Στο Ρέθυμνο υπάρχουν αρκετά προσβάσιμα όμορφα φαράγγια. Το πιο γνωστό είναι το Κουρταλιώτικο Φαράγγι, μέσα από το οποίο περνάει ο Μεγάλος Ποταμός που καταλήγει στην πανέμορφη λίμνη του Πρέβελη με το ονειρικό φοινικόδασος. Η πορεία μέσα από την κοίτη του φαραγγιού, το οποίο έχει τη μεγαλύτερη ποσότητα νερού από όλα τα φαράγγια της Κρήτης, ως την έξοδό του είναι μια μοναδική εμπειρία. Άλλα γνωστά φαράγγια που προσφέρονται για πεζοπορία είναι τα Κολλητά στην περιοχή της Αργυρούπολης, του Κοτσυφού που καταλήγει στον Πλακιά, του Αγίου Αντωνίου στην Πατσό και το Πρασανό, των Πλατανιών ενώ κοντά στην πόλη του Ρεθύμνου βρίσκονται τα καταπράσινα φαράγγια των Μύλων, των Βεδέρων και του Γάλλου.
Φαράγγι Κουρταλιώτη 
Το φαράγγι του Κουρταλιώτη ή Κουρταλιώτικο βρίσκεται στα νότια του νομού Ρεθύμνου, 22km από την πόλη του Ρεθύμνου και έχει μήκος 3km. Είναι ένα από τα εντυπωσιακότερα φυσικά αξιοθέατα του Ρεθύμνου. Ξεκινάει από το χωριό Κοξαρέ και ρέει ανάμεσα στα βουνά Κουρούπα (984 μ) και Ξηρό Όρος (904μ). Οι τεράστιες βραχώδεις πλαγιές του φαραγγιού φθάνουν τα 600 μέτρα και είναι γεμάτες ανοίγματα και σπηλιές, όπου ζουν σημαντικά είδη πανίδας.
Το φαράγγι της Πατσού ή Αγίου Αντωνίου βρίσκεται 8 km νοτιοδυτικά της Μονής Αρκαδίου, στην καταπράσινη επαρχία Αμαρίου. Τα νερά του φαραγγιού χύνονται πλέον στη λίμνη του φράγματος των Ποταμών.
Το φαράγγι των Μύλων είναι μια εντυπωσιακά πράσινη όαση πολύ κοντά στην πόλη του Ρεθύμνου. Στην πραγματικότητα δεν είναι φαράγγι αλλά μια λαγκαδιά που μέσα της φιλοξενεί ένα τεράστιο αριθμό φυτών και δέντρων, πραγματικός βοτανικός κήπος.
Το Φρατιανό Φαράγγι αποτελεί ένα από τα μεγάλα φαράγγια του Νομού Ρεθύμνου και διέρχεται παράλληλα με το Κουρταλιώτικο Φαράγγι, διασχίζοντας το Ξηρό Όρος. Η είσοδος του βρίσκεται 23km νοτιοανατολικά του Ρεθύμνου δίπλα στο χωριό Φρατί και η έξοδος του βρίσκεται κοντά στην έξοδο του Κουρταλιώτικου φαραγγιού.
Το φαράγγι του Κοτσυφού ξεκινάει από το χωριό Κάνεβος και καταλήγει στον Πλακιά. Στο σημείο της αφετηρίας του είναι πολύ στενό με πλάτος περίπου 10μ. το οποίο σταδιακά γίνεται ρεματιά πλάτους 600μ.
Φαράγγι Μούνδρου 
Το Μουνδριανό φαράγγι στην περιοχή της Αργυρούπολης οριοθετείται στα ανατολικά από το ύψωμα της Βίγλας (υψόμετρο 567μ) και στα δυτικά από το λόφο της Νησιανής, όπου υπάρχει ο έρημος οικισμός Νησί. Δυτικά της Νησιανής σχηματίζεται το δεύτερο φαράγγιτ ης περιοχής, το Βιλανδρέδο ή Κολλητά.
Tο άγριο Πρασσανό φαράγγι βρίσκεται 10 km νοτιοανατολικά του Ρεθύμνου. Ξεκινώντας από τα νότια του χωριού Πρασσές, προσφέρει μια τρίωρη διαδρομή μέσα από θεόρατα εντυπωσιακά τοιχώματα βράχων και μερικές σχετικά δύσβατες προσπελάσεις που κάνουν το πέρασμά του εξαιρετικά ενδιαφέρον.
Το φαράγγι του Πετρέ βρίσκεται 13km δυτικά του Ρεθύμνου και καταλήγει στην παραλία της Επισκοπής. Ο ποταμός του φαραγγιού, ο μεγαλύτερος στο δυτικό Ρέθυμνο, τροφοδοτείται από τα νερά των Κολλητών Φαραγγιών και της τριγύρω περιοχής, καλύπτοντας το μισό νομό, έχοντας νερό όλο το χρόνο.
