Η έντονη καρστική μορφολογία της Κρήτης συνδέεται με την παρουσία χιλιάδων σπηλαίων, βαράθρων, καταβοθρών και υπόγειων διαδρομών νερού. Τα σπήλαια χρησιμοποιήθηκαν από τον άνθρωπο ήδη από την προϊστορική εποχή, ως χώροι κατοίκησης, ταφής και λατρείας. Χαρακτηριστικό παράδειγμα αποτελούν τα βραχοχαράγματα στο σπήλαιο Σκορδιλάκια κοντά στο Ασφένδου, η ακριβής χρονολόγηση των οποίων εξακολουθεί να αποτελεί αντικείμενο επιστημονικής έρευνας.

Κατά τη μινωική εποχή πολλά σπήλαια αποτέλεσαν σημαντικά ιερά. Στο σπήλαιο της Ειλειθυίας στην Αμνισό και στο σπήλαιο της Ινατίας Ειλειθυίας στον Τσούτσουρα λατρευόταν η Ειλείθυια, θεά του τοκετού και προστάτιδα των γυναικών που κυοφορούσαν. Το Δικταίο Άντρο και το Ιδαίο Άντρο συνδέθηκαν με τον μύθο της γέννησης και της ανατροφής του Δία στην Κρήτη. Αργότερα, η αρχαία λατρευτική παράδοση έδωσε τη θέση της στη χριστιανική άσκηση και πολλά σπήλαια μετατράπηκαν σε ναούς, ερημητήρια και μοναστικές κοινότητες. Με τέτοιους χώρους συνδέονται, μεταξύ άλλων, ο Απόστολος Παύλος, ο Άγιος Γεράσιμος και ο Άγιος Ιωάννης ο Ξένος.

Τα σπήλαια της Κρήτης συνδέονται επίσης με δραματικές στιγμές της ιστορίας του νησιού. Στα σπήλαια του Μελιδονίου, της Μιλάτου και της Κρυονερίδας, καθώς και στο σπήλαιο Τηγάνι της Γραμβούσας, άμαχοι που είχαν καταφύγει στο εσωτερικό τους θανατώθηκαν κατά την περίοδο της οθωμανικής κυριαρχίας και των κρητικών επαναστάσεων.

Σήμερα στην Κρήτη έχουν καταγραφεί περίπου 5.200 σπήλαια και βάραθρα, αριθμός που συνεχίζει να αυξάνεται καθώς οι έρευνες προχωρούν. Ιδιαίτερα σημαντικές σπηλαιολογικές περιοχές είναι τα Λευκά Όρη, το Γεωπάρκο του Ψηλορείτη, το όρος Στρούμπουλας και το Γεωπάρκο της Σητείας. Στα Λευκά Όρη βρίσκονται ο Γουργούθακας και το Λιοντάρι, τα δύο βαθύτερα εξερευνημένα σπήλαια της Ελλάδας, με βάθος που ξεπερνά τα 1.100 μέτρα. Η εξερεύνησή τους απαιτεί ειδικό εξοπλισμό, εκπαίδευση και συμμετοχή οργανωμένων σπηλαιολογικών ομάδων.

Ορισμένα σπήλαια είναι οργανωμένα και επισκέψιμα από το ευρύ κοινό, όπως το Δικταίο Άντρο στο Ψυχρό, ο Γεροντόσπηλιος στο Μελιδόνι και το σπήλαιο Σφενδόνη στα Ζωνιανά. Πέρα από τη γεωλογική, αρχαιολογική και ιστορική τους αξία, τα σπήλαια αποτελούν ευαίσθητα οικοσυστήματα, καθώς φιλοξενούν νυχτερίδες, ασπόνδυλα και άλλα είδη που έχουν προσαρμοστεί στις ιδιαίτερες συνθήκες του υπόγειου περιβάλλοντος. Για τον λόγο αυτό η επίσκεψη σε μη οργανωμένα σπήλαια πρέπει να γίνεται με σεβασμό στο σπηλαιοπεριβάλλον και μόνο από κατάλληλα προετοιμασμένους επισκέπτες.