Ο Ναός του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου στις Μαργαρίτες βρίσκεται στη νοτιοδυτική πλευρά του οικισμού. Αποτελεί μονόχωρο καμαροσκέπαστο ναό και στο εσωτερικό του φέρει ίχνη τοιχογραφιών και εντυπωσιακό πέτρινο τέμπλο. Σε κάθε μια πλευρά του ναού ανοίγονται τρία τυφλά αψιδώματα.
Στο Καστέλλι Πεδιάδος υπάρχει ο παλιός ναός του Χριστού, ο οποίος σώζει ίχνη τοιχογραφιών μεγάλης καλλιτεχνικής αξίας του 14ου αιώνα. Στις τοιχογραφίες διακρίνονται σκηνές της Πεντηκοστής, της Ετοιμασίας του Θρόνου, διάφοροι Άγιοι, η Δέηση, ο Άγιος Γεώργιος και ο Αρχάγγελος Μιχαήλ με στρατιωτική ενδυμασία και ξίφος, ως προστάτης του ναού.
Ο ναός του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου βρίσκεται στο νεκροταφείο της Αξού, βόρεια από το λόφο της Αρχαίας Αξού. Αποτελεί μια από τις πολλές Βυζαντινές εκκλησίες της Αξού, που ήκμασε από την Ελληνορωμαϊκή Εποχή ως και τα ύστερα Βυζαντινά χρόνια.
Ο ναός της Παναγίας στις Σαϊτούρες είναι αφιερωμένος στη Γέννηση της Θεοτόκου και είναι κτισμένος στην είσοδο του σημερινού χωριού. Φέρει τοιχογραφίες του 13ου-14ου αιώνα, ανάμεσα στις οποίες ξεχωρίζουν αναπαραστάσεις με κολασμένους. Η εικονογράφηση πρέπει να έγινε από ντόπιο καλλιτέχνη, όπως δείχνει ο επαρχιακός τύπος τοιχογραφιών.
Ο ναός του Αγίου Γεωργίου βρίσκεται κοντά στα αρχαία λουτρά της αρχαίας Μήθυμνας. Ο ναός είναι μονόχωρος καμαροσκέπαστος με το ιερό προς το νότο και κτίστηκε τον 9ο αιώνα στη θέση Ρωμαϊκού ναού, πιθανόν της Αρτέμιδος. Αρχικά αναφέρεται ως αφιερωμένος στον Άγιο Στέφανο και στην συνέχεια στον Άγιο Γεώργιο.
Ο ναός της Παναγίας Καρδιώτισσας βρίσκεται στην τοποθεσία Λειβάδα ή Αρκολιώ, νότια του Φουρφουρά και αποτέλεσε μικρή γυναικεία μονή. Σήμερα σώζεται το καθολικό που είναι αφιερωμένο στη Γένεση της Θεοτόκου, ενώ υπάρχουν ίχνη κι από τα κελιά. Το εσωτερικό του ναού φέρει ίχνη τοιχογραφιών του 15ου αιώνα, από τις οποίες ξεχωρίζει ο Άγιος Γεώργιος και η Δευτέρα Παρουσία.
Το έρημο σήμερα χωριό Σπαθαρικά, που ήταν υφαντικό κέντρο της περιοχής, βρίσκεται ανατολικά από τους Αποστόλους Αμαρίου και είχε ως κεντρικό ναό του τον Άγιο Σπυρίδωνα. Ο ναός αυτός, σε αντίθεση με τα κτίρια του χωριού που έχουν καταρρεύσει, σώζεται και φέρει τοιχογραφίες του 15ου αιώνα σε μέτρια κατάσταση.
Ο επιβλητικός ναός του Αγίου Γεωργίου στον Καλαμά Μυλοποτάμου χρονολογείται στον 12ο αιώνα και είναι από τις εντυπωσιακότερες εκκλησίες του νομού Ρεθύμνης. Έχει ιδιαίτερη αρχιτεκτονική,καθώς είναι σταυροειδής με δύο νάρθηκες μπροστά και θόλο στο κέντρο του σταυρού, θυμίζοντας τρίκλιτη εκκλησία.