Kreta ist ein bedeutendes Nistgebiet der Unechten Karettschildkröte (Caretta caretta). Die wichtigsten Nistgebiete liegen an den Sandstränden von Rethymno, Chania und dem Golf von Messara. Jedes Jahr kommen die Weibchen nachts an Land und legen ihre Eier in selbst gegrabene Nester im Sand. In den Gewässern rund um Kreta kommt auch die Grüne Meeresschildkröte (Chelonia mydas) vor. Auch vereinzelte Eiablagen dieser Art wurden auf der Insel bestätigt. Die Lederschildkröte (Dermochelys coriacea), die größte aller Meeresschildkröten, besucht die griechischen Meere, legt jedoch an den griechischen Küsten keine Eier ab. Alle Meeresschildkröten sind Reptilien und atmen mit Lungen. Deshalb müssen sie zum Luftholen an die Wasseroberfläche kommen. Obwohl sie den größten Teil ihres Lebens im Meer verbringen, sind sie für ihre Fortpflanzung auf Sandstrände angewiesen. Der Schutz der Niststrände vor übermäßiger künstlicher Beleuchtung, Störungen und Beeinträchtigungen sowie die Verringerung der Meeresverschmutzung und des unbeabsichtigten Beifangs in Fanggeräten sind für ihren Erhalt entscheidend.

Die Süßwasserschildkröten Kretas sind durch die Balkan-Bachschildkröte (Mauremys rivulata) vertreten, eine heimische Art, die in Flüssen, Seen, Quellen, Sümpfen und anderen Feuchtgebieten lebt. Häufig lässt sie sich beim Sonnenbaden auf Steinen und an Ufern beobachten. Sobald sie Gefahr wahrnimmt, flüchtet sie ins Wasser. Die heute auf der Insel vorkommenden Landschildkröten gehen auf Verschleppungen und Freisetzungen durch den Menschen zurück. Dazu gehören die Maurische Landschildkröte (Testudo graeca) und die Breitrandschildkröte (Testudo marginata), die nicht zur heutigen heimischen Fauna Kretas zählen. Fossilfunde belegen jedoch, dass die Breitrandschildkröte bereits in vorgeschichtlicher Zeit auf der Insel vorkam. In einigen Feuchtgebieten wurden außerdem gebietsfremde Süßwasserschildkröten ausgesetzt, darunter die Buchstaben-Schmuckschildkröte (Trachemys scripta), die vor allem durch ihre Unterart, die Rotwangen-Schmuckschildkröte, bekannt ist. Das Aussetzen solcher Tiere kann die örtlichen Ökosysteme beeinträchtigen und zu Konkurrenz mit heimischen Süßwasserschildkröten führen. Der Erhalt der Feuchtgebiete, die Vermeidung von Verschmutzung und der Verzicht auf das Aussetzen von als Haustieren gehaltenen Schildkröten sind wichtig für den Schutz der heimischen Tierwelt der Insel.

Die Schlange nahm in der minoischen religiösen Bildwelt einen bedeutenden Platz ein. Berühmte Beispiele sind die Figuren der „Schlangengöttinnen“ aus Knossos, die im Archäologischen Museum von Heraklion ausgestellt sind. Die weiblichen Gestalten mit den Schlangen werden mit der Verehrung einer Naturgottheit in Verbindung gebracht. In der antiken griechischen Überlieferung war die Schlange außerdem mit der Heilkunst und Asklepios verbunden. Sein von einer Schlange umwundener Stab ist bis heute ein Symbol der Medizin. Einer von Diodor überlieferten Sage zufolge befreite Herakles Kreta von wilden und schädlichen Tieren, um die Insel zu ehren, auf der Zeus geboren wurde und aufwuchs. Diese Erzählung ist eine mythologische Erklärung für das Fehlen bestimmter Tiere auf Kreta und keine Beschreibung der tatsächlichen Tierwelt der Insel. Auf Kreta leben vier heimische Schlangenarten: die Balkan-Zornnatter (Hierophis gemonensis), die Würfelnatter (Natrix tessellata), die Europäische Katzennatter (Telescopus fallax) und die Leopardnatter (Zamenis situla). Sie besiedeln unterschiedliche Lebensräume, von Buschlandschaften, landwirtschaftlichen Flächen und Trockenmauern bis zu Feuchtgebieten und alten Gebäuden. Vipern gehören nicht zur heimischen Reptilienfauna der Insel. Obwohl die Leopardnatter in Teilen Kretas „Ochentra“ genannt wird, ein Name, der mit Vipern verbunden ist, ist sie keine Viper und besitzt kein Gift. Von diesen vier Arten besitzt nur die Europäische Katzennatter Gift und spezialisierte Giftzähne im hinteren Bereich des Oberkiefers. Sie gilt jedoch als für Menschen ungefährlich. Die anderen drei Arten sind ungiftig. Schlangen meiden in der Regel den Menschen und können zur Verteidigung beißen, wenn sie gefangen oder in die Enge getrieben werden. Schlangen sind ein wichtiger Bestandteil der Ökosysteme Kretas und ernähren sich von Nagetieren, Wirbellosen und anderen kleinen Tieren. Der Schutz ihrer Lebensräume und die Vermeidung absichtlicher Tötungen tragen dazu bei, das ökologische Gleichgewicht der Insel zu erhalten.

Die Eidechsen Kretas besiedeln vielfältige Lebensräume, von Küstengebieten und landwirtschaftlichen Flächen bis zu Buschlandschaften, Trockenmauern und felsigen Berghängen. Zusammen mit den Geckos bilden sie einen wichtigen Teil der Reptilienfauna der Insel und ernähren sich hauptsächlich von Insekten und anderen kleinen Wirbellosen. Keine der auf Kreta vorkommenden Arten besitzt ein für Menschen gefährliches Gift. Unter ihnen ist die Kretische Mauereidechse (Podarcis cretensis) hervorzuheben, eine auf Kreta und benachbarten Inselchen endemische Art. Auf der Insel leben außerdem die große, grüne Riesensmaragdeidechse (Lacerta trilineata) und der Gefleckte Walzenskink (Chalcides ocellatus), der an seinem langgestreckten Körper und seinen kleinen Beinen zu erkennen ist. Trotz des verbreiteten örtlichen Glaubens an seinen „tödlichen“ Biss ist der Walzenskink nicht giftig. Zu den Geckos der Insel gehören der Europäische Halbfinger (Hemidactylus turcicus), der Mauergecko (Tarentola mauritanica) und der endemische Kreta-Nacktfingergecko (Mediodactylus bartoni). Je nach Art finden sie in Gebäuden, Trockenmauern, Felsspalten und anderen geschützten Stellen Unterschlupf. In der Region Sitia wurde außerdem der Hardun (Laudakia stellio, Synonym Stellagama stellio) nachgewiesen, eine große Echse mit auffällig stacheligem Erscheinungsbild. Der örtliche Bestand gilt als Ergebnis einer Einschleppung durch den Menschen. In Chania hat sich zudem die Ruineneidechse (Podarcis siculus) etabliert, eine invasive gebietsfremde Art. Ihr Vorkommen gibt Anlass zur Sorge über mögliche Auswirkungen auf die heimischen Reptilien, insbesondere auf die endemische Kretische Mauereidechse, da die beiden Arten um Nahrung und Lebensraum konkurrieren könnten. Der Schutz natürlicher Lebensräume und die Verhinderung der Verschleppung und Freisetzung gebietsfremder Arten sind für den Erhalt der Eidechsen und Geckos Kretas wichtig.