Die Schluchten des Regionalbezirks Heraklion befinden sich hauptsächlich in den Gebirgsmassiven des Psiloritis und der Asterousia-Berge sowie an den Westhängen des Dikti-Gebirges. In den Asterousia-Bergen herrscht eine trockene und felsige Landschaft vor, deren Schluchten an abgelegenen Küsten des Südkretischen Meeres enden. Zu den bekanntesten Wanderrouten gehören die Agiofarago-Schlucht, die Martsalo-Schlucht und die Trafoulas-Schlucht. In demselben Gebirge befinden sich außerdem zahlreiche technische Schluchten mit senkrechten Abstiegen und Wasserfällen.

Am Psiloritis durchquert die Rouvas-Schlucht, auch Gafaris genannt, den Wald von Rouvas. In derselben Gebirgsregion liegen die Kroussonas-Schlucht, die Vorizia-Schlucht und die Schluchten von Asites. Diese Routen verbinden das schroffe Gebirgsrelief mit Wäldern, Quellen und alten Wegen, die einst die nördlichen Siedlungen mit dem Inneren des Psiloritis verbanden.

In der Nähe der Stadt Heraklion befindet sich das zusammenhängende System der Schluchten von Astrakiano, Kounaviano und Knossano. Weiter westlich liegen die Schluchten von Almiros und Venerato. An den Westhängen des Dikti-Gebirges befinden sich die Roza-Schlucht und die Ambelos-Schlucht, während nahe Hersonissos die Aposelemis-Schlucht liegt.