Ο ναός της Παναγίας της Κοίμησης βρίσκεται στο παλιό κοιμητήριο κάτω από το χωριό Δρύμισκος της επαρχίας Αγίου Βασιλείου. Η πρόσβαση γίνεται με χωματόδρομο που ξεκινάει από το δρόμο που ενώνει τη Δρύμισκο με την Πρέβελη.

Ο ναός της Παναγίας βρίσκεται στο κοιμητήριο πάνω από το χωριό Δρύμισκος της επαρχίας Αγίου Βασιλείου, σε σημείο με εντυπωσιακή θέα στην κοιλάδα των Χελιδονιών. Είναι αφιερωμένος στο Γενέθλιον της Θεοτόκου που εορτάζεται από την Εκκλησία στις 8 Σεπτεμβρίου.

Ο ναός του Σωτήρος Χριστού βρίσκεται στα Ακούμια Αγίου Βασιλείου και είναι αφιερωμένος στη Μεταμόρφωση του Σωτήρος (6 Αυγούστου). Ο αρχικός μονόχωρος ναός χρονολογείται στον 13ο αιώνα και έχει επεκταθεί μεταγενέστερα προς στα δυτικά, ενώ με τις προσχώσεις πλέον βρίσκεται σε χαμηλότερο επίπεδο από το έδαφος.

Ο Ναός της Παναγίας στον Κισσό Αγίου Βασιλείου βρίσκεται δίπλα στο κοιμητήριο του χωριού και είναι αφιερωµένος στο Γενέθλιο της Θεοτόκου. Ο αρχικός μονόχωρος ναός έχει επεκταθεί στα δυτικά μάλλον στις αρχές του 20ου αιώνα, όταν προστέθηκε το εντυπωσιακό κωδωνοστάσιο που φέρει την χρονολογία 1901.

Ο ναός του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου βρίσκεται στα όρια του οικισμού Κισσός της επαρχίας Αγίου Βασιλείου και εορτάζει στις 26 Σεπτεμβρίου. Είναι μικρός καμαροσκέπαστος του 13ου αιώνα, με σχετικά μεγάλο ύψος σε σχέση με τις άλλες του διαστάσεις, θεμελιωμένος σε φυσικό βράχο.

Ο ναός του Αγίου Γεωργίου βρίσκεται στο κοιμητήριο του χωριού Μουρνέ της επαρχίας Αγίου Βασιλείου. Από την τεχνοτροπία των τοιχογραφιών του, χρονολογείται στις αρχές του 14ου αιώνα, παρόλο που δε διασώζεται κτητορική επιγραφή.

Ο ναός του Σωτήρος Χριστού βρίσκεται στο κοιμητήριο, πάνω στο κεντρικό δρόμο της συνοικίας του Πάνω Χωριού στο Σπήλι της επαρχίας Αγίου Βασιλείου. Ο ναός είναι αφιερωμένος στη Μεταμόρφωση του Σωτήρος και εορτάζει στις 6 Αυγούστου.

Ο ναός του Αγίου Γεωργίου βρίσκεται στην τοποθεσία Μάζα, λίγο ανατολικά του χωριου Λαμπηνή της επαρχίας Αγίου Βασιλείου. Είναι μικρός μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός, σε τοποθεσία κρυμμένη από τον κεντρικό δρόμο που περνάει σε κοντινή απόσταση.

Ο ναός του Αγίου Γεωργίου στο Ξυλομαχαίρι βρίσκεται ανατολικά της Μονής Πρέβελη, πολύ κοντά στο επιβλητικό φαράγγι του Κουρταλιώτη και στην έξοδο του Φρατιανού Φαραγγιού. Είναι μικρός μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός που χρονολογείται στα μέσα του 13ου αιώνα, ο οποίος αργότερα επεκτάθηκε προς τα δυτικά. Στο εσωτερικό του σώζονται δύο στρώματα τοιχογραφιών, καθώς μετά την επέκταση αγιογραφήθηκε εκ νέου.

Ο δίκλιτος ναός της Μεταμορφώσεως του Σωτήρος Χριστού και της Αγίας Αικατερίνης βρίσκεται μέσα στον οικισμό του Κισσού Αγίου Βασιλείου. Αποτελεί τον κεντρικό ναό του όμορφου αυτού χωριού.

Στο έρημο χωριό Διμπλοχώρι σώζονται τρεις ναοί: ο ερειπωμένος ασκεπής ναός του Αγίου Ιωάννη πολύ κοντά στο καβούσι (πηγή), ο παλιός ναός του Αγίου Γεωργίου λίγο πριν φτάσουμε στον οικισμό και ο εντυπωσιακός κατάγραφος ναός της Παναγίας.

Η Μονή Αγίου Πνεύματος πιθανόν ιδρύθηκε κατά τον 12ο αιώνα και σίγουρα στο τέλος της Ενετοκρατίας ήταν αυτόνομο και σε άνθιση. Στις 15 Ιουνίου 1821 οι Αμπαδιώτες Τούρκοι έσφαξαν τους μοναχούς και πυρπόλησαν το μοναστήρι.

