Ο ναός του Αγίου Γεωργίου βρίσκεται στον προαύλιο χώρο του νεότερου ναού των Αγίων Ραφαήλ, Νικολάου και Ειρήνης στην όμορφη Αξό Μυλοποτάμου.

Ο Τίμιος Σταυρός ή Κουλούκωνας (1076μ) αποτελεί τη δεύτερη ψηλότερη κορυφή των Ταλαίων Ορέων μετά τον Κουτσοτρούλη (1084μ). Στην κορυφή είναι κτισμένος ο ναός του Τιμίου Σταυρού και η πρόσβαση γίνεται από τα Απλαδιανά μέσω χωματόδρομου αρχικά και στη συνέχεια από μονοπάτι.

Ο ναός της Παναγίας της Πανωκαστριανής βρίσκεται πανω από το Καστρί Μυλοποτάμου, στο σημείο που ήταν κτισμένο το ερειπωμένο φρούριο Πάνω Καστέλι. Το Καστρί υπήρξε η έδρα και το ορμητήριο της ισχυρότερης χριστιανικής οικογένειας κατά την Ενετοκρατία, των Καλλέργηδων, των οποίων τα οικόσημα εντοπίζονται στην αψίδα του ιερού..

Ο ναός της Παναγίας της Φανερωμένης βρίσκεται στον Άγιο Ιωάννη Μυλοποτάμου και ιδρύθηκε επί αυτοκρατορίας του Ανδρόνικου Β' Παλαιολόγου (1282-1328). Ο ναός ανήκει στον τύπο του μονόχωρου καμαροσκέπαστου, ο οποίος επεκτάθηκε προς τα δυτικά τον 16ο αιώνα. Στα νότια της επέκτασης προστέθηκε ταφικό παρεκκλήσι με ογκώδη σαρκοφάγο.

Ο ναός του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου βρίσκεται στο νεκροταφείο της Αξού, βόρεια από το λόφο της Αρχαίας Αξού. Αποτελεί μια από τις πολλές Βυζαντινές εκκλησίες της Αξού, που ήκμασε από την Ελληνορωμαϊκή Εποχή ως και τα ύστερα Βυζαντινά χρόνια.

Στο κέντρο του χωριού Αξός Μυλοποτάμου και ακριβώς πάνω από την κρήνη που ξεδιψάει τον επισκέπτη με το γάργαρο νερό της, βρίσκεται ο δίκλιτος ερειπωμένος ναός του Μιχαήλ Αρχαγγέλου. Ο ναός έχει κτιστεί πάνω στα ερείπια παλαιοχριστιανικής βασιλικής, της οποίας διακρίνονται ακόμη τα ίχνη της μεγάλης ημικυλινδρικής αψίδας του ιερού βήματος.

Στη γειτονιά Καβαλαριά στο Αρμί των Ανωγείων Μυλοποτάμου βρίσκεται ο επιβλητικός δίκλιτος ναός του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου και των Εισοδίων της Παναγίας. Στο εσωτερικό του υπάρχει εντυπωσιακό ξυλόγλυπτο τέμπλο με ανάγλυφες λεπτομέρειες. Το νότιο κλίτος φέρει τοιχογραφικό διάκοσμο των αρχών του 14ου αιώνα.

Σε μια κοιλάδα κατάφυτη από πορτοκαλιές νοτιοδυτικά του Φόδελε, στην περιοχή Δασούρα, βρίσκονται οι Τρεις Εκκλησιές. Πρόκειται για το ναό της Ευαγγελίστριας που σώζεται (ανακαινισμένος) και για κατάλοιπα κτιρίων λίγο παραδίπλα πνιγμένων στη βλάστηση που αποδίδονται στον Άγιο Γεώργιο και στον Άγιο Νικόλαο.

Βρίσκεται μέσα στον ιστό του χωριού και λίγα μέτρα δυτικά του λόφου της Αρχαίας Αξού. Ο ναός ανήκει στον τύπο του μονόχωρου καμαροσκέπαστου με τρούλο, στον οποίο έχει προστεθεί στα δυτικά νάρθηκας. Χρονολογείται στον 14ο και στο εσωτερικό διατηρούνται ελάχιστα ίχνη από τον τοιχογραφικό διάκοσμο.

Ο επιβλητικός ναός του Αγίου Γεωργίου στον Καλαμά Μυλοποτάμου χρονολογείται στον 12ο αιώνα και είναι από τις εντυπωσιακότερες εκκλησίες του νομού Ρεθύμνης. Έχει ιδιαίτερη αρχιτεκτονική,καθώς είναι σταυροειδής με δύο νάρθηκες μπροστά και θόλο στο κέντρο του σταυρού, θυμίζοντας τρίκλιτη εκκλησία.

