Το Αρχαιολογικό Μουσείο του Αγίου Νικολάου ιδρύθηκε το 1970 και φιλοξενεί ευρήματα από την νεολιθική εποχή, την Μινωική εποχή και μέχρι τους ελληνορωμαϊκούς χρόνους που προέρχονται από το νομό Λασιθίου.

Το Αρχαιολογικό Μουσείο Σητείας λειτουργεί από το 1984 και φιλοξενεί τα σημαντικότερα αρχαιολογικά ευρήματα από την ανατολική Κρήτη όπως το Παλαίκαστρο, τη Σητεία, τα νησιά του Μόχλους και της Ψείρας, το νεκροταφείο του Αγίου Γεωργίου, το ανάκτορο της Ζάκρου, την ελληνιστική πόλη του Ξερόκαμπου κα

Το Αρχαιολογικό Μουσείο Χανίων βρίσκεται στην ιστορική συνοικία της Χαλέπας, στην πόλη των Χανίων.

Το Αρχαιολογικό Μουσείο στεγάζεται προσωρινά στη βασιλική του Αγίου Φραγκίσκου στο κέντρο της παλιάς πόλης του Ρεθύμνου. Τα εκθέματα του προέρχονται από διάφορες ανασκαφές στο νομό και αντιπροσωπεύουν όλες τις περιόδους,από τη νεολιθική εποχή έως τα χρόνια της ρωμαιοκρατίας.

Το μουσείο ξεκίνησε τις δραστηριότητες του το 2005 και στεγάζεται στο ενετοτουρκικό μνημείο το οποίο είναι γνωστό ως «Διοικητήριο». Τα εκθέματά του παρέχουν μια διαχρονική εικόνα της ιστορίας της περιοχής από την προϊστορική εποχή μέχρι και την ύστερη αρχαιότητα, δηλαδή τους παλαιοχριστιανικούς χρόνους.

Το Αρχαιολογικό Μουσείο των Αρχανών λειτουργεί από το 1993 σε ένα όμορφο νεοκλασικό κτίριο που στέγασε το 1ο δημοτικό σχολείο των Αρχανών, στη συνοικία Τζαμί. Εδώ φυλάσσονται μινωικά πήλινα και λίθινα αγγεία που βρέθηκαν κατά τη διάρκεια ανασκαφών στο Φουρνί, στα Ανεμόσπηλια και στις Αρχάνες.

Στην Αρχαιολογική Συλλογή Μαλεβιζίου εκτίθενται 500 περίπου αρχαία αντικείμενα, που χρονολογούνται σε όλες τις εποχές της Κρητικής αρχαιότητας και εκτίθενται σε 40 περίπου προθήκες.

Η Αρχαιολογική Συλλογή Ιεράπετρας άρχισε να συγκροτείται στα τέλη του 19oυ αιώνα, όταν φιλάρχαιοι κάτοικοι της πόλης ίδρυσαν το Φιλεκπαιδευτικό Σύλλογο Ιεράπετρας, με σκοπό την περισυλλογή και τη διαφύλαξη των αρχαίων της περιοχής και τη δημιουργία μουσειακής συλλογής.

Η Αρχαιολογική και Λαογραφική Συλλογή Μύρτους λειτουργεί από το 2001 και φιλοξενεί τη συλλογή του Γεωργίου Δημητριανάκη. Η αρχαιολογική έκθεση περιλαμβάνει μερικά από τα ευρήματα των αρχαιολογικών χώρων Πύργος και Φούρνου Κορυφή, αλλά και από άλλα σημεία της περιοχής.

Το Aρχαιολογικό Μουσείο Μεσαράς βρίσκεται πολύ κοντά στον αρχαιολογικό χώρο της Γόρτυνας. Εγκαινιάστηκε το 2023 και οι χώροι του καταλαμβάνουν έκταση περίπου 3000 τμ.