Η Ιερά Μονή Αγίου Αντωνίου βρίσκεται στην τοποθεσία Κατεβατή, 6 χλμ. από το χωριό Ακούμια (ή Κούμια) στα νοτιοανατολικά του Ρεθύμνου, σε υψόμετρο 525μ. Για να φτάσει κανείς στο μοναστήρι πρέπει να διανύσει απόσταση 15 λεπτών με το αυτοκίνητο σε χωματόδρομο από την περιοχή Ακούμια.

Η έρημη πλέον μονή του Αγίου Ονουφρίου (Άι Νούφρης) είναι κτισμένη σε απόκρημνη χαράδρα του όρους Ασιδέρωτας με κάθετα βράχια, δίπλα σε πηγή με δροσερό νερό. Γύρω από το σπηλαιώδη ναό υπάρχουν τα ερειπωμένα κελιά των μοναχών. Ο ναός εορτάζει στις 12 Ιουνίου.

Η μονή του Αγίου Ιωάννη στην περιοχή Βούλγαρης σήμερα δεν κατοικείται και σώζεται μόνο ο ναός του Αγίου Ιωάννη του Πρόδρομου (24 Ιουνίου) και ελάχιστα ίχνη κελιών. Το μοναστήρι λειτούργησε πιθανώς από τον 15ο αιώνα και σύντομα απέκτησε τεράστια περιουσία (με χιλιάδες ελαιόδεντρα).

Ο ναός του Αγίου Γεωργίου στην τοποθεσία Φινοκάλης υπήρξε καθολικό γυναικείου μοναστηριού του 14ου αιώνα που σήμερα δε λειτουργεί (έπαυσε τη λειτουργία του τη δεκαετία του 1980). Εντύπωση προκαλεί η κλίση των τοίχων του ναού, ο οποίος αν δεν είχε υποστυλωθεί θα είχε καταρρεύσει από την καθίζηση του εδάφους. Ο ναός φέρει τοιχογραφίες του 14ου αιώνα.

H Μονή Αγίων Νεοφανών Μαρτύρων Ραφαήλ, Νικολάου και Ειρήνης λειτουργεί στην έδρα της Μητρόπολης Λάμπης, Συβρίτου και Σφακίων, στο Σπήλι Αγίου Βασιλείου, όπου φυλάσσεται και η σιαγόνα του Αγίου Ραφαήλ. Εκτός από τον κεντρικό ναό, στο χώρο υπάρχουν ναΐσκοι αφιερωμένοι στον Άγιο Ειρηναίο, στον Άγιο Ιωάννη τον Πρόδρομο, στον Άγιο Ιωάννη τον Ερημίτη και στον Αρχάγγελο Μιχαήλ.

Ο ναός της Παναγίας στη Λαμπινή είναι τετράστυλος σταυροειδής ναός (11ος-12ος αιώνας) με τρούλο και με πολύ εντυπωσιακό καμπαναριό. Ο εντυπωσιακός ναός λειτούργησε ως Επισκοπή Λάμπης, ενώ το 1950 βρέθηκε στη κόγχη τοιχογραφία της Παναγίας με την ονομασία ΛΑΜΠΗΝΗ.

Στην περιοχή Μπαλέ, λίγο πριν την είσοδο στο χωριό του Αγίου Βασιλείου στο νότιο Ρέθυμνο, συναντάμε το βυζαντινό εκκλησάκι της Ζωοδόχου Πηγής. Το εκκλησάκι που γιορτάζει κάθε χρόνο την πρώτη Παρασκευή μετά το Πάσχα βρίσκεται ακριβώς πάνω στο δρόμο σε υπερυψωμένο σημείο που το κάνει εύκολα ορατό από όλες τις πλευρές.

Στην πλαγιά του βουνού πάνω από το χωριό Μαριού στο νότιο Ρέθυμνο συναντάμε το σπηλαιώδες εκκλησάκι του Άγιου Ονούφριου. Το εκκλησάκι γιορτάζει στις 12 Ιουνίου κάθε χρόνο ημέρα που η εκκλησία μας τιμά τη μνήμη αυτού του τόσο ιδιαίτερου ασκητή της ερήμου. Ένας σχετικά καλός χωματόδρομος που ξεκινά στην είσοδο του χωριού μας οδηγεί στο σημείο που βρίσκεται ο ναός πάνω στο δρόμο. Η θέση του μικρού σπηλαίου που φιλοξενεί το ναό είναι στην ρίζα ενός κοφτού και απότομου κατακόρυφου ασβεστολιθικού βράχου που είναι γεμάτος με ενδημικά χασμόφυτα. Από το σημείο αυτό η θέα στα χωριά της περιοχής και στον κόλπο του Πλακιά είναι μοναδική.