Έξω από τον περίβολο της μονής Παλιανής στο Βενεράτο βρίσκεται ο κοιμητηριακός ναός του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου. Ο μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός τοιχογραφήθηκε στα μέσα του 14ου αιώνα από το ζωγράφο Γεώργιο, ο οποίος σύμφωνα με την κτητορική επιγραφή πάνω από την πρόθεση ζητά από τον ιερέα να τον μνημονεύει κατά τη διάρκεια των ακολουθιών.

Το Ιερό ησυχαστήριον Αγίων Θεοδώρων βρίσκεται στο δρόμο που οδηγεί στο Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο Ηρακλείου. Είναι νεώτερη μονή που ιδρύθηκε από τον Τιμόθεο Τζαννή περί το 1980.

Το κτίριο αυτό είναι τριώροφο κι έχει χτιστεί σε ένα πολύ δύσβατο και μη ορατό σημείο, σε πολύ απόκρημνο γκρεμό, σχεδόν από κάτω από την εκκλησία. Ακριβώς αυτή η θέση το κάνει εντυπωσιακό και θα μπορούσε κάποιος να του αποδώσει τον χαρακτηρισμό Μετέωρα της Κρήτης. Το κατώτερο επίπεδο αποτελείται από σπήλαιο, που πιστεύεται ότι λειτουργούσε ως ναός.

Εδώ βρίσκονται τα ερείπια της Παναγίας στο Καρυδάκι, η οποία λειτούργησε ως μικρό γυναικείο μοναστήρι. ‘Ηταν δίκλιτη εκκλησία με εγκάρσιο νάρθηκα. Από την πηγή που βρίσκεται δίπλα στη μονή αυτή υδρευόταν η κρήνη Μοροζίνι στον Χάνδακα (σημερινό Ηράκλειο).

Το μοναστήρι λειτούργησε κατά την Ενετοκρατία και ήταν πολύ γνωστό στους ταξιδιώτες που έρχονταν στον Γιούχτα για να δουν το μέρος όπου οι αρχαίοι τοποθετούσαν το τάφο του Δία.

Ο ναός του Αγίου Ιωάννη βρίσκεται σε μια κατάφυτη τοποθεσία με δρύες δίπλα στο χωριό Ρουκάνι και αποτελεί ένα από τα ιστορικότερα Βυζαντινά μνημεία της Κρήτης. Ο ναός χρονολογείται στον 11ο-12ο αιώνα και πιθανώς λειτουργούσε ως μοναστήρι αφιερωμένο στον Άγιο Ιωάννη το Θεολόγο. Σήμερα ο ναός είναι αφιερωμένος στον Άγιο Ιωάννη τον Πρόδρομο.

Ο ναός είναι ένας από τους πολλούς της Κρήτης που είναι αφιερωμένος στον Άγιο Αντώνιο, τον "άγιο των σπηλαίων". Ο ναός αποτελεί κατακόμβη λαξευμένη στον μαλακό πωρόλιθο. Πιθανώς όμως και να αποτελεί το κατάλοιπο κάποιου αρχαίου ιερού ή τάφου που δημιουργήθηκε με τη διάνοιξη κάποιου σπηλαίου που υπήρχε εκεί. Άλλωστε δεν πρέπει να παραβλέπεται η ύπαρξη άλλων μινωικών ιερών σπηλαίων στο όρος του Γιούχτα.

Ο ναός της Αγίας Παρασκευής βρίσκεται δίπλα σε καταπράσινη ρεματιά, σε σημείο που επιβλέπει τη νότια μεριά των Αρχανών. Αυτό που την κάνει πολύ σημαντική εκκλησία, είναι οι λίγες αλλά σπουδαίες τοιχογραφίες που σώζονται στους τοίχους της και ανάγονται στην Ενετοκρατία.

Ο (πολύ παλιός) ναός του Μιχαήλ Αρχαγγέλου βρίσκεται νότια των Αρχανών και φέρει τοιχογραφίες του 1315. Σε μια τοιχογραφία αναπαριστάται ο ιδρυτής της εκκλησίας να κρατάει μια μακέτα του ναού, ενώ υπάρχουν και αναπαραστάσεις κολασμένων.

Ο ναός του Αγίου Γεωργίου είναι τρίκλιτη βασιλική με υπερυψωμένο το μεσαίο κλίτος. Η ίδρυσή του χρονολογείται κατά το 13ο-14ο αιώνα και είναι ο μεγαλύτερος σε μέγεθος τοιχογραφημένος ναός των Αρχανών. Κατά την τελευταία ανακαίνιση (18ος-19ος αιώνας) η στέγη μπαζώθηκε με αποτέλεσμα να μειωθούν οι κλίσεις και να αλλοιωθεί η μορφή της.

