В темные века жизнь в суровых горных районах оказалась так трудна, что за несколько столетий эти поселения опустели и исчезли с лица земли. В то же время ахейцы и дорийцы привели Грецию к процветанию — классическому периоду. Они также распространили новые порядки: начали использовать железо, сжигать умерших и носить другую одежду.
«Остров ста городов», как его называл Гомер, постепенно стал играть более важную роль. Кносс снова превратился в административный центр, появились новые крупные города: Иерапетра, Итанос, Аксос, Пресос, Сивритос, Дрирос, Ризиния, Трипитос и многие другие.
Когда римлянин Квинт Цецилий Метелл завоевал Крит в 69 году н. э., столица острова была перенесена в Гортис, который позже стал столицей провинции Крит и Киренаика. О мощи города можно судить по оставшимся с тем времен баням, театрам, стадионам, ипподрому, крепости и храмам. Столицу обслуживали порты Маталы, Ласеи и Лавены (ныне Лендаса).
Помимо Гортиса процветали и другие города. Наиболее значительные археологические памятники остались от Элефтерны, Полирении, Литта, Элира, Аптеры, Лаппы, Осула, Лато и Приансуса.
После основания критских колоний на Сицилии, в Марселе и Кирене в VII веке н. э. снова была налажена торговля, и многие порты по своему могуществу превзошли города, для обслуживания которых создавались. Некоторые порты расширились и стали крупными городами, например Фаласарна, Лиссос, Херсониссос, Лато Камара и Инат.
Приход христианства
По пути в Рим апостол Павел остановился на Крите и начал проповедовать христианство, заложив основы многовековой традиции аскетизма, влияние которой можно проследить до наших дней в традициях отшельничества и укладе монастырей в горах Астерусия.
В районах, которые посетил Святой Павел и Святой Ионанн Ксенос, возникли целые общины схимников. К этим районам относятся горы Астерусия и Мыл Акротири возле Ханьи, где до сих пор сохраняются монашеские традиции.
Крит стал важным центром христианства, что подтверждается многочисленными религиозными памятниками, встречающимися на всей территории острова. Древние храмы олимпийских богов перестраивались в величественные базилики, а пещерные святилища превращались в церкви.
Развалины ранних христианских базилик, до сих пор поражающих своими размерами, можно найти в разных районах острова. Колоссальная базилика Святого Тита расположена в Гортисе. Остатки подобных религиозных памятников есть также в Херсониссосе, Фрагокастелло, Элунде, Альмириде, Панормо, Гуледиане, Суйе и Элефтерне.
Греко-римские гробницы Гриа Мандра 
Сент Томас - одна из наиболее впечатляющих горных деревень Крита, в основном, благодаря каменным породам этого региона, которые легко поддаются резьбе. Превосходные памятники резной архитектуры уводят нас в давние времена резных минойских прессов, римских гробниц и высеченных в скалах храмов на фоне впечатляющих обрывов, естественных пещер, византийских церквей и окружающей зелени.
Над живописной деревней Триалония мы встретим холм Кефала, который таит в себе места неизвестных археологических раскопок. Южная часть Кефалы состоит из мягкого известняка и склон полон высеченными гробницами римского периода.
Древний город Элирос находился в юго-западной части Крита, в районе сегодняшней деревни Родовани, на холме Кефала. На табличках, обнаруженных здесь, была расшифрована надпись «слава городу Элирон», которая и подтвердила предположение археологов о месторасположении древнего города Элирос.
Археологические раскопки Трипитоса расположены на небольшом полуострове, в 3 км восточнее Ситии, возле пляжа Каравопетра, с которого открывается захватывающий вид на город Сития. Считается, что на месте этих раскопок ранее располагался древний город Стия, Ития, который изначально был портом Праэсус.
Недалеко от деревни Темениа муниципалитета Селинос находится древний город Иртакина, построенный на высоте 900 метров над уровнем моря. Город был сильным и независимым государством, основанным в древности и процветавшим в период Эллинизма. Во времена Римской империи Иртакина находилась в упадке.
Древний Пикилассос являлся важнейшим греческим городом архаического, классического и эллинистического периода в западной части острова Крит. Древний город Пикилассос был расположен на месте сегодняшняго Вукеласи, на выходе из ущелья Трипити, между Сугия и Агия Румели. Древний Пикилассос не был автономным городом, но считался главным портом древнего Элироса.
Над пляжем Геронтолаккос в районе Фармакокефало археолог П. Пападакис в 1984 году обнаружил остатки эллинистического города Амбелос. Раскопки показали, что это был процветающий город с массивными стенами, домаи и дорогами.
