Στα άγρια Αστερούσια Όρη και πάνω στο χωματόδρομο που οδηγεί από τα Καπετανιανά στην Τρυπητή συναντάμε το παλιό ξωκλήσι της Ζωοδόχου Πηγής. Ο ναός αποτέλεσε το καθολικό μικρής μονής του 13ου αιώνα που αναπτύχθηκε πολύ κοντά σε μικρή πηγή νερού.

Λίγο ανατολικά από τον αρχαιολογικό χώρο του Ασκληπιείου και πάνω στο δρόμο θα δείτε τη μικρή Βυζαντινή Εκκλησία του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου, που κτίστηκε από υλικά παλαιοχριστιανικής Βασιλικής, η ύπαρξη της οποίας πιστοποιεί ότι η πόλη ήκμασε ως και τα Βυζαντινά χρόνια.

Ο ναός της Παναγίας Γοργοεπήκοου βρίσκεται στην επικράτεια του χωριού Πηγαϊδάκια, κοντά στην αρχή του ρέματος που καταλήγει στην παραλία της Καραβόβρυσης στους Καλούς Λιμένες.

Ο σπηλαιώδης ναός της Παναγίας στη Βήθανο βρίσκεται σε πανοραμική τοποθεσία σε μια απόκρημνη πλαγιά του φαραγγιού της Λούτρας, στην περιφέρεια του χωριού Κρότος. Είναι αφιερωμένος στην Ζωοδόχο Πηγή και πάνω από την είσοδο του ναού σώζεται η χρονολογία 20-5-1765, χωρίς όμως να αναφέρεται συγκεκριμένη οικοδομική εργασία.

Ο Γουμενόσπηλιος είναι ένα μικρό σπήλαιο που βρίσκεται μέσα στο Αγιοφάραγγο, περίπου 80km νότια του Ηρακλείου. Η είσοδος του είναι πολύ μικρή, αλλά μέσα μεγαλώνει και η οροφή έχει μια τρύπα από όπου μπαίνει το φως, θυμίζοντας θολωτό τάφο. Το σπήλαιο δεν έχει διάκοσμο, αλλά παρόλα αυτά είναι ιστορικό.

Η Μονή του Αγίου Αντωνίου Απεζανών είναι κτισμένη σε ένα βραχώδες υψίπεδο των Αστερουσίων Όρεων, σε υψόμετρο 440m, περίπου 63km νότια του Ηρακλείου. Από το σημείο αυτό ξεκινάει η μεγάλη κοιλάδα του Αντισκαρίου που καταλήγει στα Πλατειά Περάματα.

Η Μονή Κουδουμά βρίσκεται στην έξοδο του φαραγγιού «Καταρράκτης» στα Αστερούσια Όρη, 80km νότια του Ηρακλείου και μόλις 40m από μια πανέμορφη παραλία. Είναι από τις πλέον απομονωμένες μονές της Κρήτης, καθώς η πρόσβαση από το Ηράκλειο απαιτεί 2,5 ώρες.

Ο Άγιος Νικήτας βρίσκεται 65km νότια του Ηρακλείου, στην ανατολική μεριά των άγριων και άνυδρων Αστερουσίων Όρεων. Το μοναστήρι αρχικά ήταν ερημητήριο μοναχών από τη Μονή Κουδουμά. Είναι κτισμένο πάνω σε ένα μεγάλο ύψωμα με απέραντη θέα στο Λιβυκό Πέλαγος.

Λίγα μέτρα δυτικά των Καλών Λιμένων βρίσκεται το Εκκλησάκι του Αποστόλου Παύλου, το οποίο κτίστηκε στην τοποθεσία μιας παλαιότερης εκκλησίας του 1700, προς τιμή του Οικουμενικού Πατριάρχη Βαρθολομαίου Α' που επισκέφτηκε τους Καλούς Λιμένες στις 15 Νοεμβρίου 1992.

Δυτικά από τη Μονή Κουδουμά, βρίσκεται το Αββακόσπηλιο, ένας σπηλαιώδης ναός στον οποίο ασκήτευε κατά τον 7ο αι. ο Όσιος Κοσμάς και θάφτηκε το σκήνωμα του, σύμφωνα με την παράδοση.

