Το σπηλαιοβάραθρο του Ψακοφάραγγου βρίσκεται σε μικρό πλάτωμα σε υψόμετρο 1320 μέτρων στα όρια της κοινότητας του Ζαρού. Το όνομα το παίρνει από το φαράγγι του Ψακοφάραγγου που καταλήγει στη καρδιά του δάσους του Ρούβα

Το θαλάσσιο σπήλαιο Κατσικάλι βρίσκεται σε μια από τις πιο απόκρημνες ακτές των Αστερουσίων. Χαρακτηριστικό της είναι η τρύπια οροφή και τα βαθιά σκούρα μπλε χρώματα.

Η νήσος Δραγονάδα και γενικότερα το σύμπλεγμα των Διονυσάδων νήσων, εκτός απο οικολογικό ενδιαφέρον λόγω του πληθυσμού του μαυροπετρίτη, έχει επίσης εξαιρετικό γεωλογικό ενδιαφέρον.

Οι Διονυσάδες νήσοι αποτελούν ένα σπουδαίο γεώτοπο με δεκάδες σπήλαια όπου μπορεί κάποιος να μπει ακόμη και με βάρκα. Ένα από τα μεγαλύτερα θαλάσσια σπήλαια τους βρίσκεται στη νότια μεριά της νοτιότερης νήσου, της Γιανυσάδας.

Λίγα μέτρα ανατολικά από τη μικρή παραλία του Κουταλά και πάνω στη βραχώδη ακτογραμμή του Δράπανου συναντάμε ένα από τα πολλά σπήλαια της περιοχής του Κόκκινου Χωριού. Είναι το επιβλητικό σπήλαιο του Κουταλά, γνωστό σε κάποιους ως Νεροσπηλιά (παρόλο που τα Νεροσπήλια βρίσκονται σε άλλη κοντινή τοποθεσία).

Κάτω από την Παλαιά Εθνική Οδό σχηματίζεται η μεγάλη θαλασσοσπηλιά του Κακού Όρους, ένας ιδιαίτερος γεωλογικός σχηματισμός σχετικά άγνωστος στους περισσότερους ντόπιους. Η οροφή της σπηλιάς είναι τρύπια, δημιουργώντας μια εντυπωσιακή πέτρινη καμάρα.

Το σπηλαιοβάραθρο Μαύρο Σκιάδι αποτελεί ένα από τα πλέον γνωστά βάραθρα της Κρήτης, κυρίως διότι έχει τη μεγαλύτερη γνωστή μονοκόμματη κατάβαση σε όλη την Ελλάδα κι από τις μεγαλύτερες στον κόσμο. Βρίσκεται στην τοποθεσία Ατζινόλακκος.

Το σπήλαιο της Ινατίας Ειλειθυίας στον Τσούτσουρα θεωρείται από τα σπουδαιότερα λατρευτικά σπήλαια της αρχαιότητας, από τα πρωτογεωμετρικά χρόνια ως και τα πρωτοχριστιανικά (5ος αιώνας). Εδώ λατρευόταν η Ειλείθυια, κόρη του Δία και της Ήρας, που ήταν η θεά του τοκετού.

Το Σπήλαιο των Μαρήδων βρίσκεται περίπου 300μ ανατολικά του χωριού Αδριανού και στην είσοδό του οδηγεί σύντομο μονοπάτι. Είναι μικρό σπήλαιο μήκους μόλις 20μ, με σχετικά μεγάλη είσοδο (ύψος 5μ και πλάτος 4μ). Στα πρώτα μέτρα της αίθουσας, το πλάτος είναι 4μ.

Το εντυπωσιακό Σπήλαιο των Κουρούπηδων βρίσκεται στην περιοχή του Κόκκινου Χωριού Αποκορώνου, κοντά στην παραλία Κουτάλης, σε μια περιοχή με δεκάδες ακόμη σπουδαία σπήλαια. Ο εντοπισμός της εισόδου του είναι πολύ δύσκολος καθώς είναι πολύ στενή και δεν φαίνεται εύκολα.

Κοντά στο μονοπάτι που ενώνει τον Άγιο Ιωάννη με την παραλία του Σαλαμιά και σχεδόν πάνω από τη θάλασσα σχηματίζεται το μεγάλο σπήλαιο της Περιστεράς, που παίρνει το όνομά του από τα περιστέρια που φωλιάζουν μέσα του.

