Das stark gegliederte Relief und das mediterrane Klima Kretas haben ein dichtes Netz aus Flüssen, Wildbächen und kleineren Wasserläufen entstehen lassen. Die meisten führen nur saisonal Wasser, mit höheren Abflussmengen während der regenreichen Wintermonate und wenig oder keinem Wasser im Sommer. Durch die Kalkstein- und Karstformationen der Insel kann ein großer Teil des Regenwassers in den Untergrund eindringen und in tieferen Lagen als Quelle wieder austreten.

Die Flüsse entspringen hauptsächlich in den großen Gebirgen, durchqueren Täler und Schluchten und münden schließlich in das Nordkretische oder Südkretische Meer. Entlang ihres Verlaufs bilden sie kleine Wasserfälle, Teiche und Feuchtgebiete sowie gewässerbegleitende Wälder. In der Nähe ihrer Mündungen entstehen häufig bedeutende Feuchtgebiete mit Schilf, Tamarisken und Wasserpflanzen.

Zu den bekanntesten Flüssen Kretas gehören der Kyliaris, der Keritis und der Tavronitis in Chania, der Megas und der Platys in Rethymno sowie der Geropotamos in der Messara-Ebene, der Anapodaris, der Aposelemis und der Giofyros in Heraklion. Einige Flussabschnitte und Quellen führen das ganze Jahr über Wasser und bilden wertvolle Lebensräume für Fische, Amphibien, Reptilien, wirbellose Tiere und zahlreiche Vogelarten.

Obwohl sie nur eine vergleichsweise kleine Fläche einnehmen, sind Flüsse und andere Oberflächengewässer für die biologische Vielfalt, die Bewässerung, die Wasserversorgung und das lokale Klima von entscheidender Bedeutung. Diese Ökosysteme werden durch Landwirtschaft, Siedlungsentwicklung, Wasserentnahme und Verschmutzung belastet, weshalb ihre Überwachung und ihr Schutz besonders wichtig sind.