Η παλαιοχριστιανική Βασιλική βρίσκεται στο λόφο Καστρί, πάνω από το λιμάνι της Χερσονήσου, και είναι μια από τις μεγαλύτερες στην Κρήτη (5ος αιώνας). Ήταν τρίκλιτη με εγγεγραμμένη αψίδα κατά τα Συριακά πρότυπα. Ακόμη και σήμερα βλέπουμε τμήματα των υπέροχων ψηφιδωτών δαπέδων.

Ο ευμεγέθης ναός της Αγίας Ζώνης βρίσκεται μέσα στο χωριό των Αγιών Παρασκιών και εορτάζει την ημέρα της Κατάθεσης της Τιμίας Ζώνης της Θεοτόκου (31 Αυγούστου) που είναι και η τελευταία ημέρα του Εκκλησιαστικού Έτους. Ο ναός χρονολογείται στον 11ο αιώνα και στο εσωτερικό του φέρει τοιχογραφίες που διακρίνονται με πολλή δυσκολία.

Η Αγία Παρασκευή που γιορτάζει 26 Ιουλίου είναι ένας μικρός, μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός όπως και οι περισσότεροι της εποχής της Βενετοκρατίας στην Κρήτη. Χρονολογείται στον 15ο αιώνα εποχή που η κατασκευή αντίστοιχων ναών γνώρισε τη μεγαλύτερη άνθιση στην ιστορία του νησιού.

Έξω από το χωριό Γαλατάς και πολύ κοντά στο Μινωικό Ανάκτορο συναντάμε το δίκλιτο ναό του Αγίου Ιωάννη στην τοποθεσία Δρακονερό. Ο ναός της Βυζαντινής εποχής φέρει τοιχογραφίες σε πολύ κακή κατάσταση, ενώ στο εσωτερικό του υπάρχει αρκοσόλιο (ταφικό μνημείο) πιθανώς του κτήτορα. Κοντά στο ναό υπάρχει πηγάδι με νερό.

Στο κέντρο των Κουνάβων στέκεται ο όμορφος τρίκλιτος ναός της Παναγίας, του Μιχαήλ Αρχάγγελου και του Αγίου Χαραλάμπους, του πολιούχου του χωριού. Ο ναός φέρει τρεις ημικυκλικές αψίδες κι ένα αρκοσόλιο (ταφικό μνημείο) του 16ου αιώνα. Επίσης σώζονται δείγματα τοιχογραφιών.

Ένα περίπου χιλιόμετρο νοτιοανατολικά του χωριού Σκαλάνι Ηρακλείου στην περιοχή που φέρει το τοπωνύμιο Αποσάμι βρίσκεται ότι σήμερα σώζεται από το μεσαιωνικό μοναστήρι του Αγίου Μηνά.

Κάτω από την Ακρόπολη του Σμαρίου όπου πιστεύεται από κάποιους ότι υπήρξε η αρχαία Λύκτος, σε σημείο όπου υπάρχει πηγή νερού, λειτούργησε το μικρό μοναστήρι του Προφήτη Ηλία. Η θέα από το σημείο αυτό στον Σμαριανό κάμπο είναι μοναδική, ενώ εξαιρετικό ενδιαφέρον παρουσιάζουν οι γεωλογικοί σχηματισμοί γύρω από το μοναστήρι. Το ιερό του ναού βρίσκεται στο σημείο όπου αναβλύζει η πηγή που προφανώς υδροδότησε παλαιότερα την αρχαία πόλη και έδωσε ζωή στις καλλιέργειες των κατοίκων σε αυτόν τον αφιλόξενο βραχώδη τόπο.

Λίγο έξω από το χωριό Χουδέτσι Πεδιάδος Ηρακλείου και πολύ κοντά στον αρχαιολογικό χώρο του Βαθυπέτρου βρίσκεται ο σπηλαιώδης ναός του Αγίου Παντελεήμονος. Ψηλά στην πλαγιά ενός λόφου σε μία περιοχή που φέρει το εντυπωσιακό όνομα Θεργιά (θηρία στο κρητικό γλωσσικό ιδίωμα) έχει απεριόριστη θέα στις κοιλάδες του βόρειου Ηρακλείου.