Κατά τη Σκοτεινή Περίοδο, η διαβίωση σε τόσο δυσπρόσιτες περιοχές ήταν τόσο σκληρή, που σε λίγους αιώνες οι οικισμοί αυτοί ήταν λογικό να παρακμάσουν και να χαθούν. Την ίδια περίοδο, οι Αχαιοί και οι Δωριείς άνοιξαν το δρόμο για την άνθιση του Κλασσικού Ελληνισμού. Εισήχθησαν νέα έθιμα, όπως η χρήση σιδήρου, η καύση των νεκρών και νέοι τρόποι ένδυσης. Η «εκατόπολη» Κρήτη του Ομήρου, άρχισε σιγά σιγά να επανέρχεται στο προσκήνιο, η Κνωσός ισχυροποιείται διοικητικά και αναπτύσσονται νέες εντυπωσιακές πόλεις, όπως η Ιεράπυτνα, η Ίτανος κοντά στο Βάι, η Αξός στην επαρχία Μυλοποτάμου, η Πραισός, η Σίβρυτος, η Δρήρος, η Ριζηνία, ο Τρυπητός, και πολλές άλλες.
Μετά την κατάληψη της Κρήτης από τους Ρωμαίους, το 69 μ.Χ., πρωτεύουσα του νησιού ορίστηκε η Γόρτυνα, η οποία μάλιστα εξελίχτηκε σε πρωτεύουσα των ρωμαϊκών επαρχιών της Κρήτης και της Κυρηναίας. Η πόλη, όπως μπορεί να δει ακόμη και σήμερα ο επισκέπτης, είχε επιβλητικά συγκροτήματα λουτρών, θέατρα, στάδιο, ιππόδρομο, ακρόπολη και ναούς ενώ λιμάνια της ήταν τα Μάταλα, η Λασαία και η Λεβήνα στο Λέντα. Εκτός από τη Γόρτυνα, πολλές άλλες πόλεις γνώρισαν άνθιση, με τις πιο εντυπωσιακές αρχαιολογικές τοποθεσίες να είναι σήμερα η Ελεύθερνα, η καλά οχυρωμένη Πολυρρήνια, η Ιεράπυτνα, η Λύττος, η Έλυρος, η Άπτερα, η Λάππα, η Ολούς, η Λατώ και η Πριανσός.
Με την ίδρυση κρητικών αποικιών στη Σικελία, στη Μασσαλία και στην Κυρήνη τον 7ο αιώνα π.Χ., το εμπόριο άνθισε ξανά και πολλά λιμάνια ξεπέρασαν σε ισχύ τις πόλεις που εξυπηρετούσαν ως επίνεια. Λιμάνια που μετεξελίχθηκαν τότε σε σημαντικές πόλεις ήταν η Φαλάσαρνα, η Λισσός, η Χερρόνησος, η Λατώ προς Καμάρα (σημερινός Άγιος Νικόλαος), η Ίνατος στον Τσούτσουρα και άλλα.
Η Άφιξη του Χριστιανισμού
Στο ταξίδι του προς τη Ρώμη, ο Άγιος Παύλος σταμάτησε στην Κρήτη και διακήρυξε τον Χριστιανισμό, ανάβοντας τη φλόγα μιας αιωνόβιας ασκητικής παράδοσης, σημάδια της οποίας συναντάμε και σήμερα στα ερημητήρια των Αστερουσίων. Περιοχές από όπου σύμφωνα με την παράδοση πέρασε ο Άγιος Παύλος και ο Όσιος Ιωάννης ο Ξένος, μετατράπηκαν γρήγορα σε ζωντανές ασκητικές κοινότητες. Ανάμεσά τους ξεχωρίζουν ακόμη και σήμερα τα ιερά ερημητήρια των Αστερουσίων και του Ακρωτηρίου Χανίων.
Το νησί έγινε ένα σπουδαίο χριστιανικό κέντρο, όπως αποτυπώνεται στα εκατοντάδες θρησκευτικά μνημεία, που είναι διάσπαρτα παντού. Οι παλαιοί ναοί του Δωδεκάθεου μετατράπηκαν σε μεγαλοπρεπείς βασιλικές και τα ιερά σπήλαια έγιναν εκκλησίες. Λείψανα των παλαιοχριστιανικών βασιλικών, που ακόμη και σήμερα προκαλούν δέος για το μέγεθός τους, συναντά κανείς διάσπαρτα σε όλο το νησί. Εκτός από τη μεγαλειώδη βασιλική του Αγίου Τίτου στη Μητρόπολη, σώζονται ίχνη ανάλογων θρησκευτικών μνημείων στη Χερσόνησο, στο Φραγκοκάστελο, στην Ελούντα, στην Αλμυρίδα, στο Πάνορμο, στα Γουλεδιανά, στη Σούγια, στην Ελεύθερνα και αλλού.
