В темные века жизнь в суровых горных районах оказалась так трудна, что за несколько столетий эти поселения опустели и исчезли с лица земли. В то же время ахейцы и дорийцы привели Грецию к процветанию — классическому периоду. Они также распространили новые порядки: начали использовать железо, сжигать умерших и носить другую одежду.
«Остров ста городов», как его называл Гомер, постепенно стал играть более важную роль. Кносс снова превратился в административный центр, появились новые крупные города: Иерапетра, Итанос, Аксос, Пресос, Сивритос, Дрирос, Ризиния, Трипитос и многие другие.
Когда римлянин Квинт Цецилий Метелл завоевал Крит в 69 году н. э., столица острова была перенесена в Гортис, который позже стал столицей провинции Крит и Киренаика. О мощи города можно судить по оставшимся с тем времен баням, театрам, стадионам, ипподрому, крепости и храмам. Столицу обслуживали порты Маталы, Ласеи и Лавены (ныне Лендаса).
Помимо Гортиса процветали и другие города. Наиболее значительные археологические памятники остались от Элефтерны, Полирении, Литта, Элира, Аптеры, Лаппы, Осула, Лато и Приансуса.
После основания критских колоний на Сицилии, в Марселе и Кирене в VII веке н. э. снова была налажена торговля, и многие порты по своему могуществу превзошли города, для обслуживания которых создавались. Некоторые порты расширились и стали крупными городами, например Фаласарна, Лиссос, Херсониссос, Лато Камара и Инат.
Приход христианства
По пути в Рим апостол Павел остановился на Крите и начал проповедовать христианство, заложив основы многовековой традиции аскетизма, влияние которой можно проследить до наших дней в традициях отшельничества и укладе монастырей в горах Астерусия.
В районах, которые посетил Святой Павел и Святой Ионанн Ксенос, возникли целые общины схимников. К этим районам относятся горы Астерусия и Мыл Акротири возле Ханьи, где до сих пор сохраняются монашеские традиции.
Крит стал важным центром христианства, что подтверждается многочисленными религиозными памятниками, встречающимися на всей территории острова. Древние храмы олимпийских богов перестраивались в величественные базилики, а пещерные святилища превращались в церкви.
Развалины ранних христианских базилик, до сих пор поражающих своими размерами, можно найти в разных районах острова. Колоссальная базилика Святого Тита расположена в Гортисе. Остатки подобных религиозных памятников есть также в Херсониссосе, Фрагокастелло, Элунде, Альмириде, Панормо, Гуледиане, Суйе и Элефтерне.
Итанос 
В трех километрах от пляжа Ваи, в тихой песчаной бухте на северо-востоке Крита находятся развалины античного города Итаноса, одного из важнейших городов восточного Крита. Он был назван в честь одного из куретов, Итаноса, защищавших в свое время младенца Зевса.
Го́ртина — античный город на Крите. Гортина расположен в 46 км к югу от Ираклиона, близ селения Агии Дека, на плодородной равнине Мессара. Гортина — один из древнейших городов Крита (с 6000-летней историей), одно из наиболее важных археологических мест Греции.
Аргируполис (Argiroupolis) – это деревня, утопающая в зелени раскидиских крон платанов, которая находится в 27 км от города Ретимно. Деревня практически целиком построена на развалинах древнего города Лаппа, на холме Азонас, который возвышается между реками Петре и Муселас.
Город представлял собой дорийский город-государство, расположенный в удобной для защиты местности, рядом с заливом Мирабелло между двух вершин, на каждой из которых был акрополь города. Башни и два акрополя защищали город. Вероятно, Лато существовал до прихода дорийцев, хотя руины датируются дорийским периодом.
Олус — древний затонувший город, располагался на месте деревни Элунда. История города известна главным образом по надписям и монетами, датированными периодом между 330—280 до н. э. В 260 до н. э. город стал частью Кносса. В 201 до н. э. Олус вошел в союз с Родосом, но позже город попал под господство Лато.
Наиболее характерной особенностью области является множество пещер, высеченных в мягком белом известняке тысячи лет назад, которые расположены в северо-западной части пляжа. Есть и много подводных пещер. Считается, что пещеры в Матала были гробницами римской и христианской эры.
Аптера, один из наиболее могущественных городов-государств Крита, был по-строен в VII в. до н.э. По преданию, название города ("аптера" означает "бес-крылая") связано с легендой о сиренах, которые, узнав о поражении в музы-кальном состязании с музами, выклевали перья из своих крыльев.
Элефтерна, также называемая Аполлония — древний полис на острове Крит, в 25 км юго-восточнее Ретимно в Ретимни. Идут археологические раскопки этого поселения, расположенного на северном отроге горы Ида, высочайшей горы Крита; поселение процветало с Гомеровских времён до заката Византии.