Το Σπήλαιο της Φανερωμένης βρίσκεται σε υψόμετρο περίπου 770μ πάνω από το χωριό Αβδού της επαρχίας Πεδιάδος, σε απόκρημνη τοποθεσία με αρκετά δύσκολη πρόσβαση. Το σπήλαιο έχει μήκος περίπου 45μ και ύψος που φτάνει τα 9μ, ενώ το πλάτος του κυμαίνεται από 4 έως 12 μέτρα.

Το Σπήλαιο Μεγάλο Ψηστράκι είναι βάραθρο που βρίσκεται σε υψόμετρο 950μ, στην περιοχή του Εβδόμου, στην περιφέρεια του χωριού Γωνιές Μαλεβιζίου. Στο εσωτερικό του έχει πολύ εντυπωσιακό ενεργό σταλαγμιτικό διάκοσμο, μεγάλα γκουρ, κουρτίνες και μια πανέμορφη λίμνη.

Το σπηλαιοβάραθρο Τάφκος Γιοματά βρίσκεται στην περιφέρεια του χωριού Αγιά Μυλοποτάμου, στα Ταλαία Όρη και στην τοποθεσία Γιοματάς. Αποτελεί ένα από τα ομορφότερα σπήλαια του νομού Ρεθύμνης και εξερευνήθηκε πρώτη φορά από τον Σπηλαιολογικό Όμιλο Κρήτης (ΣΠΟΚ) το 2003. Ο διάκοσμος αποτελείται από επιβλητικές κουρτίνες, σταλαγμίτες, σταλακτίτες και κολόνες.

Το Σπήλαιο Χαϊνόσπηλιος βρίσκεται στις Γούρνες των Λευκών Ορέων, στην περιφέρεια του χωριού Καρές Αποκορώνου. Αποτελεί βάραθρο, στο οποίο έβρισκαν καταφύγιο χαΐνηδες και αντάρτες κατά το παρελθόν. Η πρόσβαση γίνεται με πεζοπορία μισής ώρας από το τις Γούρνες, όπου φτάνει χωματόδρομος από τις Καρές.

Βρίσκεται κοντά στο ομώνυμο χωριό των Σφακίων, σε μια απόκρημνη πλαγιά, στη θέση Σκορδαλάκια, πήρε την ονομασία του από τα φυτά που φυτρώνουν εκεί, στο δρόμο από Ασφέντου προς Καλλικράτη και έχει μπροστά του ένα πλάτωμα με έκταση 2000 περίπου τετραγωνικά μέτρα.

Το σπήλαιο της Αγίας Σοφίας βρίσκεται 47km νοτιοδυτικά της πόλης των Χανίων, στα δυτικά τοιχώματα των φαραγγιού των Τοπολίων. Πολύ κοντά στο σπήλαιο περνάει ο κύριος δρόμος για το Ελαφονήσι. Αριστερά από την είσοδο του σπηλαίου βρίσκεται το ομώνυμο εκκλησάκι. Η είσοδος του σπηλαίου έχει άνοιγμα 25m, ενώ το ύψος του φτάνει τα 20m. Στο σπήλαιο υπάρχουν δύο αίθουσες με διαφορετικό υψόμετρο, η επιφάνεια των οποίων είναι γεμάτη σταλακτίτες.

Το Σπήλαιο του Αγίου Αντωνίου βρίσκεται βόρεια του χωριού Πατσός Αμαρίου, μέσα στο πανέμορφο καταπράσινο Φαράγγι της Πατσού ή του Αγίου Αντωνίου. Το Σπήλαιο αυτό ονομάζεται και ως Σπήλαιο του Κραναίου Ερμή, καθώς ήταν ο τόπος λατρείας του Κραναίου Ερμή, όπως προκύπτει από την αναθηματική επιγραφή "Ερμή Κραναίω, Δώρος Στεφάνω ευχήν".

Η Μονή της Αγίας Φωτεινής ήταν ερημητήριο σε σπήλαιο. Σύμφωνα με την παράδοση, η Αγία Φωτεινή έψαχνε να βρει κάποιο ήσυχο και απομονωμένο μέρος από τους υπόλοιπους ανθρώπους, ώστε να αφιερώσει το υπόλοιπο της ζωής της στον Θεό. Ενώ όμως δεν έβρισκε το μέρος που ήθελε, παρουσιάστηκε η Παναγία και κάνοντας θαύμα, άνοιξε τo σπήλαιο στο βράχο, ώστε να μπει η Αγία Φωτεινή.