Αρχαία Δρήρος 
Η αρχαία Δρήρος ήταν κτισμένη στο όρος Καδηστός, δίπλα στο σημερινό ναό του Αγίου Αντωνίου, 2km βορειοανατολικά από τη σημερινή Νεάπολη. Η πόλη κατοικούνταν από Ετεοκρήτες, αλλά και Δωριείς που έφτασαν το 1100πΧ, και ήκμασε την Κλασσική - Ελληνιστική Περίοδο.
Η Πραισός ήταν κτισμένη σε τρεις λόφους σε απόσταση περίπου 13km από τη σημερινή Σητεία και 2km από τη Νέα Πραισό (Βαβέλοι). Η πόλη ιδρύθηκε από τους Ετεοκρήτες (=γνήσιοι Κρητικοί) που αποσύρθηκαν από τις μινωικές πόλεις στις δύσβατες περιοχές της Κρήτης μετά την κάθοδο των Δωριέων.
Η Αρχαία Αρκαδία ή Αρκάδες πιστεύεται ότι ήταν κτισμένη κοντά στο Αφρατί, όπου αρχαιολογικές ανασκαφές το 1924 έφεραν στο φως αρχαίες οικίες και νεκρόπολη του 7ου-9ου αιώνα π.Χ με θολωτούς τάφους. Η πόλη είχε ισχυρές συμμαχίες τον 2ο π.Χ. αιώνα.
Η Υρτακίνα ήταν κτισμένη στον απόκρημνο λόφο Καστρί δίπλα στο χωριό Τεμένια και ήκμασε τα Ελληνιστικά Χρόνια. Σήμερα η βλάστηση έχει καλύψει τα περισσότερα τμήματα της αρχαίας πόλης.
Η Τάρρα ήταν αρχαία αυτόνομη πόλη της Κρήτης και επίνειο της Ελύρου. Εδώ υπήρχε ιερό του Ταρραίου Απόλλωνα και θαυμαστό θεραπευτικό κέντρο. Ο μύθος λέει ότι ο ίδιος ο θεός Απόλλων ήρθε στη Σαμαριά για να εξαγνισθεί από τον μεγάλο ιερέα και θεραπευτή Καρμάνορα για το φόνο του Πύθωνα στους Δελφούς.
Η Σίβρυτος είναι αρχαία πόλη κτισμένη στο λόφο Κεφάλα κοντά στα σημερινά χωριά Θρόνος και Αγία Φωτεινή Ρεθύμνου. Ιδρύθηκε στα σκοτεινά χρόνια της Κρήτης, μετά την καταστροφή των Μινωικών αστικών κέντρων (1200πΧ), όταν οι Μινωίτες ίδρυσαν πόλεις στις πλέον αφιλόξενες και δύσκολα προσβάσιμες κορυφές των Κρητικών βουνών, αλλά γνώρισε την ακμή της κυρίως στα Ελληνορωμαϊκά χρόνια.
Στην τοποθεσία Βοθόνοι συναντάμε Ρωμαϊκές ιχθυοδεξαμενές που ήταν λαξευμένες από τους Ρωμαίους στον μαλακό ψαμμίτη. Υπάρχει ένα μικρό άνοιγμα για να ανανεώνεται το νερό. Στα πλάγια υπάρχουν σκαλιά, όπου μπορείτε να φανταστείτε την νοικοκυρά της εποχής να στέκεται και να φωνάζει: «Αυτό θέλω!».
Στην έξοδο του φαραγγιού της Τρυπητής πιστεύεται ότι υπήρχε η αρχαία πόλη Ποικιλασός ή Ποικιλάσιον, αλλά σήμερα θα δείτε ελάχιστα διάσπαρτα ίχνη. Στο σημείο σήμερα υπάρχει ο ναός του Προφήτη΄Ηλία και το κάστρο που έκτισαν οι Οθωμανοί.
