Ο μικρός μονοχωρος καμαροσκέπαστος ναός της Οσίας Μαρίας της Αιγυπτίας βρίσκεται στον έρημο οικισμό της Σαμαριάς, μέσα στο ομώνυμο φαράγγι, και σε σημείο που οδηγεί σύντομο μονοπάτι. Σύμφωνα με μια από τις εκδοχές, το όνομά του φαραγγιού της Σαμαριάς προέρχεται από την παραφθορά του ονόματος της Οσίας Μαρίας.

Ο ναός της Αγίας Παρασκευής βρίσκεται νοτιοανατολικά του χωριού Αργουλές Σφακίων, πάνω από το μικρό ρέμα που τερματίζει στην όμορφη παραλία της Αγίας Μαρίνας. Είναι μικρός μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός που έχει υποστεί πρόχειρη και κακόγουστη αναστήλωση με τσιμέντο, καθώς είχε καταρρεύσει ο νότιος τοίχος και κινδύνευαν οι αγιογραφίες του

Ο ναός του Αγίου Γεωργίου βρίσκεται κοντά στην Παναγία τη Θυμιανή, στην περιφέρεια του χωριού Κομιτάδες Σφακίων. Αυτό που κάνει τον ναό ένα σπουδαίο Βυζαντινό μνημείο είναι οι υψηλής ποιότητας τοιχογραφίες που σώζονται στο εσωτερικό του από τον γνωστό αγιογράφο της Δυτικής Κρήτης, τον Ιωάννη Παγωμένο

Στο μέσο του οικισμού του Λουτρού είναι κτισμένος ο όμορφος και ευρύχωρος ναός της Παναγίας του Λουτρού αφιερωμένος στην Ζωοδόχο Πηγή που έχει σπουδαία ιστορική σημασία. Το προαύλιο έχει ένα μεγάλο φοινικόδεντρο του Θεόφραστου (της Κρητικής ποικιλίας δηλαδή) και ένα πηγάδι με νερό.

Ανάμεσα στο Λουτρό Σφακίων και τη διάσημη παραλία Γλυκά Νερά συναντάμε το ασβεστοβαμμένο ξωκλήσι του Τιμίου Σταυρού, με μεγάλα τραπέζια που μαρτρούν ότι εδώ γίνεται μεγάλο πανηγύρι στις 14 Σεπτεμβρίου κάθε χρόνο. Στο σημείο του ναού υπήρξε μικρό φρούριο.

Ανάμεσα στα θερμοκήπια του Φραγκοκάστελου συναντάμε το εγκαταλελειμμένο σήμερα μονύδριο του Αγίου Χαραλάμπους με τη λαμπρή όμως ιστορία. Λέγεται ότι στο χώρο της μονής εγκαταστάθηκαν το 1821 οι μοναχοί Γρηγόριος και Μαγδαληνή, αν και πιστεύεται ότι η μονή ήταν πολύ παλαιότερη.

Η μονή της Παναγίας Θυμιανής βρίσκεται κοντά στα Σφακιά, στην περιοχή Θυμέ Αρμί, κι αποτελεί μια από τις ιστορικότερες τοποθεσίες στην Κρήτη. Εδώ στις 29 Μαΐου 1821 οι οπλαρχηγοί της Κρήτης κήρυξαν την επανάσταση κατά της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας. Γι’ αυτό το λόγο η μονή ονομάζεται Αγία Λαύρα της Κρήτης.

Στην περιοχή Πάνω Ρούγα του έρημου χωριού Καλλικράτης βρίσκεται η δίκλιτη εκκλησία της Παναγίας και του Μιχαήλ Αρχαγγέλου, χτισμένη τον 19ο αιώνα. Δεσπόζει το λιθόγλυπτο καμπαναριό του 1893 και το ομοίωμα ηλιακού ρολογιού στον εξωτερικό της τοίχο.

Ο Άγιος Παύλος είναι Βυζαντινή εκκλησία που είναι χτισμένη πάνω στην παραλία, στη θέση Σελούδα. Βρίσκεται στο σημείο όπου ο Απόστολος Παύλος λέγεται ότι βάπτισε ανθρώπους περνώντας από δω κατά το ταξίδι του για τη Ρώμη. Είναι μια πολύ γραφική μικρή εκκλησία, χτισμένη πάνω στην παραλία με πέτρες από την περιοχή.

