Κατά τη Σκοτεινή Περίοδο, η διαβίωση σε τόσο δυσπρόσιτες περιοχές ήταν τόσο σκληρή, που σε λίγους αιώνες οι οικισμοί αυτοί ήταν λογικό να παρακμάσουν και να χαθούν. Την ίδια περίοδο, οι Αχαιοί και οι Δωριείς άνοιξαν το δρόμο για την άνθιση του Κλασσικού Ελληνισμού. Εισήχθησαν νέα έθιμα, όπως η χρήση σιδήρου, η καύση των νεκρών και νέοι τρόποι ένδυσης. Η «εκατόπολη» Κρήτη του Ομήρου, άρχισε σιγά σιγά να επανέρχεται στο προσκήνιο, η Κνωσός ισχυροποιείται διοικητικά και αναπτύσσονται νέες εντυπωσιακές πόλεις, όπως η Ιεράπυτνα, η Ίτανος κοντά στο Βάι, η Αξός στην επαρχία Μυλοποτάμου, η Πραισός, η Σίβρυτος, η Δρήρος, η Ριζηνία, ο Τρυπητός, και πολλές άλλες.
Μετά την κατάληψη της Κρήτης από τους Ρωμαίους, το 69 μ.Χ., πρωτεύουσα του νησιού ορίστηκε η Γόρτυνα, η οποία μάλιστα εξελίχτηκε σε πρωτεύουσα των ρωμαϊκών επαρχιών της Κρήτης και της Κυρηναίας. Η πόλη, όπως μπορεί να δει ακόμη και σήμερα ο επισκέπτης, είχε επιβλητικά συγκροτήματα λουτρών, θέατρα, στάδιο, ιππόδρομο, ακρόπολη και ναούς ενώ λιμάνια της ήταν τα Μάταλα, η Λασαία και η Λεβήνα στο Λέντα. Εκτός από τη Γόρτυνα, πολλές άλλες πόλεις γνώρισαν άνθιση, με τις πιο εντυπωσιακές αρχαιολογικές τοποθεσίες να είναι σήμερα η Ελεύθερνα, η καλά οχυρωμένη Πολυρρήνια, η Ιεράπυτνα, η Λύττος, η Έλυρος, η Άπτερα, η Λάππα, η Ολούς, η Λατώ και η Πριανσός.
Με την ίδρυση κρητικών αποικιών στη Σικελία, στη Μασσαλία και στην Κυρήνη τον 7ο αιώνα π.Χ., το εμπόριο άνθισε ξανά και πολλά λιμάνια ξεπέρασαν σε ισχύ τις πόλεις που εξυπηρετούσαν ως επίνεια. Λιμάνια που μετεξελίχθηκαν τότε σε σημαντικές πόλεις ήταν η Φαλάσαρνα, η Λισσός, η Χερρόνησος, η Λατώ προς Καμάρα (σημερινός Άγιος Νικόλαος), η Ίνατος στον Τσούτσουρα και άλλα.
Η Άφιξη του Χριστιανισμού
Στο ταξίδι του προς τη Ρώμη, ο Άγιος Παύλος σταμάτησε στην Κρήτη και διακήρυξε τον Χριστιανισμό, ανάβοντας τη φλόγα μιας αιωνόβιας ασκητικής παράδοσης, σημάδια της οποίας συναντάμε και σήμερα στα ερημητήρια των Αστερουσίων. Περιοχές από όπου σύμφωνα με την παράδοση πέρασε ο Άγιος Παύλος και ο Όσιος Ιωάννης ο Ξένος, μετατράπηκαν γρήγορα σε ζωντανές ασκητικές κοινότητες. Ανάμεσά τους ξεχωρίζουν ακόμη και σήμερα τα ιερά ερημητήρια των Αστερουσίων και του Ακρωτηρίου Χανίων.
Το νησί έγινε ένα σπουδαίο χριστιανικό κέντρο, όπως αποτυπώνεται στα εκατοντάδες θρησκευτικά μνημεία, που είναι διάσπαρτα παντού. Οι παλαιοί ναοί του Δωδεκάθεου μετατράπηκαν σε μεγαλοπρεπείς βασιλικές και τα ιερά σπήλαια έγιναν εκκλησίες. Λείψανα των παλαιοχριστιανικών βασιλικών, που ακόμη και σήμερα προκαλούν δέος για το μέγεθός τους, συναντά κανείς διάσπαρτα σε όλο το νησί. Εκτός από τη μεγαλειώδη βασιλική του Αγίου Τίτου στη Μητρόπολη, σώζονται ίχνη ανάλογων θρησκευτικών μνημείων στη Χερσόνησο, στο Φραγκοκάστελο, στην Ελούντα, στην Αλμυρίδα, στο Πάνορμο, στα Γουλεδιανά, στη Σούγια, στην Ελεύθερνα και αλλού.
