που αναφέρει το έτος 1390.

Ο ναός της Παναγίας στο Ψυχρό Ιεράπετρας είναι αφιερωμένος στην Κοίμηση της Θεοτόκου (εορτ. 15 Αυγούστου) κι αναφέρεται στην Ενετική απογραφή μονών και ναών του 17ου αιώνα. Ανήκει στην ενορία του Αγίου Ιωάννη Ιεράπετρας και κάθε χρόνο γίνεται μεγάλο πανηγύρι.

Ο δίκλιτος ναός του Αφέντη Χριστού και του Αγίου Χαραλάμπους βρίσκεται στη συνοικία της Κάτω Μεράς, στο λιμάνι της Ιεράπετρας και πολύ κοντά στο φρούριο Καλές. Είναι ο αρχαιότερος ναός της πόλης, ο οποίος έχει διαμορφωθεί στη σημερινή του μορφή ως αποτέλεσμα διαδοχικών επεμβάσεων.

Το χωριό Σταυρός Ιεράπετρας, γνωστό με το παλαιότερο όνομα Καπίστρι, διασώζει αρκετά μεγάλο αριθμό ναών, γεγονός που υποδεικνύει την ακμαία του πορεία στο παρελθόν. Ένας από τους πιο εντυπωσιακούς ναούς του βρίσκεται λίγα μέτρα νότια από τον οικισμό και ονομάζεται Κάτω Άη Γιώργης.

Ο ναός της Παναγίας της Κεραγραμμένης βρίσκεται βόρεια του χωριου Σταυρός ή Καπίστρι της επαρχίας Ιεράπετρας. Ο μονόχωρος ναός είναι αφιερωμένος στο Γενέσιο της Θεοτόκου και είναι κτισμένος κοντά σε πηγή που δίνει ζωή σε αμπέλια και περβόλια.

Ο μικρός μονόχωρος ναός του Αγίου Μάμα βρίσκεται βόρεια του χωριού Καπίστρι ή Σταυρός της επαρχίας Ιεράπετρας, πολύ κοντά στη Μονή της Παναγίας στο Γουρνί και στο ναό της Αγίας Σοφίας.

Ο ναός του Αγίου Γεωργίου βρίσκεται κοντά στο κέντρο του χωριού Μεσελέροι της επαρχίας Ιεράπετρας. Ο τοιχογραφικός του διάκοσμος χρονολογείται περίπου στο 1300 και σώζεται αποσπασματικά.

Ο ναός του Σωτήρος Χριστού βρίσκεται στην τοποθεσία Πάνω Καρκάσα στην περιφέρεια του χωριού Ανατολή Ιεράπετρας. Ο ναός αποτέλεσε τμήμα της ερειπωμένης σήμερα Μονής Καρκασίων, τα κελιά της οποίας ίσως βρισκόντουσαν στα διπλανά κτίρια που αργότερα ανακατασκευάστηκαν σε κατοικίες.

Ο ναός της Παναγίας της Παντάνασσας Βαγιωνέας είναι αφιερωμένος στη Ζωοδόχο Πηγή και βρίσκεται στην τοποθεσία Βαγιωνιά της περιφέρειας της Ανατολής Ιεράπετρας. Είναι κτισμένος σε δύσβατη αγροτική περιοχή, γεμάτη από θερμοκήπια, και αποτέλεσε καθολικό της γυναικείας μονής Παντάνασσας.

Ο Βυζαντινός ναός της Αγίας Άννας βρίσκεται λίγα μέτρα δυτικά του οικισμού της Θρυπτής και ακριβώς πάνω από την αρχή του ρέματος που σχηματίζει το επιβλητικό φαράγγι του Χα. Ο ναός είναι μικρός μονόχωρος και είναι αφιερωμένος στην Κοίμηση της Αγίας Άννας (εορτ. 25 Ιουλίου).

