Ο ερειπωμένος ναός της Αγίας Τριάδας βρίσκεται μέσα στα όρια του οικισμού της Λιγόρτυνου της επαρχίας Μονοφατσίου. Η χρήση του τοποθετείται από την μεταβυζαντινή περίοδο ως και την Ενετοκρατία, και πιο συγκεκριμένα μεταξύ του 11ου και του 15ου αιώνα.

Ο ναός της Ζωοδόχου Πηγής βρίσκεται λίγα μέτρα νότια της λίμνης των Δαμανίων και δίπλα στο κοιμητήριο του χωριού. Ο ναός φέρει τοιχογραφίες του 1399 και στην σημερινή του μορφή επανήλθε μετά από αναστήλωση που ξεκίνησε το 1979, καθώς μέχρι τότε ήταν ερειπωμένος.

Δίπλα στο μικρό φράγμα της Κεράς στο χωριό Ίνι συναντάμε το γραφικό ναό της Παναγίας Κεράς που είναι αφιερωμένος στην Ζωοδόχο Πηγή. Ο ναός δε φέρει τοιχογραφίες στο εσωτερικό του. Δίπλα στο ναό υπάρχει ένα μικρό διαμορφωμένο σπηλαίωμα με πηγή με νερό που θεωρείται αγιασμένο.

Ο ναός της Κοίμησης της Θεοτόκου ή Πάνω Παναγιά βρίσκεται στο Βορειοανατολικό τμήμα του κάστρου Belvedere και φέρει πολύ κατεστραμμένο τοιχογραφικό διάκοσμο, φιλοτεχνημένο το 1467 από τον αυτοαποκαλούμενο «ταπεινό ζωγράφο» Γεώργιο Πελέγρη. Ο ζωγράφος μάλλον ταυτίζεται με τον ομώνυμο αγιογράφο που εργάζεται την περίοδο 1456-1487 στο Χάνδακα.

Ο ναός της Αγίας Αναστασίας βρίσκεται στο νοτιοδυτικό τμήμα του κάστρου Belvedere και κατασκευάστηκε σύμφωνα με τον Gerola πάνω στα ερείπια δύο αρχαίων δεξαμενών. Λόγω του μικρού μεγέθους του, το αποσπασματικά σωζόμενο εικονογραφικό πρόγραμμα, το οποίο χρονολογείται στα μέσα του 14ου αιώνα, φέρει ελάχιστες παραστάσεις

Ο ναός των Εισοδίων της Θεοτόκου ή Κάτω Παναγιά βρίσκεται κοντά στο νότιο τμήμα του κάστρου Belvedere και είναι μικρός μονόχωρος ναός με δύο φάσεις. Στην παλαιότερη, πιθανόν του πρώτου μισού του 14ου αιώνα, ανήκει το ανατολικό τμήμα του, το οποίο διασώζει ελάχιστα ίχνη τοιχογραφιών αυτής της περιόδου.

Ο ναός της Παναγίας στο Χουμέρι Μονοφατσίου είναι αφιερωμένος στα Εισόδια της Θεοτόκου και έχει υποστεί αναστήλωση, κατά την οποία χάθηκε μέρος του τοιχογραφικού διακόσμου του 15ου αιώνα. Συγκεκριμένα, ο αρχικός μονόχωρος ναός επεκτάθηκε προς τα δυτικά με την προσθήκη στα νότια ενός κλίτους.

Η Μονή του Αγίου Γεωργίου του Απανωσήφη ή Επανωσήφη βρίσκεται περίπου 30km νότια του Ηρακλείου, κοντά στο Μεταξοχώρι Μονοφατσίου. Είναι η μεγαλύτερη ανδρική μονή στην Κρήτη σε αριθμό μοναχών. Η πνευματική και κοινωνική προσφορά της Μονής στα δύσκολα χρόνια της Τουρκοκρατίας είναι ανεκτίμητη.

Η Μονή Κουδουμά βρίσκεται στην έξοδο του φαραγγιού «Καταρράκτης» στα Αστερούσια Όρη, 80km νότια του Ηρακλείου και μόλις 40m από μια πανέμορφη παραλία. Είναι από τις πλέον απομονωμένες μονές της Κρήτης, καθώς η πρόσβαση από το Ηράκλειο απαιτεί 2,5 ώρες.

Ο Άγιος Νικήτας βρίσκεται 65km νότια του Ηρακλείου, στην ανατολική μεριά των άγριων και άνυδρων Αστερουσίων Όρεων. Το μοναστήρι αρχικά ήταν ερημητήριο μοναχών από τη Μονή Κουδουμά. Είναι κτισμένο πάνω σε ένα μεγάλο ύψωμα με απέραντη θέα στο Λιβυκό Πέλαγος.

