Το Μουσείο – Κέντρο Έρευνας και Μελέτης του Μικρασιατικού Πολιτισμού του νομού Χανίων εγκαινιάστηκε το 2019 από την Αδελφότητα Μικρασιατών Χανίων “Ο Αγιος Πολύκαρπος” εις μνήμην της Άννας Νικολιδάκη, σε ακίνητο που παραχώρησε η μονή Αγίας Τριάδας Τζαγκαρόλων.

Το Λαογραφικό και Ιστορικό Μουσείο Νεάπολης στεγάζεται από το 2016 στο κτίριο του πρώτου Γυμνασίου της Νεάπολης και φορέας διαχείρισής του είναι η Πολιτιστική Λαογραφική Εταιρεία Απάνω Μεραμπέλλου. Η έκθεσή του αποτελείται από κειμήλια της πολιτισμικής παράδοσης της επαρχίας Μεραμβέλου που αφορούν την καθημερινή ζωή μετά τον 19ο αιώνα.

Στην Τύλισο στεγάζεται η Δημοτική Πινακοθήκη Μαλεβιζίου αφιερωμένη στον Μπότη Θαλασσινό, σπουδαίο Κρητικό ζωγράφο που καταγόταν από την Τύλισο. Η πινακοθήκη από το 2017 φιλοξενεί περισσότερα από 200 έργα του Μπότη Θαλασσινού, ενώ κατά καιρούς φιλοξενεί κι έργα άλλων καλλιτεχνών.

Το Μουσείο Ιστορίας της Ταφής αποτελεί έναν πολύ ιδιαίτερο χώρο του Ηρακλείου. Στεγάζεται στο διώροφο οστεοφυλάκιο του παλαιού κοιμητηρίου των Αγίων Κωνσταντίνου και Ελένης, το οποίο χρονολογείται από το 1890 και παρουσιάζει την ιστορία της ταφής από τη μινωική εποχή ως και σήμερα.

Το Αρχαιολογικό Μουσείο του Αγίου Νικολάου ιδρύθηκε το 1970 και φιλοξενεί ευρήματα από την νεολιθική εποχή, την Μινωική εποχή και μέχρι τους ελληνορωμαϊκούς χρόνους που προέρχονται από το νομό Λασιθίου.

Το Αρχαιολογικό Μουσείο Σητείας λειτουργεί από το 1984 και φιλοξενεί τα σημαντικότερα αρχαιολογικά ευρήματα από την ανατολική Κρήτη όπως το Παλαίκαστρο, τη Σητεία, τα νησιά του Μόχλους και της Ψείρας, το νεκροταφείο του Αγίου Γεωργίου, το ανάκτορο της Ζάκρου, την ελληνιστική πόλη του Ξερόκαμπου κα

Το Αρχαιολογικό Μουσείο Χανίων βρίσκεται στην ιστορική συνοικία της Χαλέπας, στην πόλη των Χανίων.

Το Αρχαιολογικό Μουσείο στεγάζεται προσωρινά στη βασιλική του Αγίου Φραγκίσκου στο κέντρο της παλιάς πόλης του Ρεθύμνου. Τα εκθέματα του προέρχονται από διάφορες ανασκαφές στο νομό και αντιπροσωπεύουν όλες τις περιόδους,από τη νεολιθική εποχή έως τα χρόνια της ρωμαιοκρατίας.

Το μουσείο ξεκίνησε τις δραστηριότητες του το 2005 και στεγάζεται στο ενετοτουρκικό μνημείο το οποίο είναι γνωστό ως «Διοικητήριο». Τα εκθέματά του παρέχουν μια διαχρονική εικόνα της ιστορίας της περιοχής από την προϊστορική εποχή μέχρι και την ύστερη αρχαιότητα, δηλαδή τους παλαιοχριστιανικούς χρόνους.

