Τα φαράγγια του Ρεθύμνου αναπτύσσονται ανάμεσα στις νότιες απολήξεις του Ψηλορείτη, στο όρος Κέντρος και στις ορεινές περιοχές που κατεβαίνουν προς το Νότιο Κρητικό Πέλαγος. Πολλά είναι εύκολα προσβάσιμα και συνδυάζουν την πεζοπορία με πλούσια βλάστηση, πηγές και τρεχούμενα νερά.

Γνωστότερο είναι το Κουρταλιώτικο Φαράγγι, το οποίο διαρρέεται από τον Μεγάλο Ποταμό και καταλήγει στη λίμνη και στο φοινικόδασος της Πρέβελης. Στην ίδια ευρύτερη περιοχή βρίσκεται το φαράγγι του Κοτσυφού, βασικό φυσικό πέρασμα προς τον Πλακιά. Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζουν επίσης τα Κολλητά Φαράγγια κοντά στην Αργυρούπολη και το καταπράσινο φαράγγι του Αγίου Αντωνίου στην Πατσό.

Κοντά στην πόλη του Ρεθύμνου βρίσκονται τα φαράγγια των Μύλων, των Βεδέρων και του Γάλλου, ενώ ανατολικότερα σχηματίζονται το Πρασανό φαράγγι και το φαράγγι των Πλατανιών. Οι διαδρομές διαφέρουν σημαντικά ως προς τη βατότητα και την ποσότητα νερού, ενώ ορισμένα τμήματα μπορεί να γίνουν επικίνδυνα μετά από έντονες βροχοπτώσεις.