Ένα από τα σημαντικότερα βυζαντινά μνημεία είναι η Παναγία η Κερά που βρίσκεται στην έξοδο του φαραγγιού της Σαμαριάς, στη θέση που πιθανώς υπήρχε ναός της πόλης Τάρρα (1ος αιώνας μ.Χ.). Ο πρώτος ναός ήταν τρίκλιτη βασιλική και σήμερα αυτό που βλέπουμε είναι η Βυζαντινή εκκλησία που κτίστηκε στη θέση της παλαιότερης.

Στο ορεινό δασικό χωριό Άγιος Ιωάννης Σφακίων συναντάμε το εκκλησάκι της Παναγίας που γιορτάζει την ημέρα της κοιμήσεως της Θεοτόκου στις 15 Αυγούστου. Βρίσκεται στις παρυφές του μεγάλου δάσους του Αγίου Ιωάννη και είναι απέναντι ακριβώς από το εκκλησάκι του Αγίου Ιωάννη που δίνει και το όνομα του στο χωριό.

Λίγο ανατολικά από τη Χώρα Σφακίων, στο Σφακιανό Αμμούδι στην άκρη της θάλασσας βρίσκεται ο ναός του Αγίου Χαραλάμπους. Ο Άγιος Χαράλαμπος των Σφακίων είναι ένας τυπικός σπηλαιώδης ναός από τους πολλούς που συναντάμε στην ακτογραμμή και στην ενδοχώρα των Σφακίων.

Στο κέντρο του ιστορικού χωριού Βουβάς Σφακίων πάνω στον κεντρικό δρόμο δεσπόζει ο χιλιόχρονος ναός της Αγίας Παρασκευής. Η Αγία Παρασκευή είναι η παλαιότερη εκκλησία όλης της κοινότητας και υπήρξε κατάγραφη αιώνες πριν από όμορφες αγιογραφίες. Σήμερα από τις αγιογραφίες αυτές σώζεται μονάχα ένα μικρό τους τμήμα το οποίο όμως είναι αρκετό να μαρτυρήσει την ποιότητα και την τέχνη τους.

Βρίσκεται πολύ κοντά στο δρόμο και νοτιοανατολικά του χωριού σε μία χαρακτηριστικά έρημη από βλάστηση περιοχή γεμάτη μικρά και μεγάλα σπήλαια που φέρνουν στο νου την έρημο που έζησε ο Άγιος Ονούφριος. Από το εκκλησάκι ξεκινά ένα μικρό φαραγγούλι που καταλήγει σε μία απόκρημνη παραλία.

Ο ναός του Αγίου Νικήτα (13ος αιώνας), που λειτούργησε κι ως μονή, βρίσκεται περίπου 300μ. ΒΑ του Φραγκοκάστελου, πάνω στα ερείπια παλαιοχριστιανικής βασιλικής του 6ου αιώνα. Στο εσωτερικό του φέρει ίχνη τοιχογραφιών σε κακή κατάσταση.

Στο κοιμητήριο του χωριού Καψοδάσος Σφακίων, στην έξοδο του επιβλητικού φαραγγιού του Καλλικράτη, είναι κτισμένος ο λιτός μονόχωρος ναός του Αγίου Αθανασίου. Παρόλο που το εξωτερικό του θυμίζει νεότερο ναό, το κτίριο χρονολογείται στον 14ο αιώνα και στο εσωτερικό του φέρει πολύ παλιές τοιχογραφίες.

Ο ναός του Αγίου Γεωργίου βρίσκεται πάνω από το ερειπωμένο πλέον χωριό Κολοκάσια των Σφακίων κοντά στο Φραγκοκάστελο, στην έξοδο του φαραγγιού του Ασφένδου. Ο ναός αυτός δίνει το σημερινό επίσημο όνομά του στον οικισμό.

Ο εντυπωσιακός ναός του Αρχαγγέλου Μιχαήλ (εορτάζει 8 Νοεμβρίου) στην κόψη του φαραγγιού της Αράδαινας είναι τετράστυλος σταυροειδής ναός με θόλο και χρονολογείται στον 14ο αιώνα, που κτίστηκε πάνω σε βασιλική του 5-6ου αιώνα που ανήκε στη πόλη Αραδήν.