Η Μονή του Αγίου Παντελεήμονος βρίσκεται 25km δυτικά του Ηρακλείου και 3km νότια του Φόδελε, σε μια κατάφυτη περιοχή από πορτοκαλεώνες και ελαιώνες. Το μοναστήρι ήταν κτισμένο με φρουριακή αρχιτεκτονική για να αποκρούει τις εχθρικές επιθέσεις. Σήμερα σώζεται τμήμα από τον οχυρωματικό περίβολο και η όμορφη είσοδος του μοναστηριού.

Η Μονή Αττάλης ή Μπαλή βρίσκεται στις πλαγιές του λόφου της Αγίας Υπακοής, δυτικά του Μπαλίου, με πανοραμική θέα στη θάλασσα και πολύ κοντά στην Εθνική Οδό Ρεθύμνου - Ηρακλείου. Στην περιοχή, που μέχρι το 1970 που ανοίχτηκε ο εθνικός δρόμος ήταν απομονωμένη, άνθισε ο μοναχισμός και ο ασκητισμός.

Η Μονή Δισκουρίου βρίσκεται 43km ανατολικά του Ρεθύμνου και θεωρείται μια από τις παλαιότερες μονές της Κρήτης. Η παλαιότητα της αποδεικνύεται από την ύπαρξη του κοντινού κατάγραφου Βυζαντινού ναού του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου.

Η μονή Σωτήρος Χριστού Χαλέπας ή Χαλεπά είναι κτισμένη σε ψηλό λόφο κοντά στα χωριά Τσαχιανά και Βενί, 46km ανατολικά του Ρεθύμνου. Η θέα προς την κοιλάδα του Μυλοπόταμου από το σημείο αυτό είναι πανοραμική. Παρότι πριν από το 2000 το μοναστήρι ήταν ένα σύνολο από ερείπια, σήμερα έχει αναστηλωθεί σε μεγάλο μέρος.

Η μονή Τιμίου Σταυρού Βωσάκου βρίσκεται σε ένα μικρό οροπέδιο ανάμεσα στις κορυφές Κουτρούλης και Μεσοκόφινας των Ταλαίων Όρεων, 50km ανατολικά του Ρεθύμνου. Η πρόσβαση στο μοναστήρι με αυτοκίνητο γίνεται μέσω του χωριού Δοξαρό και το τοπίο στη διαδρομή είναι μοναδικό. Δρόμος υπάρχει επίσης κι από τις Σίσες.

Η μονή βρίσκεται στο χωριό Μαργαρίτες, 30 χλμ νότια του Ρεθύμνου, και κτίστηκε στα τέλη του 15ου – αρχές 16ου αιώνα και ανήκει στη Μονή Καρακάλου του Αγίου Όρους.Ο κτήτορας της μονής, ανήκε στην ενετοκρητική οικογένεια των Δανδόλων.

Η μονή Αρσανίου βρίσκεται κοντά στο Παγκαλοχώρι, 11km ανατολικά του Ρεθύμνου, σε μια θέση με πανοραμική θέα στο Κρητικό Πέλαγος. Ο ναός του μοναστηριού είναι αφιερωμένος στον Άγιο Γεώργιο και είναι μια σταυροειδής βασιλική με τρούλο. Στη μονή λειτουργεί μουσείο και συνεδριακό κέντρο.

Σε απόσταση 250m από τη θάλασσα θα δείτε το ερειπωμένο μοναστήρι του Αγίου Αντωνίου, από το οποίο μόνο το εκκλησάκι σώζεται. Η μονή προφανώς εγκαταλείφθηκε λόγω των συχνών πειρατικών επιδρομών κατά τη διάρκεια της Ενετοκρατίας.

Η έρημη σήμερα μονή της Κοίμησης της Θεοτόκου στον Αστυρακιά, βρίσκεται σε μια ειδυλλιακή τοποθεσία στην ανατολική πλευρά του Αρκαδιώτικου Φαραγγιού. Από το μικρό αυτό μοναστήρι σώζεται ο ναός και ίχνη από τα κελιά, ενώ εντύπωση προκαλούν οι αναβαθμίδες που χρησιμοποιούνταν για να κρατούν το χώμα και να καλλιεργούν.

Ο ναός της Ζωοδόχου Πηγής στην τοποθεσία Δρακόνερο λειτούργησε ως μοναστήρι κατά την Ενετοκρατία. Θεωρείται ο μεγαλύτερος σταυροειδής ναός της Κρήτης με τρούλο. Στο εσωτερικό του ναού υπάρχει ένα από τα ωραιότερα αρκοσόλια του 16ου αιώνα (ταφικό μνημείο) με οικόσημο των Τζαγγαρόλων. Επίσης σώζεται τμήμα των τοιχογραφιών (Ασπασμός Πέτρου και Παύλου, Παναγία σε θρόνο κλπ).