Η βραχυκέρατη αγελάδα της Κρητικής φυλής διασώζει σήμερα πολλά άτομα κυρίως στην περιοχή της Δρακώνας στα Λευκά Όρη και μέχρι πρόσφατα θεωρούνταν σχεδόν εξαφανισμένη.

Ο περήφανος Κρητικός αίγαγρος (επιστ. Capra aegagrus creticus), γνωστός κι ως κρι-κρι, αγρίμι ή Κρητικό αγριοκάτσικο είναι ένα ενδημικό υποείδος αγριοκάτσικου και η μοναδική μορφή αιγάγρου στην Ευρώπη. Με βάση τα γενετικά του χαρακτηριστικά, ο Κρητικός αίγαγρος εισήχθη στην Κρήτη σε άγρια μορφή από την Ασία και στη συνέχεια ήρθε σε επαφή με τα ήμερα κατσίκια του νησιού, διατηρώντας όμως πολλά από τα κύρια χαρακτηριστικά των αιγάγρων της Ασίας.

Η Κρητική ζουρίδα (επιστ. Martes foina bunites), κουνάβι ή πετροκούναβο είναι ένα συμπαθητικό θηλαστικό, δενδρόβιο, νυχτόβιο, σαρκοφάγο και φρουτοφάγο που ζει μοναχικά (εκτός της εποχής του ζευγαρώματος) στις σχισμές των βράχων, σε κουφάλες δέντρων, σε εγκαταλελειμένες φωλιές αρπακτικών πουλιών, σε έρημες υπόγειες στοές, σε αραιά δάση, σε θαμνότοπους και σε φαράγγια.

Η νυφίτσα της Κρήτης (mustela nivalis galinthias) αποτελεί ενδημικό υποείδος της κοινής νυφίτσας, το οποίο βρίσκεται σε όλο το νησί. Στην Κρήτη είναι γνωστό κι ως Καλογιαννού ή καλογυναικάρι, καθώς η άσπρη λουριδωτή κοιλιά της θυμίζει καλόγρια.

Ο σκαντζόχοιρος είναι ένα διαδεδομένο νυκτόβιο θηλαστικό της Κρήτης, το οποίο χωρίζεται σε δύο είδη, το Erinaceus concolor και Erinaceus roumanicus. Δυστυχώς οι σκαντζόχοιροι θεωρούνται λιχουδιά για κάποιους και δεν είναι λίγες οι φορές που στην Κρήτη τα άμοιρα αυτά ζώα τρώγονται (κυρίως από αθίγγανους). Τέλος, οι σκαντζόχοιροι θεωρούνται ιερό ζώο από την Εκκλησία λόγω του χαρακτηριστικού τρόπου ζευγαρώματος (όχι πάντα) τους που θυμίζει τον άνθρωπο, πρόσωπο με πρόσωπο, για να αποφύγουν τα αγκάθια στη ράχη τους.

Ο Κρητικός ακανθοποντικός (επιστ. Acomys minous) αποτελεί ένα απειλούμενο θηλαστικό, το οποίο απαντάται αποκλειστικά στο νησί της Κρήτης. Το όνομα του το παίρνει από τις σκληρές χοντρές τρίχες που βρίσκονται στη ράχη και στην ουρά του.

Ο μυωξός (Glis glis argenteus) ή ποντικοσκίουρος αποτελεί υποείδος του κοινού είδους μυωξού, το οποίο απαντάται σε όλη την Ευρώπη και την δυτική Ασία. Η Κρήτη αποτελεί το νοτιότερο σημείο που τον συναντάμε. Στην Κρήτη, ο κυριότερος πληθυσμός περιορίζεται στο φαράγγι της Σαμαριάς, ενώ έχουν αναφερθεί μυωξοί και στον Ψηλορείτη.

Η Κρητική μυγαλή (επιστ. Crocidura zimmermanni) είναι το μοναδικό ενδημικό θηλαστικό στην Ελλάδα και βρίσκεται μόνο στην Κρήτη, αλλά έχει εκτοπιστεί επικίνδυνα από το εισηγμένο είδος της κηπομυγαλής (επιστ. Crocidura suaveolens). Επίσης, στην Κρήτη απαντάται και το μικρότερο θηλαστικό στον κόσμο, η μικροσκοπική ετρουσκομυγαλή.

Το ευρωπαϊκό αγριοκούνελο (επιστ. Oryctolagus cuniculus) είναι ένα συγγενικό είδος του λαγού, το οποίο έχει εισαχθεί στον νησί της Κρήτης από τον άνθρωπο, και πολλοί το μπερδεύουν με τον λαγό. Παρά την ύπαρξη πολλών φυσικών θηρευτών, το αγριοκούνελο, που αναπαράγεται ταχύτατα, εξαπλώθηκε σε όλη την Κρήτη και σε πολλά μικρά νησιά που υπάρχουν τριγύρω,

Τα τρωκτικά είναι η δεύτερη μεγαλύτερη οικογένεια θηλαστικών της Κρήτης, μετά τις νυχτερίδες της. Εκτός από τους σκαντζόχοιρους, τον μυωξό και τον ακανθοποντικό, που περιγράφονται σε ξεχωριστά άρθρα, η Κρήτη φιλοξενεί τον δασοποντικό, τον βραχοποντικό, τον σπιτικό ποντικό, τον δεκατιστή και τον μαύρο αρουραίο.

