Ο ναός της Αγίας Παρασκευής του Μερίτη βρίσκεται μέσα στα όρια της Γεωργικής Σχολής Μεσαράς στην είσοδο του χωριού Αμπελούζος της επαρχίας Καινουργίου. Ο ναός είναι το μοναδικό σωζόμενο απομεινάρι από το μικρό μοναστήρι που λειτούργησε ως μετόχι της Μονής Αγίου Φανουρίου στο Βαλσαμόνερο.

Ο ναός του Αγίου Γεωργίου του Κονταρά χρονολογείται τον 11ο-12ο αιώνα και στο εσωτερικό του φέρει τοιχογραφίες της Ενετοκρατίας

Στην καταπράσινη λαγκαδιά που ήταν κτισμένος ο «εξαφανισμένος» σήμερα οικισμός της Παλιάμας διασώζεται ο εντυπωσιακός δίκλιτος ναός του Αγίου Χαραλάμπους και της Παναγιάς. Ο ναός στο εσωτερικό φέρει αποσπασματικά ίχνη τοιχογραφιών.

Λίγο νότια από το κέντρο του χωριού Άνω Μούλια της επαρχίας Καινουργίου βρίσκεται ο μικρός ναός των Αποστόλων Πέτρου και Παύλου στο κέντρο μιας μικρής γρααφικής πλατείας. Εξωτερικά φαίνεται σύγχρονος ναός, αλλά η αρχική του κατασκευή ανάγεται στον 13ο αιώνα, όπως χρονολογείται η σωζώμενη τοιχογραφία της Καιόμενης Βάτου.

Ο εγκαταλελειμένος οικισμός της Απολύχνου που βρίσκεται σε υψόμετρο 220μ, μέσα σε όμορφο φαράγγι με πηγές και πλατάνια. Πάνω από τις πηγές έχει κτιστεί ο Βυζαντινός ναός του Αγίου Παντελεήμονα. Ο ναός είναι μονόχωρος καμαροσκέπαστος με οξυκόρυφο θόλο που χρονολογείται στον 14ο αιώνα και οι κάτοικοι της Μεσαράς θεωρούν θαυματουργό.

Ο ναός της Παναγίας των Αγγέλων βρίσκεται στην αγροτική τοποθεσία Φραδιό, ανάμεσα στα χωριά Ρουφάς και Μορόνι. Ο ναός υπήρξε καθολικό της καθολικής μονής της Παναγίας των Αγγέλων του τάγματος των Φραγκισκανών μοναχών που λειτούργησε κατά τον 15ο αιώνα.

Το σχεδόν έρημο σήμερα χωριουδάκι της Παναγίας της επαρχίας Καινουργίου πήρε το όνομά του από το τρίκλιτο Βυζαντινό ναό της Παναγίας, που είναι αφιερωμένος στην Κοίμηση της Θεοτόκου. Πιστεύεται ότι ο ναός αρχικά, κατά τον 15ο αιώνα, υπήρξε το κέντρο ενός θρησκευτικού συγκροτήματος, το οποίο στο πέρασμα του χρόνου μετεξελίχθηκε στον οικισμό της Παναγιάς.

Η Μονή του Αγίου Νικολάου είναι μικρό μετόχι της μονής Βροντησίου κτισμένο στο όρος Σανίδα πάνω από το χωριό Σκούρβουλα. Το παλιό ερειπωμένο μοναστήρι αναστηλώθηκε εκ βάθρων από τον μοναχό Ιωσήφ Ανδρουλάκη και επαναλειτούργησε το 2014.

Η μονή του Αγίου Νικολάου βρίσκεται στην έξοδο του πανέμορφου φαραγγιού του Γάφαρη (ή του Ρούβα), περίπου 48km νοτιοδυτικά του Ηρακλείου και 3km βόρεια του Ζαρού. Είναι κτισμένο στο σημείο που το 1994 μεγάλη πυρκαγιά κατέκαψε μεγάλο μέρος του πανέμορφου δάσους του φαραγγιού.

Η Μονή του Αγίου Αντωνίου Απεζανών είναι κτισμένη σε ένα βραχώδες υψίπεδο των Αστερουσίων Όρεων, σε υψόμετρο 440m, περίπου 63km νότια του Ηρακλείου. Από το σημείο αυτό ξεκινάει η μεγάλη κοιλάδα του Αντισκαρίου που καταλήγει στα Πλατειά Περάματα.

