Die abwechslungsreiche Landschaft Kretas setzt sich unter der Meeresoberfläche fort und bildet Riffe, steile Felswände, Unterwasserhöhlen und tiefe Passagen. Schiffswracks und Überreste von Flugzeugen an verschiedenen Stellen der Insel erinnern außerdem an die neuere maritime und militärische Geschichte Kretas. Besucher können diese Unterwasserwelt bei geführten Tauchgängen, Einführungskursen und Schnorchelausflügen erkunden.

Anfänger können an betreuten Einführungstauchgängen teilnehmen, die eine grundlegende Einweisung und einen Tauchgang in flachem, geschütztem Wasser umfassen. Zertifizierte Taucher können je nach Ausbildung und Erfahrung zwischen Riff-, Steilwand- und Wracktauchgängen wählen. Unterwasserhöhlen und geschlossene Passagen erfordern eine besondere Ausbildung, geeignete Ausrüstung und die Begleitung entsprechend qualifizierter Tauchprofis.

In der Region Chania befinden sich interessante Tauchgebiete in der Souda-Bucht, bei Akrotiri, am Kap Spatha und auf der Halbinsel Gramvousa. Zu den außergewöhnlichsten Stellen gehört die Höhle der Elefanten am Kap Drepano, in der versteinerte Knochen einer endemischen Elefantenart entdeckt wurden. Die Höhle ist ein anspruchsvolles Tauchziel und darf nur mit entsprechend ausgebildeten Begleitern erkundet werden.

Im Süden von Rethymno ist der felsige Meeresboden am Strand von Skinaria ein beliebtes Gebiet zum Tauchen und Schnorcheln. Unterseeische Quellen, Felsformationen und klares Wasser schaffen dort einen abwechslungsreichen Lebensraum. Weitere interessante Bereiche liegen an der Küste bei Plakias sowie zwischen Skaleta und Geropotamos.

An der Nordküste von Heraklion befinden sich mehrere Tauchzentren, insbesondere in der Umgebung von Agia Pelagia, Ligaria, Mononaftis, Hersonissos und Malia. Abhängig von Wind und Seegang werden auch Ausflüge rund um die Insel Dia angeboten. Die Region bietet sowohl geschützte Stellen für Anfänger als auch tiefere Felsgebiete für erfahrene Taucher.

In Lassithi gibt es Tauch- und Schnorchelmöglichkeiten bei Agios Nikolaos, Elounda, der Insel Agii Pantes, Ierapetra und entlang der Küste von Sitia. Besonders wild ist die Unterwasserlandschaft am Kap Sidero und bei den Dionysaden. Die versunkenen Überreste bei Koufonissi, Itanos und Elounda sind auch von archäologischem Interesse. Archäologische Funde dürfen ausschließlich betrachtet und fotografiert, aber weder bewegt noch mitgenommen werden.

Für organisierte Tauchgänge sollte immer ein zugelassenes Tauchzentrum gewählt werden. Angaben zur Ausbildung, Erfahrung und Gesundheit müssen vollständig und wahrheitsgemäß gemacht werden. Wetter, Strömungen, Sichtweite und Erreichbarkeit können sich kurzfristig ändern, weshalb die endgültige Auswahl des Tauchplatzes den verantwortlichen Fachleuten überlassen werden muss. Meereslebewesen sollten nicht berührt und Muscheln, Steine oder andere Gegenstände nicht vom Meeresboden entfernt werden.