Ο ναός του Αγίου Νικολάου στις Λαμπιώτες είναι μικρός καμαροσκέπαστος και μονόχωρος που βρίσκεται στην είσοδο του χωριού. Αποτελεί ένα από τους πολλούς ναούς της επαρχίας Αμαρίου που είναι αφιερωμένοι στον Άγιο Νικόλαο. Πάνω από την είσοδο διακρίνεται ανακουφιστικό τόξο, όπου υπήρχε αγιογραφία του Αγίου Νικολάου.

Ο ναός της Παναγίας που βρίσκεται στο κοιμητήριο της κοινότητας των Λαμπιωτών είναι μικρός μονόχωρος καμαροσκέπαστος του 14ο αιώνα. Ο ναός έχει υποστεί επέκταση προς τα δυτικά κατά τον 15ο αιώνα, όταν και τοποθετήθηκε αρκοσόλιο (Ενετικό ταφικό μνημείο) ατη νότια πλευρά.

Ο ναός του Αγίου Γεωργίου του Ξιφηφόρου βρίσκεται σε κατάφυτη τοποθεσία βορειοδυτικά του χωριού Αποδούλου Αμαρίου. Ο ναός είναι μονόχωρος καμαροσκέπαστος με τρία τυφλά αψιδώματα σε κάθε μακρά πλευρά, συμμετρικά τοποθετημένα ως προς τον κεντρικό εγκάρσιο άξονα.

Στον κοιμητηριακό ναό του χωριού Νευς Αμάρι στην επαρχία Αμαρίου βρίσκεται ο μικρός μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός των Ταξιαρχών. Ο ναός χρονολογείται στην Ενετοκρατία και πάνω από την είσοδο, εξωτερικά, σώζεται συστοιχία πινακίων (στρογγυλά διακοσμητικά κεραμικά) σε σχήμα σταυρού.

Ο ερειπωμένος ναός της Παναγίας στο χωριό Πατσός Αμαρίου είναι αφιερωμένος στη Γέννηση της Παναγίας. Η μεγαλοπρέπεια του οικοδομήματος και η υψηλή ποιότητα των υλικών κατασκευής και των σωζώμενων τοιχογραφιών, κατατάσσουν το ναό στους σημαντικότερους της Κρήτης.

Στην αγροτική τοποθεσία Μουρτζές νοτιοανατολικά από τον Φουρφουρά Αμαρίου βρίσκεται ο Βυζαντινός ναός του Αγίου Γεωργίου που χρονολογείται στις αρχές του 15ου αιώνα. Ο μικρός μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός έχει κτιστεί στη θέση αρχαιότερου.

Ο ναός της Παναγίας στο κέντρο του μικρού χωριού Αγία Παρασκευή της επαρχίας Αμαρίου είναι καμαροσκέπαστος και μονόκλιτος. Σύμφωνα με κτητορική επιγραφή στην είσοδο ο ναός κτίστηκε το 1516 με δαπάνη της οικογένειας Γεωργίου Βαρούχα.

Στο κοιμητήριο του χωριού Παντάνασσα της επαρχίας Αμαρίου συναντάμε τον εντυπωσιακό δίκλιτο ναό που είναι αφιερωμένος στον Άγιο Ιωάννη τον Πρόδρομο και στην Αγία Τριάδα. Ο ναός κτίστηκε το 1645 και κτήτοράς του ήταν το Μανώλης Βλαστός. Εντύπωση προκαλούν οι θύρες με τα γοτθικά στοιχεία, ενώ στο εσωτερικό του σώζεται θολωτός τάφος που χρονολογείται στο 1594.

Χτισμένο σε περίοπτη θέση με μοναδική θέα στον Ψηλορείτη το Βένι (ανηφόρα στο κρητικό ιδίωμα) χρησιμοποιήθηκε από τη Μινωική εποχή σα λατρευτικό σπήλαιο και παντού συναντά κανείς ακόμα και σήμερα όστρακα.

Η Μονή Ασωμάτων βρίσκεται 35km νοτιοανατολικά του Ρεθύμνου, στο μέσο μιας κατάφυτης κοιλάδας του Αμαρίου που σχηματίζεται ανάμεσα στο Όρος Κέδρος και στον Ψηλορείτη. Ο ναός της μονής είναι αφιερωμένος στους Ταξιάρχες (=Ασώματοι).

