Κάτω από το σωζόμενο ναό του Αγίου Παντελεήμονα στη Σούγια Σελίνου σώζονται λείψανα τρίκλιτης ξυλόστεγης βασιλικής με νάρθηκα μήκους 20,80μ και πλάτους 12.40μ, η οποία έχει ανασκαφεί από τον ακαδημαϊκό Α. Ορλάνδο.

Η Παλαιοχριστιανική βασιλική της Παναγίας βρίσκεται μόλις 50μ μακριά από την παραλία της Λισσού και το ιερό της βήμα έφερε κυκλοτερή αψίδα, από την οποία δε σώζεται το σύνθρονο. Μπροστά από την αψίδα διατηρείται η βάση της αγίας τράπεζας, ενώ σε βάθος 60 εκατοστών διατηρείται σε σχετικά καλή κατάσταση το ψηφιδωτό δάπεδο.

Ο κατάγραφος ναός του Αγίου Ισιδώρου είναι κτισμένος σε πλατωμα μικρού λόφου στη μικρή γειτονιά Τζιναλιανά στο Κακοδίκι Σελίνου. Ανήκει στον αρχιτεκτονικό τύπο του μονόχωρου καμαροσκέπαστου. Στις παραστάδες της εισόδου είναι εντοιχισμένα δύο τμήματα από αρχαίο δωρικό επιστύλιο.

Ο κατάγραφος ναός της Παναγίας της (Μ)πιτσιανής βρίσκεται στην τοποθεσία Καουριανά της μικρής γειτονιάς Κάδρος στο Κακοδίκι Σελίνου και είναι αφιερωμένος στη Γέννηση της Θεοτόκου (εορτ. 8 Σεμπτεμβρίου). Ο ναός είναι μικρός, καμαροσκέπαστος με οξυκόρυφη καμάρα ενισχυμένη με σφενδόνιο και δύο τυφλά αψιδώματα στους πλάγιους τοίχους.

Ο ναός του Αγίου Ιωάννη του Χρυσόστομου βρίσκεται μέσα στον οικισμό της Σαρακήνας Σελίνου. Είναι μικρός μονόχωρος καμαροσκέπαστος και φέρει στο εσωτερικό του τοιχογραφικό διάκοσμο που έχει υποστεί σχεδόν ολοκληρωτική καταστροφή.

Ο ναός της Παναγίας στη Σκλαβοπούλα Σελίνου ανήκει στον αρχιτεκτονικό τύπο του μονόχωρου καμαροσκέπαστου και είναι αφιερωμένος στην Κοίμηση της Θεοτόκου. Στο εσωτερικό του φέρει τοιχογραφίες που χρονολογούνται στο πρώτο μισό του 14ου αιώνα και αποδίδονται σε πολύ ικανό αγιογράφο που εισάγει στην Κρήτη τις εξελίξεις της Παλαιολόγειας τεχνοτροπίας.

Στην περιφέρεια του οικισμού Καμηλιανά Σελίνου, κοντά στις Στροβλές, βρίσκεται ο ναός του Μιχαήλ Αρχαγγέλου ή Αστράτηγου. Ο ναός ανήκει στον αρχιτεκτονικό τύπο του μονόχωρου και καμαροσκέπαστου και χρονολογείται στο 1430.

Ο ναός της Παναγίας της Μυρτιδιώτισσας βρίσκεται μέσα στα όρια της γειτονιάς Πλεμενιανά της Κανδάνου. Στο εσωτερικό του διασώζονται τοιχογραφίες σε κακή κατάσταση.

Ο ναός των Αγίων Αποστόλων βρίσκεται ανάμεσα στο Κουφαλωτό και την Κάνδανο της επαρχίας Σελίνου. Στο εσωτερικό του διασώζει τοιχογραφίες του 14ου αιώνα σε κακή κατάσταση.

Ο ναός του Αγίου Γεωργίου βρίσκεται λίγα μέτρα βορειοδυτικά του χωριού Πλεμενιανά της επαρχίας Σελίνου. Ο μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός εξωτερικά είναι λιτός, όπως οι περισσότεροι ναοί της επαρχίας, η οποία αποτελεί ένα ζωντανό Βυζαντινό πάρκο.

