Οι Μαργαρίτες είναι ένα χωριό πασίγνωστο για την όμορφη αρχιτεκτονική του και τα παραδοσιακά εργαστήρια αγγειοπλαστικής. Στην ευρύτερη όμως περιοχή των χωριών Μαργαρίτες, Ορθέ, και Ελεύθερνας εμφανίζεται μια σειρά από μικρά και παράλληλα φαράγγια.

Η ελιά αυτή έχει ανακηρυχθεί ως μνημειακή από τον Σύνδεσμο Ελαιοκομικών Δήμων Κρήτης λόγω μεγέθους, σχήματος και ανάγλυφου κορμού. Η ονομασία της τοποθεσίας που βρίσκεται είναι «Γρε Ελέ» που σημαίνει Γριά Ελιά και αναφέρεται σε αυτό το δέντρο.

Βορειοανατολικά, 4 χλμ από το χωριό Μαργαρίτες, υπάρχει ένας υστερομινωικός τάφος του 1350 π.Χ ο οποίος θεωρείται ένα από τα πιο σημαντικά μνημεία της περιοχής. Ένας διάδρομος με λαξευτές πέτρες και τις δύο του πλευρές, οδηγεί σε ένα κυκλικό θολωτό τάφο.

Η μονή βρίσκεται στο χωριό Μαργαρίτες, 30 χλμ νότια του Ρεθύμνου, και κτίστηκε στα τέλη του 15ου – αρχές 16ου αιώνα και ανήκει στη Μονή Καρακάλου του Αγίου Όρους.Ο κτήτορας της μονής, ανήκε στην ενετοκρητική οικογένεια των Δανδόλων.

Στην περιοχή Πυργί της αρχαίας Ελεύθερνας Μυλοποτάμου, που βρίσκεται 24km ανατολικά του Ρεθύμνου, υπάρχουν τα ερείπια ενός πύργου φρουριακής μορφής. Ο πύργος αυτός ήταν προρωμαϊκό κτίσμα και προστάτευε τη μοναδική είσοδο της αρχαίας πόλης.

Το τμήμα του μονοπατιού Ε4 που ξεκινά από τις Μαργαρίτες και τελειώνει στο Χουμέρι διέρχεται κυρίως κατά μήκος του κεντρικού δρόμου που συνδέει τα χωριά της περιοχής (Πηγουνιανά, Ορθές, Καλανδαρέ, Καλαμάς, Πασαλίτες). Τα κυριότερα σημεία της διαδρομής περιλαμβάνουν το κεραμικό κέντρο του χωριού Μαργαρίτες, τα καλοδιατηρημένα δείγματα της Κρητικής παραδοσιακής αρχιτεκτονικής και ορισμένες σημαντικές Βυζαντινές εκκλησίες.

Αυτό το τμήμα του μονοπατιού Ε4 ξεκινά από το ιστορικό μοναστήρι του Αρκαδίου, κατευθύνεται στην αρχαία πόλη της Ελεύθερνας και στη συνέχεια τερματίζει στο χωριό Μαργαρίτες. Τα κυριότερα σημεία της διαδρομής περιλαμβάνουν τη μονή Αρκαδίου, την αρχαία νεκρόπολη και τις Ρωμαϊκές δεξαμενές στην Ελεύθερνα και τα πετρόκτιστα σπίτια της Μαργαρίτες.

Ο ναός του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου βρίσκεται στο κέντρο των Μαργαριτών και είναι μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός. Κάτω από το στρώμα σοβά έχουν αποκαλυφθεί μερικές τοιχογραφίες του 1383. Στην είσοδο του ναού υπάρχει οικόσημο.

Ο διπλός ναός της Μεταμόρφωσης του Σωτήρος και της Αγίας Άννας βρίσκεται στο νεκροταφείο του οικισμού της Αρχαίας Ελεύθερνας. Ο αρχικός του 10ου αιώνα έχει τρούλο κι είναι κτισμένος στα ερείπια παλιότερου του 6ου αιώνα. Στον τρούλο σώζεται τοιχογραφία του Παντοκράτορα, ενώ στο δάπεδο υπάρχει τάφος.

Η γέφυρα της Ελεύθερνας κτίστηκε το πρώτο μισό του 4ου αιώνα και σώζεται σε άριστη κατάσταση για τη διάσχιση του ποταμού Χαλοπότα. Κοντά υπήρχε κι άλλη μία η οποία δε σώζεται. Έχει μήκος 9.5μ. και πλάτος 5.25μ. Είναι χαρακτηριστικό το σχήμα της, καθώς δεν υπάρχει καμάρα, αλλά τριγωνικό άνοιγμα (εκφορικό σύστημα).

Ο Ναός του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου στις Μαργαρίτες βρίσκεται στη νοτιοδυτική πλευρά του οικισμού. Αποτελεί μονόχωρο καμαροσκέπαστο ναό και στο εσωτερικό του φέρει ίχνη τοιχογραφιών και εντυπωσιακό πέτρινο τέμπλο. Σε κάθε μια πλευρά του ναού ανοίγονται τρία τυφλά αψιδώματα.

Στη θέση Κατσίβελος της Αρχαίας Ελεύθερνας έχουν αποκαλυφθεί τα ερείπια μιας επιβλητικής βασιλικής. Η βασιλική είναι κτισμένη στη θέση αρχαιότερου ιερού του 3ου αιώνα π.Χ, πιθανώς του Ερμή και της Αφροδίτης. Η βασιλική ιδρύθηκε από τον επίσκοπο Ελευθέρνης Ευφρατά περίπου το 450μΧ και ήταν αφιερωμένη στον Μιχαήλ Αρχάγγελο.

Μέσα στο Μαργαριτσανό φαράγγι συναντάμε το Βυζαντινό ναό της Αγίας Παρασκευής, στην οποία φτάνει χωματόδρομος από τα Πηγουνιανά. Ο ναός είναι μικρός μονόχωρος καμαροσκέπαστος και φέρει στο εσωτερικό του ίχνη τοιχογραφιών της Ενετοκρατίας.