Ο Ναός της Κοιμήσεως της Θεοτόκου βρίσκεται στο χωριό του Μέρωνα και η παλαιότερη αναφορά του ονόματος εντοπίζεται σε νοταριακό έγγραφο του 1301. Ο οικισμός ονομάστηκε Μέρωνας, από το ρήμα μερώνω – ημερώνω – ημερεύω, καθώς σύμφωνα με τη παράδοση, στον τόπο αυτό «μέρωσε» η Παναγία και κτίστηκε ως πρώτο κτίσμα του χωριού, ο ναός προς τιμήν της.
Η Παναγία Βιγλιώτισσα είναι πρώην μοναστήρι κοντά στη Βουλισμένη, στη θέση Βιγλί. Το καθολικό της μονής ήταν αφιερωμένο στο Γενέσιο της Θεοτόκου (8 Σεπτεμβρίου). Ο ναός έχει αναστηλωθεί πλήρως και ο περιβάλλον χώρος έχει διαμορφωθεί σε ένα όμορφο παρκάκι και έχει τοποθετηθεί μνημείο για τη Μητέρα.
Ο ναός της Παναγίας στο χωριό Θρόνος Αμαρίου είναι μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός που κατασκευάστηκε γύρω στο 1300. Κτίστηκε πάνω στα ερείπια παλαιοχριστιανικής Βασιλικής (πιθανώς της Επισκοπής Σιβρύτου) του 4ου αιώνα από την οποία σώζονται τα μωσαϊκά δάπεδα. Ο ναός φέρει τοιχογραφίες του 14-15ου αιώνα, ενώ υπάρχει επιγραφή του 1491.
Ο Άγιος Ευτύχιος αποτελεί ένα από τους αρχαιότερους ναούς σε ολόκληρη την Κρήτη και είναι κόσμημα για την ευρύτερη περιοχή. Ο ναός πρόσφατα έτυχε συντήρησης από την αρχαιολογική υπηρεσία και σήμερα είναι ανοικτός στο κοινό. Ο ναός κτίστηκε στην Μεσοβυζαντινή περίοδο αλλά υπήρχε ήδη κτίσμα στον χώρο του ναού ήδη από τον 3ο μ.Χ. αιώνα τμήματα του οποίου ενσωμάτωσε αργότερα ο ναός.
Τα Καπετανιανά βρίσκονται στη θέση της πρώην μονής του Κύριε Ελέησον, ένα από τα σημαντικότερα κέντρα μοναχισμού στην Κρήτη όπου άνθισαν οι τέχνες και τα γράμματα. Κατά την περίοδο της Οθωμανικής κυριαρχίας το μοναστήρι έπαυσε να λειτουργεί.
Δίπλα στην παραλία στο Φαφλάγκο πολύ παλιά υπήρχε η Μονή του Αγίου Προκοπίου, η οποία καταστράφηκε από τους Άραβες. Έτσι, οι μοναχοί αποφάσισαν να απομακρυνθούν από την παραλία και να χτίσουν το 855 μια μονή αφιερωμένη στην Παναγία, σε ένα σημείο πολύ καλά κρυμμένο και μη ορατό από τη θάλασσα. Ο ναός της μονής στέκεται ακόμη στο σημείο, στην έξοδο του φαραγγιού Ξεροφάραγγο κοντά στο χωριό Καλάμι.
Ο Άγιος Παύλος είναι Βυζαντινή εκκλησία που είναι χτισμένη πάνω στην παραλία, στη θέση Σελούδα. Βρίσκεται στο σημείο όπου ο Απόστολος Παύλος λέγεται ότι βάπτισε ανθρώπους περνώντας από δω κατά το ταξίδι του για τη Ρώμη. Είναι μια πολύ γραφική μικρή εκκλησία, χτισμένη πάνω στην παραλία με πέτρες από την περιοχή.
Περίπου 500μ. από το μικρό χωριό Λιλιανό (παλιότερα Λιλιανώ, που σημαίνει το χωριό των Λιλιανών), σχεδόν στα όρια του αεροδρομίου του Καστελίου κρύβεται ένας ακόμα θησαυρός της Κρητικής ενδοχώρας. Πρόκειται για τον κοιμητηριακό ναό του Αγίου Ιωάννη Προδρόμου του Ριγολόγου που γιορτάζει στις 29 Αυγούστου.