Λίγα μέτρα ανατολικά από τη γειτονιά Τσισκιανά που ανήκει στην κοινότητα Επανοχωρίου Σελίνου βρίσκεται ο κατάγραφος Βυζαντινός ναός του Αγίου Ευτυχίούς ή Ευτυχίου (εορτ. 24 Αυγούστου). Ο ναός είναι μικρός, μονόχωρος και καμαροσκέπαστος και είναι κτισμένος σε καταπράσινη ρεματιά με πλατάνια.

Ο κατάγραφος ναός του Μιχαήλ Αρχαγγέλου βρίσκεται λίγα μέτρα έξω από τον οικισμό της Σαρακήνας Σελίνου και πολύ κοντά στο κοιμητήριο του χωριού. Ο ναός είναι κτισμένος στη θέση του μεσαίου κλίτους τρίκλιτου και ξυλόστεγου παλαιοχριστιανικού ναού, από τον οποίο διασώζεται τμήμα της αψίδας του ιερού.

Ο μικρός μονόχωρος ναός του Αγίου Γεωργίου στο Κουστογέρακο Σελίνου βρίσκεται στο κοιμητήριο του χωριού. Ο ναός διασώζει τοιχογραφίες του 15ου αιώνα ιστορημένες από τον ζωγράφο Γεώργιο Προβατόπουλο. σύμφωνα με επιγραφή του 1488.

Ο κατάγραφος ναός του Αγίου Νικολάου είναι κτισμένος σε αγροτική περιοχή βορειοανατολικά της Μονής Σελίνου. Το αρχαιότερο ανατολικό του τμήμα κτίσθηκε στον αρχιτεκτονικό τύπο του μονόχωρου καμαροσκέπαστου ναού με τυφλά αψιδώματα στους πλαϊνούς τοίχους.

Βόρεια του οικισμού της Σούγιας σώζεται ο ναός της Αγίας Ειρήνης στον αρχιτεκτονικό τύπο του μονόχωρου με τρούλο, στον οποίο προστέθηκε σε δεύτερη φάση καμαροσκέπαστος νάρθηκας που σώζεται σε μια όψιμη ανακατασκευή του θόλου του. Ο αρχικός ναός χρονολογείται στον 13ο αιώνα και τα αρχιτεκτονικά του χαρακτηριστικά συνδέονται με την παράδοση της Ελλαδικής Σχολής

Στην πάνω γειτονιά του χωριού Στροβλές της επαρχίας Σελίνου είναι κτισμένος ο ναός του Τιμίου Σταυρού. Ο ναός χρονολογείται περίπου στο 1440 και ανήκει στον αρχιτεκτονικό τύπο του καμαροσκέπαστου μονόχωρου ναού, στον οποίο έχει προστεθεί βαρύ κωδωνοστάσιο σε δεύτερη φάση.

Ο ναός του Αγίου Αντωνίου βρίσκεται στην τοποθεσία Χασιανά μέσα στον οικισμό της Κανδάνου. Στο εσωτερικό του σώζονται ίχνη από τοιχογραφίες που ανάγονται στην Ενετοκρατία.

Ο Ναός της Αγίας Παρασκευής στη γειτονιά Τραχινιάκος της Κανδάνου αποτελεί έναν από τους τρεις τοιχογραφημένους ναούς του οικισμού, γεγονός που αναδεικνύει την σπουδαία του θρησκευτική παράδοση. Οι άλλοι δύο ναοί είναι ο Άγιος Ιωάννης και ο Προφήτης Ηλίας.

Ο Ναός του Αγίου Νικολάου στην Κάνδανο της επαρχίας Σελίνου βρίσκεται στο κέντρο του χωριού. Εξωτερικά θυμίζει σύγχρονη εκκλησία, όπως πάρα πολλοί Βυζαντινοί ναοί του Σελίνου, αλλά στο εσωτερικό του έχουν εντοπιστεί ίχνη τοιχογραφιών.

Στο κοιμητήριο του χωριού Σπανιάκος υπάρχει ο σταυρεπίστεγος ναός του Αγίου Γεωργίου. Δυστυχώς σήμερα ο ναός έχει δεχθεί ατυχείς παρεμβάσεις στο εξωτερικό του και δε θυμίζει τον γραφικό ναό του 14ου αιώνα.