Die Süßwasserschildkröten Kretas sind durch die Balkan-Bachschildkröte (Mauremys rivulata) vertreten, eine heimische Art, die in Flüssen, Seen, Quellen, Sümpfen und anderen Feuchtgebieten lebt. Häufig lässt sie sich beim Sonnenbaden auf Steinen und an Ufern beobachten. Sobald sie Gefahr wahrnimmt, flüchtet sie ins Wasser.

Die heute auf der Insel vorkommenden Landschildkröten gehen auf Verschleppungen und Freisetzungen durch den Menschen zurück. Dazu gehören die Maurische Landschildkröte (Testudo graeca) und die Breitrandschildkröte (Testudo marginata), die nicht zur heutigen heimischen Fauna Kretas zählen. Fossilfunde belegen jedoch, dass die Breitrandschildkröte bereits in vorgeschichtlicher Zeit auf der Insel vorkam.

In einigen Feuchtgebieten wurden außerdem gebietsfremde Süßwasserschildkröten ausgesetzt, darunter die Buchstaben-Schmuckschildkröte (Trachemys scripta), die vor allem durch ihre Unterart, die Rotwangen-Schmuckschildkröte, bekannt ist. Das Aussetzen solcher Tiere kann die örtlichen Ökosysteme beeinträchtigen und zu Konkurrenz mit heimischen Süßwasserschildkröten führen.

Der Erhalt der Feuchtgebiete, die Vermeidung von Verschmutzung und der Verzicht auf das Aussetzen von als Haustieren gehaltenen Schildkröten sind wichtig für den Schutz der heimischen Tierwelt der Insel.