Στην Αρχαιολογική Συλλογή Μαλεβιζίου εκτίθενται 500 περίπου αρχαία αντικείμενα, που χρονολογούνται σε όλες τις εποχές της Κρητικής αρχαιότητας και εκτίθενται σε 40 περίπου προθήκες.

Το μουσείο λειτουργεί από το 1967 και ιδρύθηκε από το Σωματείο Αγωνιστών Εθνικής Αντίστασης – Ομάδες Μπαντουβά. Στεγάζεται στο σημερινό στρατολογικό γραφείο Ηρακλείου, το οικόπεδο του οποίου ανήκε στον αντάρτη της Εθνικής Αντίστασης, καπετάν Μανώλη Μπαντουβά.

Το Μουσείο Ιατρικής στεγάζεται στο Τμήμα Ιατρικής του Πανεπιστημίου Κρήτης στο Ηράκλειο. Η συλλογή του αποτελείται από ιστορικά ιατρικά βιβλία, ιατρικά και χειρουργικά εργαλεία, παλαιά ιατρικά μηχανήματα, φαρμακευτικά σκεύη ιστορικής σημασίας, καθώς και πλούσιο φωτογραφικό υλικό.

Το Μουσείο Εικαστικών Τεχνών στο Ηράκλειο είναι ένα ιδιωτικό μουσείο τέχνης. Ιδρύθηκε το Μάϊο του έτους 2000 από τον K. Σχιζάκη. Οι δραστηριότητες του είναι η διοργάνωση επιμορφωτικών και εκπαιδευτικών σεμιναρίων και διαλέξεων σε θέματα καλλιτεχνικής δημιουργίας.

Η Δημοτική Πινακοθήκη του Δήμου Ηρακλείου φιλοξενείται στον χώρο της Βασιλικής του Αγίου Μάρκου στο κέντρο του Ηρακλείου. Η βασιλική κτίστηκε από τους Ενετούς το 1239, καταστράφηκε το 1303 από σεισμό και αναστηλώθηκε αμέσως.

Το Μουσείο Εικόνων και Κειμηλίων Ιεράς Αρχιεπισκοπής Κρήτης στεγάζεται στον Ενετικό ναό της Αγίας Αικατερίνης των Σιναϊτών, στο κέντρο του Ηρακλείου, και δίπλα στο Μητροπολιτικό Ναό του Αγίου Μηνά. 

Το Mουσείο Κοτσανά-Αρχαίας Ελληνικής Τεχνολογίας μελετά, αναδεικνύει και παρουσιάζει στο ελληνικό και διεθνές κοινό μια ύψιστης σημασίας αλλά σχετικά άγνωστη πτυχή του αρχαιοελληνικού πολιτισμού: την τεχνολογία. Στο ενετικό μεγαρο Ιττάρ, οι επισκέπτες έχουν την μοναδική ευκαιρία να εξερευνήσουν την έκθεση «Αρχαία Ελλάδα-Οι Απαρχές των Τεχνολογιών», η οποία περιλαμβάνει 55 επιλεγμένα εκθέματα –ομοιώματα εφευρέσεων