Η Κρήτη έχει απομονωμένα δάση, πολλές εγκαταλελειμένες αγροικίες και περισσότερα από 2000 σπήλαια, που μαζί με τα μικρά σπήλαια, ξεπερνούν τις 5000. Έτσι, ανέκαθεν αποτελούσε ιδανικό μέρος για τα πτερωτά θηλαστικά της, τις νυχτερίδες. Στην Κρήτη έχουν εντοπιστεί ήδη πολλά είδη νυχτερίδων

Ο Κρητικός Ιχνηλάτης είναι η αρχαιότερη ράτσα κυνηγετικών σκυλιών στην Ευρώπη, με περισσότερα από 4000 χρόνια ιστορίας αποκλειστικά στο νησί της Κρήτης. Θεωρείται ότι κατάγεται από την αρχαία λαγωνική ράτσα της Αιγύπτου Μπασέντζι, που εισήχθη στο νησί για να προσαρμοστούν στις ιδιαίτερες συνθήκες του. Μέχρι τα μέσα του προηγούμενου αιώνα είχαν απομείνει λίγα καθαρόαιμα σκυλιά, κυρίως στη Ανατολική Κρήτη, αλλά σήμερα η κατάσταση έχει βελτιωθεί αισθητά.

Η μεσογειακή φώκια Μοναχός (επιστ. Monachus monachus) αποτελεί ένα από τα πιο απειλούμενα θηλαστικά του κόσμου, με λίγες εκατοντάδες εναπομείναντα άτομα. Το όνομα της προέρχεται από τις δίπλες που έχει στο λαιμό της που θυμίζει πτυχές σε ράσα μοναχού ή λόγω του ότι ζει μοναχικά.

Η φάλαινα φυσητήρας (επιστ. Physeter macrocephalus) αποτελεί ένα μοναδικό είδος θηλαστικού που απαντάται σε όλη τη γη. Ειδικά στη Μεσόγειο, τα περισσότερα άτομα του είδους, κάποιες εκατοντάδες, ζουν στα πολύ βαθειά νερά της νότιας Κρήτης (ανοιχτά της Σούγιας).

Η πτεροφάλαινα (επιστ. Balaenoptera physalus) αποτελεί το δεύτερο μεγαλύτερο θηλαστικό στον κόσμο, μετά την γαλάζια φάλαινα. Στην Ελλάδα υπάρχουν πτεροφάλαινες, μερικές από τις οποίες έχουν παρατηρηθεί στα βαθειά νερά της Νότιας Κρήτης. Ο πληθυσμός του είδους στα ελληνικά νερά δεν έχει εκτιμηθεί, ενώ στην Μεσόγειο υπολογίζεται στα 2000 άτομα.

Η ρυγχοφάλαινα (επιστ. Balaenoptera acutorostrata) είναι ένα μικρού μεγέθους είδος φάλαινας, παγκοσμίως κατανεμημένο, που απαντάται αρκετά συχνά στις θάλασσες της Δυτικής Μεσογείου και λιγότερο στην Ελλάδα και την Κρήτη. Ονομάζεται έτσι από το χαρακτηριστικό μακρύ μυτερό ρύγχος της.

Το ρινοδέλφινο (επιστ. Tursiops truncates) ή υπερωόδες δελφίνι αποτελεί ένα κοινό είδος των ελληνικών θαλασσών, πολύ διαδεδομένο σε όλο τον κόσμο. Το συναντάμε συχνά κοντά στις ακτές της Κρήτης, ακόμη και πολύ κοντά στη στεριά, σχηματίζοντας ομάδες μέχρι και 100 ατόμων. Πολύ σπάνια θα το συναντήσουμε στα ανοιχτά ή στα πολύ βαθιά νερά.

Το σταχτοδέλφινο (επιστ. Grampus griseus) είναι ένα μεγαλόσωμο είδος δελφινιού που ζει σε όλους τους ωκεανούς του κόσμου. Το είδος αυτό έχει σχετικά μικρούς πληθυσμούς σε όλες τις ελληνικές θάλασσες, ανάμεσα τους και οι θάλασσες της Κρήτης (κυρίως της βόρειας Κρήτης).

Το κοινό δελφίνι (επιστ. Delphinus delphis) κάποτε αποτελούσε το πιο κοινό είδος δελφινιού στην Ελλάδα, αλλά δυστυχώς πλέον απειλείται με εξαφάνιση. Μάλιστα το όνομα του δόθηκε από τον Αριστοτέλη, καθώς στην αρχαιότητα αφθονούσε. Ζει κυρίως στο Ιόνιο πέλαγος και συναντάται σπάνια στην Κρήτη.

Το ζωνοδέλφινο (επιστ. Stenella coeruleoalba) αποτελεί το πιο κοινό είδος δελφινιού των ελληνικών θαλασσών. Παρατηρείται συνήθως μακριά από τις ακτές στο ανοιχτό Αιγαίο και το Ιόνιο, νότια από την Κρήτη αλλά και κοντά σε αυτές όταν τα νερά είναι πολύ βαθιά. Ζει σε κοπάδια 50-100 ατόμων και συχνά παρατηρείται μαζί με άλλα δελφίνια όπως το Κοινό δελφίνι και το Σταχτοδέλφινο.