Η συνοικία της Αγίας Τριάδας στις Αρχάνες παίρνει το όνομα της από το ναό της Αγίας Τριάδας του 14ου αιώνα. Ο ναός είναι μονόχωρος με εγκάρσιο νάρθηκα με τοιχογραφίες που έχουν αποκατασταθεί.

Στο μέσο του δρόμου που ενώνει την Καλλιθέα με την Κνωσό, συναντάμε το έρημο μικρό οικισμό του Σελλόπουλου στις όχθες του ποταμού Καίρατου, γνωστό στους αρχαιολόγους από τον θολωτό τάφο που έχει εντοπιστεί εδώ. Κάτω και δίπλα από τον δρόμο είναι κτισμένη η λιτή και μονόχωρη εκκλησία της Αγίας Παρασκευής, η οποία φέρει κατεστραμμένες τοιχογραφίες που χρονολογούνται από την εποχή της Ενετοκρατίας.

Στην κορυφή του ενός από τους δύο λόφους, γνωστούς ως Δύο Αοράκια, δεσπόζει ο ναός των Αγίων Πάντων, ο οποίος ανήκει στην ενορία Καλλιθέας. Παρόλο που φαίνεται ως νεότερος, ο ναός ανήκει στην Ενετική Εποχή και φέρει ελάχιστα ίχνη τοιχογραφιών.

Ο Βυζαντινός ναός της Αγίας Παρασκευής στη Σίβα είναι ένας μικρός μονόχωρος ναός με τρούλο. Εξαιρετικές είναι οι τοιχογραφίες που χρονολογούνται από τις αρχές του 14ου αιώνα, ενώ υπάρχουν τμήματα παλαιότερων περιόδων.

Ο ναός για πολλά χρόνια ήταν χωρίς οροφή μισογκρεμισμένος και σε αθλία κατάσταση. Λίγα χρόνια πριν βρέθηκαν χρήματα και έγινε η αποκατάσταση του με κλείσιμο της ανοικτής οροφής η οποία σήμερα είναι ξυλοσκέπαστη ενώ προστέθηκαν πέτρες στα σημεία που οι τοίχοι είχαν χαλάσει. Εξωτερικά προστέθηκε ένα μικρό πετρόχτιστο καμπαναριό και έτσι σήμερα ο ναός αποτελεί ξανά στολίδι για την περιοχή.

Δίπλα στην παραλία Φλορίδα του Καρτερού βρίσκεται ο σπηλαιώδης ναός του Αγίου Ιωάννη Προδρόμου (29 Αυγούστου) και του Αγίου Νίκωνος του Μετανοείτε (26 Νοεμβρίου). Εντύπωση προκαλούν οι σύγχρονες τοιχογραφίες με τους Αγίους της Κρήτης του αγιογράφου Τάκη Μόσχου εκ Μονεμβασίας..

Κοντά στην Καρκαδιώτισσα, στον έρημο σήμερα οικισμό Αγαλαντέ, σε μια περιοχή κατάφυτη με αιωνόβιους δρυγιάδες, λειτούργησε κατά την Ενετοκρατία το μετόχι της μονής του Αγίου Γεωργίου Επανωσήφη, αφιερωμένο στον Αστράτηγο Μιχαήλ Αρχάγγελο. Παρά την πολυετή πολιορκία του Χάνδακα από τους Οθωμανούς, το μνημείο αυτό δεν υπέστη τις καταστροφές που γνώρισαν τα περισσότερα μοναστήρια της επαρχίας Τεμένους και οι τοιχογραφίες του 15ου αιώνα διασώθηκαν σε σχετικά καλή κατάσταση.

Ανάμεσα στην Καρκαδιώτισσα και τη μονή του Αγίου Γεωργίου του Επανωσήφη, πάνω στον κεντρικό δρόμο, συναντάμε την παλιά μονή του Αγίου Αντωνίου, η οποία σήμερα δεν λειτουργεί. Η μονή που λειτούργησε κατά την Ενετοκρατία αποτελεί μετόχι της μονής Επανωσήφη και είναι κτισμένη σε σημείο όπου σχηματίζονται μικροί καταρράκτες το χειμώνα.

Η Ιερά Μονή Οσίας Ειρήνης Χρυσοβαλάντου Ηρακλείου (εορτ. 28 Ιουλίου), βρίσκεται στις νότιες παρυφές της πόλης. Ιδρύθηκε, ως Ανδρώα Κοινοβιακή Μονή στις 14 Απριλίου 2002 από τον Μεθόδιο Σαμαριτάκη. Σήμερα αριθμεί λίγους μοναχούς που ασχολούνται με την παραγωγή κεριού και θυμιάματος κ.α.