Neben dem modernen Hafen von Heraklion liegt der kleine, malerische venezianische Hafen, der heute als Marina genutzt wird. An seiner Einfahrt erhebt sich die imposante Rocca a Mare oder Koules-Festung, die einst den Hafen schützte und heute zu den bekanntesten Wahrzeichen der Stadt gehört. Neben der Koules-Festung beginnt die etwa zwei Kilometer lange Mole des modernen Hafens. Sie gehört zu den beliebtesten Orten in Heraklion zum Spazierengehen, Joggen und Angeln und bietet einen weiten Blick auf die Stadt, den alten Hafen und das Kretische Meer. Gegenüber der Koules-Festung stand auf dem heutigen Marina-Pier bis zum Beginn des 20. Jahrhunderts eine kleinere Festung, die als Kleine Koules bekannt war. Sie schützte die gegenüberliegende Seite der Hafeneinfahrt, wurde jedoch beim Bau und bei der Erweiterung des modernen Hafens abgerissen. Entlang der Küstenstraße sind noch Teile der gewölbten venezianischen Schiffswerften erhalten. In diesen langgestreckten Gebäuden wurden Schiffe gebaut, repariert und untergebracht. Neben den Großen Werften befindet sich die venezianische Zane-Zisterne, während zwischen den größeren und kleineren Werftanlagen einst das Salzlager stand. Die ersten umfangreichen Hafenanlagen entstanden während des Emirats von Kreta im 9. und 10. Jahrhundert, als Chandax ein wichtiger Stützpunkt der arabischen Flotte war. Nach der byzantinischen Rückeroberung im Jahr 961 diente der Hafen weiterhin der befestigten Stadt und den Seeverbindungen Kretas. Seine größte Blüte erlebte der Hafen während der venezianischen Herrschaft. Candia, wie Heraklion damals genannt wurde, entwickelte sich zu einem der wichtigsten Handels- und Flottenstützpunkte Venedigs im östlichen Mittelmeer. In den Werften wurden venezianische Galeeren gewartet, während rund um das Hafenbecken Lagerhäuser, Werkstätten und militärische Einrichtungen betrieben wurden. Historischen Beschreibungen zufolge konnte der Hafen im 17. Jahrhundert bis zu fünfzig Galeeren aufnehmen. Seine Einfahrt wurde von der Koules-Festung und der Kleinen Koules geschützt und konnte besonders in Kriegszeiten und während des Kretischen Krieges mit einer großen Metallkette verschlossen werden. Vom Hafen Candias wurden zahlreiche kretische Erzeugnisse nach Venedig und auf andere europäische Märkte ausgeführt. Zu ihnen gehörten der berühmte Malvasia-Wein, Salz aus den Salinen der Insel und besonders aus der Gegend von Elounda sowie Honig, Käse, Bienenwachs, Seide, Rosinen, Baumwolle und Olivenöl. Die Herstellung und der Handel mit Salz wurden von Venedig streng kontrolliert, da sie eine wichtige Einnahmequelle darstellten. Nach der osmanischen Eroberung Candias im Jahr 1669 blieb der Hafen in Betrieb und seine Befestigungen wurden bei Bedarf instand gesetzt. Im 20. Jahrhundert veränderten jedoch der Bau der Küstenstraße und des neuen modernen Hafens das historische Erscheinungsbild des Gebietes erheblich. Große Teile der venezianischen Werften wurden ebenso abgerissen wie die Kleine Koules. Auch das Molentor, das am Beginn der heutigen Straße des 25. August stand und die Verbindung zwischen der Stadt und dem Hafen kontrollierte, wurde zerstört. Trotz dieser umfangreichen Eingriffe ist der venezianische Hafen bis heute eines der bedeutendsten historischen Wahrzeichen Heraklions. [widgetkit id=1340]

Während der venezianischen Herrschaft gab es innerhalb der Mauern von Candia, dem heutigen Heraklion, zahlreiche Brunnen und Zisternen. Dennoch blieb der Mangel an ausreichend sauberem, fließendem Trinkwasser eines der größten Probleme der Stadt. Mitte des 16. Jahrhunderts wurde der Bembo-Brunnen errichtet, durch den erstmals Quellwasser nach Candia geleitet wurde. Eine wesentlich umfassendere Lösung schuf später der venezianische Generalprovisor Francesco Morosini mit dem Bau eines etwa 15 Kilometer langen Wasserversorgungssystems. Das Aquädukt leitete Wasser aus den Quellen im Gebiet von Archanes und am Berg Juktas bis in das Zentrum der Stadt. Dort endete es am berühmten Morosini-Brunnen auf dem heutigen Löwenplatz, der 1628 eingeweiht wurde. Nach der osmanischen Eroberung Candias wurden zahlreiche weitere Brunnen errichtet, um die Einwohner und vorbeikommende Reisende mit Trinkwasser zu versorgen. Dazu gehörten auch die sogenannten Sebils, öffentliche Wohltätigkeitsbrunnen, die nach islamischer Tradition kostenlos Wasser bereitstellten. Viele venezianische und osmanische Brunnen wurden bei späteren Eingriffen in das Stadtbild zerstört oder stark verändert. Die erhaltenen Anlagen zählen heute jedoch zu den bedeutenden historischen und architektonischen Denkmälern Heraklions.