Η εκκλησία της Παναγίας Αλμυρής υπάγεται στην ενορία της Μεγάλης Βρύσης και αποτελεί ένα από τα μεγαλύτερα προσκυνήματα της Μεσαράς. Ειδικά στο πανηγύρι της εκκλησίας (της Αναλήψεως) εκατοντάδες πιστοί συρρέουν από όλα τα μήκη και πλάτη της Κρήτης.

Το πρώην μοναστήρι της Παναγίας Καρδιώτισσας βρίσκεται στην καταπράσινη τοποθεσία Παναγία, λίγο έξω από τον Άγιο Θωμά. Η εκκλησία είναι κτισμένη δίπλα στον ποταμό Αξεδιανό και το χειμώνα δημιουργούνται καταρράκτες ακριβώς στο άκρο του περιβόλου της εκκλησίας, κάνοντας το τοπίο πραγματικά μοναδικό.

Ο μικρός μονόχωρος ναός του Αγίου Αντωνίου του Ευνούχου είναι κρυμμένος σε μια κατάφυτη τοποθεσία στον Άγιο Θωμά, δίπλα στο Κτήμα Στρατάκη. Ο ναός, χρονολογείται στην Ενετοκρατία και δε φέρει τοιχογραφικό διάκοσμο.

Ο ναός του Αγίου Ιωάννη βρίσκεται σε μια κατάφυτη τοποθεσία με δρύες δίπλα στο χωριό Ρουκάνι και αποτελεί ένα από τα ιστορικότερα Βυζαντινά μνημεία της Κρήτης. Ο ναός χρονολογείται στον 11ο-12ο αιώνα και πιθανώς λειτουργούσε ως μοναστήρι αφιερωμένο στον Άγιο Ιωάννη το Θεολόγο. Σήμερα ο ναός είναι αφιερωμένος στον Άγιο Ιωάννη τον Πρόδρομο.

Σύμφωνα με τους κατοίκους της Αγίας Βαρβάρας, το χωριό τους βρίσκεται στο κέντρο της Κρήτης. Λένε ότι κάποτε ξεκίνησαν δυο παπάδες, ο ένας από τη Σητεία και ο άλλος από τα Χανιά, για να μοιράσουνε την Κρήτη στη μέση.

Το έρημο χωριό Αξέντι βρίσκεται σε τοποθεσία φυσικού κάλλους ανάμεσα σε γόνιμα χωράφια και δάση από δρυς ενώ η περιοχή έχει την ευλογία να έχει και αρκετές πηγές νερού. Ακόμα και σήμερα στην εκκλησία του χωριού το Άγιο Πνεύμα υπάρχει εικόνα του Αγίου Αυξεντίου να θυμίζει το παλιό όνομα της περιοχής.

Δίπλα στον Αξεδιανό Ποταμό και κοντά στα Πηρουνιανά συναντάμε τον Βυζαντινό ναό του Αγίου Γεωργίου του Χωστού. Ο αρχικός ναός είχε τρούλο, ενώ στη συνέχεια επεκτάθηκε για να μεγαλώσει. Το τμήμα που έχει τον τρούλο φέρει τοιχογραφίες σε μέτρια κατάσταση.

Η περιοχή του Αγίου Θωμά Μονοφατσίου μπορεί άνετα να χαρακτηριστεί ως ένα θρησκευτικό πάρκο, καθώς φιλοξένησε 38 εκκλησίες. Η εντυπωσιακότερη όλων στέκεται ακόμη και σήμερα στο κέντρο του χωριού. Είναι η βυζαντινή εκκλησία αφιερωμένη στον Άγιο Θωμά.

Στο γραφικό χωριό Άγιος Θωμάς Ηρακλείου βρίσκεται ο μοναδικός σε όλη την Κρήτη ναός που τιμά τη μνήμη του Αγίου Ιωάσαφ. Ο Άγιος Ιωάσαφ ή Ιωσάφης όπως τον αποκαλούν οι ντόπιοι γιορτάζει κάθε χρόνο στις 26 Αυγούστου και γίνεται σημαντικό πανηγύρι. Ο ναός αυτός μοναδικός στο είδος του σε ολόκληρη την Κρήτη καθώς είναι εξ’ ολόκληρου λαξευμένος σε μονόλιθο.

Ο ναός του Αρχάγγελου Μιχαήλ βρίσκεται στον Άγιο Θωμά και είναι μονόχωρος ναός με «αρχαϊκές» τοιχογραφίες του 12ου-13ου αιώνα.