Αρχαία Ολούς 
Σε μικρή απόσταση από την Ελούντα, στη περιοχή των Αλυκών, βρίσκονται ελάχιστα ερείπια της αρχαίας πόλης Ολούς (κυρίως μέσα στη θάλασσα) που κατοικήθηκε οργανωμένα από τα Μινωικά χρόνια. Η Ολούς ή Ολούντα υπήρξε μια από τις σημαντικότερες εκατό πόλεις της αρχαίας Κρήτης, με πληθυσμό άνω των 30.000 ανθρώπων.
Το Κουφονήσι απότέλεσε οικονομικό και πολιτιστικό κέντρο από τους Μινωϊκούς μέχρι και τους Ελληνορωμαϊκούς χρόνους και έρεισμα όλων των μεγάλων πόλεων της περιοχής. Όπως εξιστορείται και στην επιγραφή της «Διαιτησίας των Μαγνήτων» που σήμερα είναι εντοιχισμένη στην πρόσοψη του καθολικού της Μονής Τοπλού, υπήρχαν για οριακές διαφορές μεταξύ Ιτάνου και Ιεράπετρας και μια από τις βασικότερες ήταν η διεκδίκηση από την Ιεράπυτνα του νησιού Λεύκη.
Η Έλυρος αποτέλεσε τη σημαντικότερη πόλη της νοτιοδυτικής Κρήτης κατά τη Δωρική και Ελληνορωμαϊκή Περίοδο. Ερείπια της σώζονται 500m από το σημερινό χωριό Ροδοβάνι, στο ύψωμα Κεφάλα με την πανοραμική θέα στη θάλασσα. Λιμάνια της πόλης ήταν η σημερινή Σούγια και η κοντινή Λισσός.
Η Λασαία ήταν ένα από τα μεγαλύτερα λιμάνια της Γόρτυνας, της μεγαλύτερης πόλης της Ρωμαϊκής Κρήτης. Μάλιστα, η πόλη αναφέρεται στις πράξεις του Αγίου Παύλου, ο οποίος επισκέφτηκε την περιοχή κατά το ταξίδι του στη Ρώμη. Η Λασαία ήταν πλούσια σε κοιτάσματα χαλκού, τα οποία και αποτέλεσαν αντικείμενο εμπορίου.
Η αρχαία Αξός ήταν κτισμένη στον λόφο νοτιοανατολικά του σύγχρονου χωριού και θεωρείται μια από τις σημαντικότερες πόλεις της αρχαίας Κρήτης. Η περιοχή κατοικήθηκε ήδη από τα Προμινωϊκά, αλλά η πόλη έφτασε στην ακμή της κατά την αρχαϊκή περίοδο.
Η σημερινή πόλη της Χερσονήσου διατηρεί ακέραια την ονομασία της αρχαίας πόλης Χερσόνησος ή Χερρόνησος. Η πόλη υπήρχε από τα Μινωϊκά Χρόνια, αλλά άνθισε μετά την κατάληψη της Κρήτης από τους Ρωμαίους.
Τα ερείπια της αρχαίας πόλης Πολυρρήνιας βρίσκονται σε απόκρημνο λόφο με θέα στο Κρητικό και στο Λιβυκό Πέλαγος. Η πόλη πιθανώς ιδρύθηκε από τους Αχαιούς το 1100πΧ και ήκμασε κατά τα Ρωμαϊκά χρόνια.
Ο Άγιος Θωμάς είναι ένα από τα εντυπωσιακότερα ορεινά χωριά της Κρήτης. Αυτό το οφείλει κυρίως στο πέτρωμα της περιοχής που είναι εύκολα λαξεύσιμο. Εξαιρετικά δείγματα λαξευτής αρχιτεκτονικής μας ταξιδεύουν στα πανάρχαια χρόνια με μινωικά πατητήρια, ρωμαϊκούς τάφους και σπηλαιώδεις ναούς.
