Στην παραλία δίπλα στο αρχαίο θέατρο, πρέπει οπωσδήποτε να κάνετε μάσκα, καθώς εδώ θα δείτε τμήματα από κίονες μέσα στη θάλασσα! Νότια της παραλίας σχηματίζονται δύο εντυπωσιακές καμάρες, οι Καμαρέλλες. Κατά μία εκδοχή το σημερινό όνομα Κουφονήσι, το παίρνει από τις καμάρες αυτές.

Στο κεντρικότερο μέρος της νότιας ακτής του Κουφονησίου συναντάμε την παραλία Άσπρουγας (ή Ασπρουλας) ή αλλιώς "στους Ασπρούγους". Η λέξη Άσπρουγας στο Κρητικό ιδίωμα περιγράφει ακριβώς το μαλακό λευκό αργιλώδες πέτρωμα της περιοχής που τη χαρακτηρίζει. Το είδος αυτό του αργίλου που αφθονεί σε όλη την περιοχή είναι ιδανικό για λασπόλουτρα και έχει θεραπευτικές ιδιότητες.

Η μεγαλύτερη παραλία στο Κουφονήσι βρίσκεται στην νοτιοανατολική πλευρά του νησιού, σε μια περιοχή που βλέπει μόνο … Αφρική! Υπέροχα νερά, βραχώδης βυθός για μάσκα και αφράτη άμμος για ρακέτες! Το μόνο πρόβλημα, όπως σε όλο το νησί, η έλλειψη σκιάς. Ψηλά από τις απότομες πλαγιές φαίνεται το κουφάρι του παλιού φάρου, που είναι κτισμένος στη θέση αρχαίου ναού.

Νοτιοδυτικά από το Ρωμαϊκό θέατρο της Λεύκης, σχηματίζονται οι δύο πανέμορφες παραλίτσες του Παπαλούκα, ο Άνω Παπαλούκας και ο Κάτω Παπαλούκας.

Σε κοντινή απόσταση από τη θάλασσα, στη βόρεια ακτή του Κουφονησίου, συναντάμε την Εκκλησία του Αγίου Νικολάου, του προστάτη των ναυτικών. Κι εδώ σχηματίζονται μερικές παραλίες με βοτσαλάκι και άμμο.

Στη δυτική ακτή του Κουφονησίου, στην περιοχή όπου συναντάμε τα χαρακτηριστικά λευκά αργιλώδη πετρώματα του νησιού, σχηματίζεται μια ακόμη πανέμορφη παραλία.

Στο Νοτιοανατολικό άκρο του Κουφονησίου, ανάμεσα στην παραλία της Χιλιαδερφιάς και το Διακόφτι (δηλαδή τη στενή βάση του Τράχηλα) συναντάμε την περιοχή Χάλασμα, που παίρνει το όνομά της από την έντονη γεωλογική ανομοιμορφία που παρατηρούμε.

Η όμορφη παραλία που κοιτάει ανατολικά και ξεκινάει από το βορειότερο σημείο του Κουφονησίου ως και πριν το πηγάδι κάτω από το φυλάκιο του νησιού, ονομάζεται Ανεμερτιά. Η Ανεμερτιά στο βόρειο της τμήμα έχει άμμο, ενώ νοτιότερα έχει πολλά βραχάκια.

Στο δυτικότερο σημείο του Κουφονησίου, βόρεια από τους γκρεμούς της Χιλιαδερφιάς και νότια του Άσπρουγα, σχηματίζεται μια υπέροχη απόμερη παραλία. Λόγω της θέσης της στο δυτικό άκρο του νησιού, ονομάζεται Πλευρό.

Στη μύτη του ανατολικότερου ακρωτηρίου του Κουφονησίου σχηματίζεται ένας επιβλητικός πανύψηλος βράχος με χαρακτηριστικά στρώματα πετρωμάτων. Εκατέρωθεν του βράχου αυτού σχηματίζονται μερικές πανέμορφες παραλίες με άμμο και κατά τόπους βράχια. 

Κάτω από το εκκλησάκι του Αγίου Νικολάου στο Κουφονήσι και λίγο ανατολικά από το πηγάδι του νησιού, υψώνεται απότομα ένας γκρεμός που ανακόπτει απότομα την πορεία όποιου προσπαθήσει να περπατήσει παραλιακά προς τα ανατολικά. Ακριβώς δίπλα στο γκρεμό σχηματίζεται η μικρή παραλία Πέρασμα.

Στο Νοτιοανατολικό άκρο της Λεύκης, στη βάση του ακρωτηρίου Τραχήλι σχηματίζεται ο μαγικός αμμουδερός κόλπος της Χιλιαδερφιάς με το χαρακτηριστικό λευκό χρώμα των πετρωμάτων της περιοχής που έδωσε στην αρχαιότητα στο νησί το όνομα Λεύκη. Η Χιλιαδερφιά έχει στη δυτική της πλευρά πηγή γλυκού νερού ενώ καταλήγει σε ένα απότομο, κοφτό γκρεμό 100μ. πάνω από το ύψος της θάλασσας.