Δίπλα στο σύγχρονο λιμάνι του Ηρακλείου σώζεται το μικρό και γραφικό Ενετικό λιμάνι, το οποίο χρησιμοποιείται σήμερα ως μαρίνα. Στην είσοδό του δεσπόζει το επιβλητικό φρούριο Rocca a Mare ή Κούλες, που προστάτευε το λιμάνι και αποτελεί ένα από τα πιο αναγνωρίσιμα μνημεία της πόλης. Από τον Κούλε ξεκινά ο λιμενοβραχίονας του σύγχρονου λιμανιού, μήκους περίπου δύο χιλιομέτρων. Η διαδρομή αποτελεί αγαπημένο σημείο περιπάτου, άθλησης και ψαρέματος, προσφέροντας πανοραμική θέα προς την πόλη, το Ενετικό λιμάνι και το Κρητικό Πέλαγος. Απέναντι από τον Κούλε, στη σημερινή προβλήτα της Μαρίνας, βρισκόταν έως τις αρχές του 20ού αιώνα ένα μικρότερο φρούριο, γνωστό ως Μικρός Κούλες. Το φρούριο προστάτευε την άλλη πλευρά της εισόδου του λιμανιού, αλλά κατεδαφίστηκε κατά τις εργασίες διαμόρφωσης του σύγχρονου λιμένα. Κατά μήκος της παραλιακής λεωφόρου σώζονται επίσης τμήματα από τα θολωτά Ενετικά Νεώρια, τα επιμήκη κτίρια στα οποία κατασκευάζονταν, επισκευάζονταν και φυλάσσονταν τα πλοία. Κοντά στα Μεγάλα Νεώρια διατηρείται η ενετική δεξαμενή Zane, ενώ ανάμεσα στα συγκροτήματα των νεωρίων βρισκόταν η Αποθήκη Άλατος. Οι πρώτες μεγάλης κλίμακας λιμενικές εγκαταστάσεις κατασκευάστηκαν κατά την περίοδο του Εμιράτου της Κρήτης, τον 9ο και τον 10ο αιώνα, όταν ο Χάνδακας αποτελούσε σημαντική βάση του αραβικού στόλου. Μετά τη βυζαντινή ανακατάληψη του 961, το λιμάνι συνέχισε να εξυπηρετεί την οχυρωμένη πόλη και τις θαλάσσιες επικοινωνίες της Κρήτης. Η μεγαλύτερη ακμή του λιμανιού σημειώθηκε κατά την Ενετοκρατία. Η Candia, όπως ονομαζόταν τότε το Ηράκλειο, εξελίχθηκε σε ένα από τα σημαντικότερα εμπορικά και στρατιωτικά λιμάνια της Βενετίας στην Ανατολική Μεσόγειο. Στα νεώριά της συντηρούνταν οι βενετικές γαλέρες, ενώ γύρω από τη λιμενική λεκάνη λειτουργούσαν αποθήκες, εργαστήρια και βοηθητικές στρατιωτικές εγκαταστάσεις. Σύμφωνα με ιστορικές περιγραφές, τον 17ο αιώνα το λιμάνι μπορούσε να φιλοξενήσει έως και πενήντα γαλέρες. Η είσοδός του προστατευόταν από τον Κούλε και τον Μικρό Κούλε και μπορούσε να κλείσει με μεγάλη μεταλλική αλυσίδα, ιδιαίτερα κατά τις περιόδους πολέμου και κατά τη διάρκεια του Κρητικού Πολέμου. Από το λιμάνι της Candia εξάγονταν προς τη Βενετία και άλλες ευρωπαϊκές αγορές πολλά προϊόντα της Κρήτης. Ανάμεσά τους ξεχώριζαν το περίφημο κρασί Μαλβαζία, το αλάτι από τις αλυκές και ιδιαίτερα από την περιοχή της Ελούντας, το μέλι, το τυρί, το κερί, το μετάξι, οι σταφίδες, το βαμβάκι και το ελαιόλαδο. Η παραγωγή και η εμπορία του αλατιού ελέγχονταν αυστηρά από τη Βενετία, καθώς αποτελούσαν σημαντική πηγή εσόδων. Μετά την οθωμανική κατάκτηση του Χάνδακα το 1669, το λιμάνι συνέχισε να χρησιμοποιείται και οι οχυρώσεις του επισκευάζονταν ανάλογα με τις ανάγκες. Κατά τον 20ό αιώνα, όμως, η κατασκευή της παραλιακής λεωφόρου και του νέου σύγχρονου λιμανιού άλλαξε σε μεγάλο βαθμό την ιστορική μορφή της περιοχής. Μεγάλο μέρος των Νεωρίων κατεδαφίστηκε, όπως και ο Μικρός Κούλες. Κατεδαφίστηκε επίσης η Πύλη του Μόλου, η οποία βρισκόταν στην αρχή της σημερινής οδού 25ης Αυγούστου και έλεγχε την επικοινωνία ανάμεσα στην πόλη και το λιμάνι. Παρά τις μεγάλες επεμβάσεις, το Ενετικό λιμάνι παραμένει ένα από τα σημαντικότερα ιστορικά τοπόσημα του Ηρακλείου. [widgetkit id=1340]

Κατά την Ενετοκρατία, μέσα στο Μεγάλο Κάστρο υπήρχαν πολυάριθμα πηγάδια και δεξαμενές, όμως η έλλειψη άφθονου και καθαρού τρεχούμενου νερού αποτελούσε ένα από τα σοβαρότερα προβλήματα της πόλης. Στα μέσα του 16ου αιώνα κατασκευάστηκε η Κρήνη Μπέμπο, μέσω της οποίας μεταφέρθηκε πηγαίο νερό στον Χάνδακα. Αργότερα, ο Ενετός γενικός προβλεπτής Φραντσέσκο Μοροζίνι αντιμετώπισε αποτελεσματικότερα το πρόβλημα με την κατασκευή ενός μεγάλου υδραγωγείου, μήκους περίπου 15 χιλιομέτρων, το οποίο μετέφερε νερό από τις πηγές της περιοχής των Αρχανών και του Γιούχτα στην καρδιά της πόλης. Το έργο κατέληγε στην περίφημη Κρήνη Μοροζίνι, στα σημερινά Λιοντάρια, η οποία εγκαινιάστηκε το 1628. Μετά την κατάκτηση του Χάνδακα από τους Οθωμανούς κατασκευάστηκαν πολλές νέες κρήνες για την ύδρευση των κατοίκων και την εξυπηρέτηση των περαστικών. Ανάμεσά τους υπήρχαν τα σεμπίλια, φιλανθρωπικές δημόσιες κρήνες που πρόσφεραν δωρεάν νερό και συνδέονταν με την ισλαμική παράδοση της αγαθοεργίας. Πολλές από τις ενετικές και οθωμανικές κρήνες καταστράφηκαν ή αλλοιώθηκαν κατά τις μεταγενέστερες επεμβάσεις στην πόλη, όμως όσες διατηρούνται αποτελούν σημαντικά μνημεία της ιστορίας και της αρχιτεκτονικής του Ηρακλείου.