Πάνω στον κεντρικό δρόμο που οδηγεί από το Κουτσουνάρι στο χωριό του Αγίου Ιωάννη της επαρχίας Ιεράπετρας συναντάμε μια πινακίδα προς τη Μονή της Μεταμορφώσεως του Σωτήρος στην Ψάθη. Από εκεί ένας κακός χωματόδρομος μας οδηγεί στην τοποθεσία που ήταν κτισμένο το μικρό αυτό μοναστήρι, γνωστό κι ως Παλεκκλησιά.

Ο ναός της Παναγίας στην τοποθεσία Γουρνί βρίσκεται σε ρεματιά βόρεια του χωριού Καπίστρι, στο δρόμο για την Παναγία Κεραγραμμένη. Σύμφωνα με την παράδοση το όνομα Γουρνί προήλθε από μικρή γούρνα που οι μοναχοί είχαν τοποθετήσει στον παρακείμενο ποταμό για να παίρνουν νερό.

Ο μικρός μονόχωρος και καμαροσκέπαστος ναός του Αγίου Στεφάνου βρίσκεται μέσα στο σχεδόν έρημο χωριό Μοναστηράκι της επαρχίας Ιεράπετρας, δίπλα σε σημείο που πηγάζει νερό από το βουνό της Θρυπτής. Ο αρχικός ναός έφερε τοιχογραφικό διάκοσμο, από τον οποίο διατηρείται η κόγχη του ιερού βήματος.

Στο νεκροταφείο του χωριού Μεσελέροι Ιεράπετρας σώζεται ο Βυζαντινός ναός της Αγίας Μαρίνας με εξαιρετικές τοιχογραφίες που ανάγονται στην εποχή της Ενετοκρατίας (14ος αιώνας). Ανάμεσα στις τοιχογραφίες που ξεχωρίζουν είναι η Γέννηση του Ιησού και η Κάθοδος στον Άδη στο ιερό (αντί της συνηθισμένης Αναλήψεως του Ιησού).

Νότια του χωριού Μάλλες της επαρχίας Ιεράπετρας βρίσκεται το ερειπωμένο σήμερα χωριό της Λούτρας, όπου δεσπόζει ακόμη ο επιβλητικός ναός του Αγίου Γεωργίου δίπλα σε ένα όμορφο κυπαρίσι. Λόγω του μεγέθους του, πιστεύεται ότι υπήρξε έδρα Επισκοπής Ιεράς, όπως η κοντινή Παναγία Αρμού. Ο ναός είναι κτισμένος στη θέση παλαιότερης τρίκλιτης βασιλικής.

Ο ναός του Αγίου Νικολάου βρίσκεται σε κεντρικό σημείο του χωριού Μάλλες της επαρχίας Ιεράπετρας και με μια πρώτη ματιά νομίζει κανείς πως πρόκειται για νεότερο ναό. Ωστόσο, ο ναός χρονολογείται στην Ενετική Περίοδο αλλά έχει υποστεί εκτεταμένες εργασίες συντήρησης, τόσο εξωτερικά, όσο και εσωτερικά.

Ο ναός της Παναγίας της Μεσοχωρίτισσας βρίσκεται στο κέντρο του γραφικού χωριού Μάλλες της επαρχίας Ιεράπετρας. Είναι καμαροσκέπαστος ναός, στον οποίο έχει προστεθεί σε δεύτερη φάση εγκάρσιο κλίτος. Και τα δύο τμήματα από τις δύο φάσεις κατασκευής φέρουν τοιχογραφίες, με το δυτικότερο να είναι το νεότερο.

Το σχεδόν έρημο χωριό Μεταξοχώρι της επαρχίας Βιάννου και νυν Δήμου Ιεράπετρας παίρνει το όνομά του προς τιμήν του Μελέτιου Μεταξάκη, Οικουμενικού Πατριάρχη τα έτη (1921-1923), ο οποίος γεννήθηκε εδώ. Εδώ ξεχωρίζουν οι ναοί του Αγίου Γεωργίου και ο μισογκρεμισμένος κοιμητηριακός ναός της Παναγίας (Εισόδια της Θεοτόκου).