Η Μονή της Παναγίας της Καλυβιανής βρίσκεται σε υψόμετρο 80m περίπου 60km νότια από το Ηράκλειο, κοντά στις Μοίρες και στο χωριό Καλύβια. Είναι σχετικά νέα μονή η οποία χτίστηκε πάνω στα ερείπια παλιάς εκκλησίας.

Η Μονή Βροντησίου βρίσκεται 49km νοτιοδυτικά του Ηρακλείου, κοντά στο Βοριζιανό φαράγγι, ανάμεσα στα χωριά Ζαρός και Βορίζια σε μια περιοχή με πανορανική θέα στον κάμπο της Μεσαράς. Η μονή είναι αφιερωμένη στον Άγιο Αντώνιο και αποτελεί ένα από τα παλαιότερα μοναστήρια στην Κρήτη.

Η έρημη Μονή Βαρσαμόνερου βρίσκεται περίπου 53km νοτιοδυτικά του Ηρακλείου, στις νότιες υπερώιες του Ψηλορείτη. Ήταν κτισμένη σε μια πανοραμική περιοχή κοντά στα Βορίζια, με απεριόριστη θέα στην πεδιάδα της Μεσαράς.

Σε μικρή απόσταση βόρεια του χωριού Βώροι βρισκόταν η μονή της Παναγίας της Καρδιώτισσας, μετόχι της μονής Βαρσαμόνερου. Σήμερα σώζεται μόνο ο κατάγραφος διπλός καμαροσκέπαστος ναός με αξιόλογες τοιχογραφίες στο νότιο κλίτος (τέλη 14ου αιώνα). Στο βόρειο τοίχο σώζεται αρκοσόλιο, δηλαδή ταφικό μνημείο της Ενετοκρατίας.

Το χωριό Άγιοι Δέκα οφείλει το όνομά του στους 10 Κρήτες Χριστιανούς, που μαρτύρησαν εκεί κατά τη διάρκεια των διωγμών που πραγματοποίησε ο Δέκιος το 250 μ.Χ. Στο σημείο όπου μαρτύρησαν, στη θέση Αλώνιον, βρίσκεται σήμερα η τρίκλιτη βασιλική του 12ου αιώνα.

Ο ναός του Αγίου Γεωργίου βρίσκεται στον αρχαιολογικό χώρο της Αγίας Τριάδας, κοντά στη Φαιστό. Είναι μικρός, μονόχωρος, καμαροσκέπαστος ναός με τοιχογραφίες του 13-14ου αιώνα. Δίπλα στο ναό σώζονται τάφοι της Ενετοκρατίας.

Ο ναός του Αγίου Γεωργίου της Φαλάνδρας ή Φλάνδρας βρίσκεται κοντά στη Φαιστό και ήταν καθολικό μικρής μονής. Δίπλα στο ναό σώζονται τάφοι της Ενετοκρατίας (με επιγραφή του 1581).

Το βαπτιστήριο του Αγίου Παύλου βρίσκεται στην είσοδο του χωριού του Αγίου Ιωάννη, κοντά στη Φαιστό. Σύμφωνα με την παράδοση, όταν ο Απόστολος Παύλος ήρθε στην Κρήτη και κατευθύνθηκε προς την τότε πρωτεύουσα του νησιού (Γόρτυνα) πέρασε από το σημείο όπου δίδαξε το λόγο του Ιησού για δύο ημέρες.

Λίγο έξω από το πανέμορφο χωριό Πανασός Ηρακλείου συναντάμε το ξωκκλήσι του Αγίου Ιωάννη του Ριγολόγου. Στον Άη Γιάννη μας οδηγεί ένας πρόχειρος χωματόδρομος διασχίζοντας μια περιοχή με αρχαίες ελιές και περίεργα βράχια γεμάτα λαξεύματα και σκαλίσματα από την αρχαιότητα.

Στη μέση του κάμπου ανάμεσα στα χωριά Πανασός και Γέργερη Ηρακλείου συναντάμε τον Άη Γιάννη το Γεργιανό. Γεργιανός λέγεται επειδή ενώ βρίσκεται κτισμένος σε αγροτική περιφέρεια του Πανασού ανήκει σήμερα στη Γέργερη. Ο Άγιος Ιωάννης ο Γεργιανός τιμάται στην γέννηση του Τιμίου Προδρόμου και γιορτάζει ανήμερα του Κλήδονα.