Τα Καπετανιανά βρίσκονται στη θέση της πρώην μονής του Κύριε Ελέησον, ένα από τα σημαντικότερα κέντρα μοναχισμού στην Κρήτη όπου άνθισαν οι τέχνες και τα γράμματα. Κατά την περίοδο της Οθωμανικής κυριαρχίας το μοναστήρι έπαυσε να λειτουργεί.

Πάνω στο μονοπάτι που οδηγεί από τον Άγιο Ιωάννη Καπετανιανών στη Μονή Κουδουμά υπάρχει ένα εντυπωσιακό σπήλαιο με σχήμα Δ, μέσα στο οποίο υπάρχει το μικρό εκκλησάκι του Αγίου Αντωνίου.

Στην αρχή του φαραγγιού του Μάρτσαλου θα συναντήσετε την υπέροχη Εκκλησία της Παναγιάς της Μαρτσαλιανής, αφιερωμένη στον Ευαγγελισμό της Θεοτόκου. Η Εκκλησία, που είναι κτισμένη μέσα στον βράχο, χρησιμοποιήθηκε ως κατακόμβη κατά την διάρκεια των χριστιανικών διωγμών.

Το όνομα του φαραγγιού Αγιοφάραγγο οφείλεται στο ότι χρησιμοποιήθηκε από πολλούς ερημίτες που ασκήτευαν εδώ λόγω της απομόνωσης που προσφέρει από τις κατοικημένες περιοχές της Κρήτης.

Σύμφωνα με την παράδοση εδώ ασκήτεψαν οι αδελφοί Ευτύχιος και Ευτυχιανός (πιθανόν κατά την Αραβική Κατοχή 827-961), που έδωσαν το όνομα τους στην περιοχή (στους Αγιούς). Η αδερφή τους Κασσιανή ασκήτεψε σε σπηλιά στο Κάβο Λίθινο.

Η πρώην μονή του Αγίου Παύλου βρίσκεται κοντά στους Παρανύμφους, σε σημείο όπου υπάρχει πηγή. Τριγύρω βλέπουμε ίχνη από αρχαίο ιερό, που συλήθηκε από αρχαιοκάπηλους.

Η ερειπωμένη σήμερα μονή του Αγίου Δημητρίου ανήκει στην κοινότητα του Αχεντριά και παλαιότερα ήταν οικισμός. Από το Βυζαντινό μοναστήρι στέκει ακόμη ο ναός του Αγίου Δημητρίου με πολύ παλιές αγιογραφίες. Στο προαύλιο του ναού υπάρχουν τα ερείπια από τα κελιά των μοναχών.

Ανάμεσα στις Στέρνες και τη Μονή Κουδουμά, πάνω στα άγρια Αστερούσια Όρη, συναντάμε τον εγκαταλελειμμένο οικισμό και την εκκλησία του Αγίου Νικολάου. Η εκκλησία υπήρξε μετόχι της μονής Κουδουμά και ο οικισμός αναφέρεται από το 1577.

Στον Άη Γιάννη στα Αστερούσια υπάρχει το ομώνυμο μοναστήρι, το οποίο είναι κτισμένο μέσα σε μια σπηλιά και έχει πολύ παλιές τοιχογραφίες (από το 1360). Αγιογραφίες υπάρχουν και στον εξωτερικό τοίχο του ναού, πολύ σπάνιο φαινόμενο στο νησί.

Η Μονή των Τριών Ιεραρχών βρίσκεται σε μια από τις πιο αφιλόξενες περιοχές της Κρήτης, στην περιοχή Λουσούδι στα άγρια Αστερούσια Όρη. Ιδρύθηκε τον 14ο αιώνα κοντά στην κορυφή Κόφινας σε υψόμετρο 880μ, και θεωρείται από τον αρχαιολόγο Αθανάσιο Παλιούρα ως το «πρώτο» Ελληνικό Πανεπιστήμιο.