Στο Ρέθυμνο υπάρχουν αρκετά προσβάσιμα όμορφα φαράγγια. Το πιο γνωστό είναι το Κουρταλιώτικο Φαράγγι, μέσα από το οποίο περνάει ο Μεγάλος Ποταμός που καταλήγει στην πανέμορφη λίμνη του Πρέβελη με το ονειρικό φοινικόδασος. Η πορεία μέσα από την κοίτη του φαραγγιού, το οποίο έχει τη μεγαλύτερη ποσότητα νερού από όλα τα φαράγγια της Κρήτης, ως την έξοδό του είναι μια μοναδική εμπειρία. Άλλα γνωστά φαράγγια που προσφέρονται για πεζοπορία είναι τα Κολλητά στην περιοχή της Αργυρούπολης, του Κοτσυφού που καταλήγει στον Πλακιά, του Αγίου Αντωνίου στην Πατσό και το Πρασανό, των Πλατανιών ενώ κοντά στην πόλη του Ρεθύμνου βρίσκονται τα καταπράσινα φαράγγια των Μύλων, των Βεδέρων και του Γάλλου.
Φαράγγι Κακοπέρατος 
Το φαράγγι Κακοπέρατος βρίσκεται στο χωριό Άγιος Βασίλειος της ομώνυμης επαρχίας του Ρεθύμνου. Αποτελεί παραπόταμο του Μέγα Ποταμού (Κουρταλιώτη) και όπως λέει και το όνομά του είναι κακό-πέρατος επειδή ακριβώς η κοίτη του δεν μπορεί να περαστεί από άνθρωπο.
Ο Πλατύς Ποταμός είναι ένας από τους σημαντικότερους ποταμούς όλης της Κρήτης με πολύ μεγάλη ροή όλους τους μήνες του χρόνου. Μαζεύει τα νερά όλου σχεδόν του Αμαρίου που έχει παντού πηγές και τα οδηγεί στην έξοδό τους στη θάλασσα, στον κόλπο της Αγίας Γαλήνης.
Μέσα από το φαράγγι διέρχεται ο «φιδίσιος» ποταμός Οάξης που έχει αρκετό νερό ως την άνοιξη. Το φαράγγι είναι εύκολα προσβάσιμο και ασφαλές για περπάτημα, καθώς η κλίση του είναι ήπια.
Το Φαράγγι των Χελιδονιών βρίσκεται 33km νότια της πόλης του Ρεθύμνου, πολύ κοντά στην διάσημη παραλία της Πρέβελης με το μαγευτικό φοινικόδασος και το ποτάμι. Ξεκινάει κοντά στο χωριό Δρύμισκος, διέρχεται σχεδόν παράλληλα με το Κουρταλιώτικο φαράγγι (της Πρέβελης) και καταλήγει στην παραλία του Δρυμισκιανού Αμμουδίου.
Το φαράγγι σχηματίζεται βόρεια του χωριού Ροδάκινο και είναι απροσπέλαστο χωρίς τη χρήση εξοπλισμού φαραγγοδιάσχισης (canyoning). Ξεκινάει νότια από την κορυφή του Κρυονερίτη και ενώνεται μετά από 5χλμ με το φαράγγι της Συκιάς, λίγο πριν τη γέφυρα του Ροδάκινου.
Παρά το ότι κανείς δεν κάνει τον κόπο να πάει μέχρι εκεί η περιοχή που περιβάλλει το φαράγγι είναι μοναδικού φυσικού κάλλους με ένα από τα πιο εντυπωσιακά δρυοδάση της Κρήτης με πανάρχαιους εντυπωσιακά μεγάλους δρύες. Το Καρινιώτικο φαράγγι είναι από τα ελάχιστα στην Κρήτη που σχηματίζονται σε έδαφος Φλύσχη κι όχι σε Ασβεστόλιθο.
Το Καρανταλιώτικο Φαράγγι βρίσκεται στο κέντρο του Νομού Ρεθύμνου και παίρνει το όνομα του από τον εγκαταλελειμμένο σήμερα οικισμό της Καρανταλέ, ο οποίος βρίσκεται στην είσοδο του.
Το Φαράγγι του Περδικάρη βρίσκεται ανάμεσα στα χωριά Μυριοκέφαλα και Αργουλές, στα σύνορα των Νομών Ρεθύμνου και Χανίων. Είναι δύσβατο φαράγγι με μεγάλη κλίση, χαμηλή βλάστηση και μεγάλο άνοιγμα σε όλο το μήκος του. Σε ένα σημείο υπάρχει μικρό ραπέλ, το οποίο μπορεί να παρακαμφθεί.
