Η οχυρωμένη πόλη του Χάνδακα, η ενετική Candia και το σημερινό Ηράκλειο, διέθετε τέσσερις κύριες πύλες που εξυπηρετούσαν την καθημερινή επικοινωνία της πόλης με το λιμάνι και την κρητική ενδοχώρα. Εκτός από αυτές υπήρχαν μικρότερες στρατιωτικές πύλες, έξοδοι κινδύνου και στοές που συνέδεαν το εσωτερικό της οχύρωσης με την τάφρο και τις χαμηλές πλατείες των προμαχώνων.

1. Στη βόρεια πλευρά, στο τέλος της σημερινής οδού 25ης Αυγούστου, βρισκόταν η Πύλη του Μόλου. Μέσω αυτής επικοινωνούσε η πόλη με το Ενετικό λιμάνι, τα Νεώρια και το φρούριο Rocca a Mare. Η πύλη συνδέθηκε με σημαντικά γεγονότα της ιστορίας του Ηρακλείου, από την παράδοση της πόλης στους Οθωμανούς το 1669 έως τις ταραχές της 25ης Αυγούστου 1898. Κατεδαφίστηκε λίγο αργότερα, κατά τις επεμβάσεις που πραγματοποιήθηκαν στην παραλιακή ζώνη υπό τη βρετανική διοίκηση.
2. Στην ανατολική πλευρά, κάτω από τη σημερινή πλατεία Ελευθερίας και κοντά στο άγαλμα του Ελευθερίου Βενιζέλου, βρισκόταν η Πύλη του Αγίου Γεωργίου. Ήταν επίσης γνωστή ως Πύλη του Λαζαρέτου ή του Μαρουλά και συνέδεε τον Χάνδακα με την ανατολική Κρήτη, την περιοχή του Κατσαμπά και το λοιμοκαθαρτήριο της πόλης. Το μεγαλύτερο τμήμα της καταχώθηκε κατά τη διαμόρφωση της λεωφόρου Δημοκρατίας, αλλά τμήμα της εσωτερικής στοάς της έχει αποκατασταθεί και είναι επισκέψιμο.
3. Στη νότια πλευρά των τειχών κατασκευάστηκε το 1587 η Πύλη του Ιησού, γνωστή σήμερα ως Καινούργια Πόρτα. Από εδώ ξεκινούσαν οι δρόμοι προς την Κνωσό, τη Μεσαρά και τις νότιες επαρχίες. Από την περιοχή της πύλης περνούσε επίσης ο αγωγός του ενετικού υδραγωγείου που μετέφερε στην πόλη νερό από τις πηγές του Γιούχτα. Η σημερινή κυκλοφοριακή διάνοιξη της Καινούργιας Πόρτας δεν πρέπει να συγχέεται με την ιστορική ενετική πύλη, η οποία σώζεται ενσωματωμένη στα τείχη.
4. Στη δυτική πλευρά, στο τέλος της Strata Larga, της σημερινής οδού Καλοκαιρινού, βρισκόταν η Πύλη του Παντοκράτορα ή Panigra, γνωστή σήμερα ως Χανιώπορτα. Αποτελούσε την κύρια έξοδο προς τη δυτική Κρήτη. Πάνω από την εσωτερική είσοδο σώζεται ανάγλυφη παράσταση του Παντοκράτορα με τη λατινική επιγραφή OMNIPOTENS, ενώ στο εσωτερικό της πύλης ξεκινούν δύο θολωτές στοές, μία για την κυκλοφορία και μία στρατιωτική.

Οι τρεις κύριες χερσαίες πύλες, του Αγίου Γεωργίου, του Ιησού και του Παντοκράτορα, έκλειναν κάθε βράδυ με βαριές ξύλινες πόρτες κατά τη δύση του ηλίου και άνοιγαν ξανά την αυγή. Όσοι έφταναν μετά το κλείσιμο των πυλών παρέμεναν έξω από την πόλη και μπορούσαν να διανυκτερεύσουν σε ειδικά στεγασμένους χώρους.

Η προσέγγιση των πυλών ελεγχόταν από τους γειτονικούς προμαχώνες, τις χαμηλές πλατείες και τα εξωτερικά οχυρωματικά έργα. Τα orecchioni, δηλαδή τα «μεγάλα αυτιά», ήταν οι καμπύλες και ισχυρές πλευρικές προεξοχές των προμαχώνων, οι οποίες προστάτευαν τις χαμηλές πλατείες και επέτρεπαν στους υπερασπιστές να ελέγχουν τα γειτονικά τμήματα των τειχών.

Εκτός από τις τέσσερις κύριες πύλες υπήρχαν και μικρότερες πύλες στρατιωτικού ή βοηθητικού χαρακτήρα. Στη βορειοδυτική πλευρά βρισκόταν η Πύλη του Αγίου Ανδρέα, από την οποία σώζεται σήμερα μόνο τμήμα της θολωτής στοάς. Στη βορειοανατολική πλευρά βρισκόταν η Πύλη της Άμμου ή Sabbionara, η οποία συνέδεε την πόλη με την αμμώδη παραλία ανατολικά του λιμανιού.

Η Πύλη Δερματά βρισκόταν περίπου στο μέσο του παραθαλάσσιου τείχους, στον ομώνυμο κόλπο, κοντά στο σημερινό Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Κρήτης. Συνέδεε την πόλη απευθείας με τη θάλασσα και μπορούσε να χρησιμοποιηθεί ως εναλλακτική έξοδος σε περίπτωση αποκλεισμού του Ενετικού λιμανιού.

Στην Πύλη Δερματά αποβιβάστηκαν τον Νοέμβριο του 1668 οι Γάλλοι εθελοντές του δούκα François de La Feuillade, οι οποίοι έφτασαν για να ενισχύσουν τους πολιορκημένους υπερασπιστές του Χάνδακα. Η επίθεσή τους εναντίον των οθωμανικών θέσεων απέτυχε και οι Γάλλοι αποχώρησαν έχοντας υποστεί σημαντικές απώλειες. Μεγάλο μέρος της πύλης καταστράφηκε κατά τη διάνοιξη της παραλιακής λεωφόρου, αλλά σημαντικά κατάλοιπά της σώζονται κάτω από τον σημερινό δρόμο, κοντά στην παραλία Δερματά και απέναντι από το Μποδοσάκειο Σχολείο.