Ο ναός του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου βρίσκεται στην τοποθεσία Φωτί και ήταν το καθολικό μικρής μονής. Φέρει τοιχογραφίες δύο φάσεων: του 13ου αιώνα και του 14-15ου αιώνα. Ο γύρω χώρος έχει διαμορφωθεί σε παρκάκι.

Πάνω από το χωριό Άνω Μέρος, στο Όρος Κέντρος, βρίσκεται η παλιά Μονή της Καλόειδενας, που δε λειτουργεί πλεόν, με τον αναστηλωμένο βυζαντινό ναό αφιερωμένο στον Αφέντη Χριστό. Σήμερα, εκτός από την εκκλησία, δε σώζονται πολλά από το μοναστήρι,.

Ο ναός της Παναγίας στην Πετράιδα ή Πετράδια ήταν καθολικό μονής που λειτούργησε τον 16ο αιώνα, πιθανώς ως μετόχι της μονής Ασωμάτων, από τον μοναχό Θεόφιλο Βαρούχα. Το μόνο σωζόμενο στοιχείο για τη μονή βρίσκεται στο υπέρθυρο της εισόδου, όπου αναγράφεται η ημερομηνία του 1843 και το όνομα του μοναχού Ιωσήφ που ήταν ηγούμενος ως το 1860.

Ο Ναός της Κοιμήσεως της Θεοτόκου βρίσκεται στο χωριό του Μέρωνα και η παλαιότερη αναφορά του ονόματος εντοπίζεται σε νοταριακό έγγραφο του 1301. Ο οικισμός ονομάστηκε Μέρωνας, από το ρήμα μερώνω – ημερώνω – ημερεύω, καθώς σύμφωνα με τη παράδοση, στον τόπο αυτό «μέρωσε» η Παναγία και κτίστηκε ως πρώτο κτίσμα του χωριού, ο ναός προς τιμήν της.

Ο πανέμορφος ναός της Παναγίας Κεράς στο Αμάρι είναι κρυμμένος ανάμεσα σε ελαιώνες της περιοχής. Ο τρίκλιτος ναός του 15ου αιώνα είναι κτισμένος στη θέση κατεστραμμένου σταυροειδούς ναού με τρούλο του 13ου αιώνα, που με τη σειρά του πιστεύεται ότι ήταν κτισμένος στη θέση ναού του Απόλλωνα.

Ο ναός της Παναγίας της Κρυονερίτισσας βρίσκεται σε υψόμετρο περίπου 1100μ στο όρος Κέδρος και υπάγεται στην ενορία των Βρυσών Αμαρίου. Παίρνει το όνομά της από κοντινή πηγή. Είναι μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός αφιερωμένος στη Ζωοδόχο Πηγή και φέρει εντυπωσιακές ανάγλυφες παραστάσεις στις πελεκημένες πέτρες της εισόδου.

Στο σημείο που βρισκόταν οι κατασκηνώσεις της Εκκλησίας στο Μέρωνα, μέσα σε ένα μοναδικό τοπίο με πανύψηλες βελανιδιές, υπάρχει η μικρή μονόχωρη εκκλησία του Αγίου Νικολάου και μια μικρή πηγή. Το ιερό του ναού φέρει εξαιρετικές τοιχογραφίες του 13ου αιώνα με το χαρακτηριστικό αυστηρό ύφος της εποχής.

Ο ναός της Γέννησης της Θεοτόκου (8 Σεπτεμβρίου) βρίσκεται στη θέση Σόχωρα κοντά στον Μέρωνα. Ο ναός είναι γνωστός ως Παναγία η Μαυριδιανή μάλλον από το όνομα του Μαυρίκιου, ο οποίος αναφέρεται ως ιδιοκτήτης της περιοχής.

Ο ναός της Αγίας Παρασκευής αποτελεί μετόχι της μονής Ασωμάτων και είναι μικρός σταυροειδής ναός. Σώζεται αρκοσόλιο (ταφικό μνημείο) και μια μόνο τοιχογραφία του Χριστού που ευλογεί τους κτήτορες.

Ο κοιμητηριακός ναός του Καλόγερου Αμαρίου είναι αφιερωμένος στην Αγία Μαρίνα και φέρει τοιχογραφίες του 1225. Παρατηρήστε τα φωτοστέφανα σε μερικές που είναι σκαλιστά στον τοίχο.