Το Αρχαιολογικό Μουσείο των Αρχανών λειτουργεί από το 1993 σε ένα όμορφο νεοκλασικό κτίριο που στέγασε το 1ο δημοτικό σχολείο των Αρχανών, στη συνοικία Τζαμί. Εδώ φυλάσσονται μινωικά πήλινα και λίθινα αγγεία που βρέθηκαν κατά τη διάρκεια ανασκαφών στο Φουρνί, στα Ανεμόσπηλια και στις Αρχάνες.

Στην Αρχαιολογική Συλλογή Μαλεβιζίου εκτίθενται 500 περίπου αρχαία αντικείμενα, που χρονολογούνται σε όλες τις εποχές της Κρητικής αρχαιότητας και εκτίθενται σε 40 περίπου προθήκες.

Η Αρχαιολογική Συλλογή Ιεράπετρας άρχισε να συγκροτείται στα τέλη του 19oυ αιώνα, όταν φιλάρχαιοι κάτοικοι της πόλης ίδρυσαν το Φιλεκπαιδευτικό Σύλλογο Ιεράπετρας, με σκοπό την περισυλλογή και τη διαφύλαξη των αρχαίων της περιοχής και τη δημιουργία μουσειακής συλλογής.

Η Αρχαιολογική και Λαογραφική Συλλογή Μύρτους λειτουργεί από το 2001 και φιλοξενεί τη συλλογή του Γεωργίου Δημητριανάκη. Η αρχαιολογική έκθεση περιλαμβάνει μερικά από τα ευρήματα των αρχαιολογικών χώρων Πύργος και Φούρνου Κορυφή, αλλά και από άλλα σημεία της περιοχής.

Το μουσείο είναι ένα από τα δύο μουσεία κέρινων ομοιωμάτων που υπάρχουν στην Ελλάδα και είναι μια ιδιωτική πρωτοβουλία του γλύπτη Διονύση Ποταμιάνου. Βρίσκεται στα Ζωνιανά Μυλοποτάμου, στους βόρειους πρόποδες του Ψηλορείτη.

Ένας από τους μαρτυρικούς τόπους είναι και τα Περβόλια των Εννιά Χωριών Κισάμου, από όπου κατάγεται και είχε το Αρχηγείο του ο οπλαρχηγός Αναγνώστης Σκαλίδης, ο οποίος δικαίως ονομάσθηκε ο Καραϊσκάκης της Κρήτης.

Το μουσείο λειτουργεί από το 1967 και ιδρύθηκε από το Σωματείο Αγωνιστών Εθνικής Αντίστασης – Ομάδες Μπαντουβά. Στεγάζεται στο σημερινό στρατολογικό γραφείο Ηρακλείου, το οικόπεδο του οποίου ανήκε στον αντάρτη της Εθνικής Αντίστασης, καπετάν Μανώλη Μπαντουβά.

Το μουσείο Εθνικής Αντίστασης του 1941-1945 βρίσκεται στην είσοδο του χωριού. Τα εγκαίνια του Μουσείου έγιναν το Μάιο του 2003 και παραμένει ανοικτό κάθε μέρα χάρη στην εθελοντική προσφορά μιας κοπέλας.

Η συλλογή του Στρατιωτικού Μουσείου Ρεθύμνου βρίσκεται στο Χρωμοναστήρι και περιλαμβάνει στρατιωτικές στολές, όπλα διαφόρων εποχών, παράσημα, ιστορικά κειμήλια από το 1821 και μετά, έκθεση για το Μακεδονικό Αγώνα, βιβλιοθήκη και αίθουσες συνεδριάσεων.

Το ιδιωτικό μουσείο ανήκει στον Γεώργιο Χατζηδάκη ο οποίος βίωσε με δραματικό τρόπο τη Γερμανική Κατοχή. Με το τέλος του πολέμου ξεκίνησε να μαζεύει με πάθος κάθε απομεινάρι της μάχης για να καταφέρει να διατηρήσει ζωντανές τις μνήμες της περιόδου αυτής.