Heraklion beherbergt viele Schluchten, von denen die meisten die Bereiche von Psiloritis und Asterousia kreuzen. Asterousia hat wunderbare Wanderschluchten, die wichtigsten sind Agiofarago, Martsalo und Trafoulas. Allerdings ist die berühmteste Schlucht Gafaris bei Psiloritis. Sie überquert das herrliche Eichenholz von Rouvas. Andere Schluchten von Psiloritis sind die Schlucht von Kroussonas, durch die der minoische Weg zur Idaeischen Höhle führt, die Schlucht Vromonero, die Schlucht Vorizano und die beiden kleinen Schluchten von Asites (Saint Charalambos und Saint Anthony). In der Nähe von Heraklion Stadt gibt es die üppigen Schluchten von Karteros, Kounavi, Sylamos, Almyros und Venerato. Die westlichen Hänge des Lassithi-Gebirges beherbergen die Schluchten von Roza, Ambelos, Apotyposi und den Fluss Aposelemis von Hersonissos.

Abgesehen von erreichbaren Schluchten, ist Heraklion die Heimat von einigen sehr beliebten technischen Schluchten wie die imposante Schlucht von Arvi, die nach einem 80m hohen Fall zu einem dunklen unterirdischen Fluss wird. Besonders das Gebiet von Tsoutsouras und Keratokambos ist die Heimat von vielen steilen Schluchten, die mit Schrauben und Anker ausgestattet wurden.