Η τραχιά μορφολογία της Κρήτης είναι άρρηκτα συνδεδεμένη με την ύπαρξη πολυάριθμων σπηλαίων. Από την προϊστορική εποχή οι άνθρωποι χρησιμοποιούσαν τις σπηλιές, όπως μαρτυρείται στις βραχογραφίες χιλιάδων χρόνων στο σπήλαιο του Ασφένδου. Μάλιστα η σημερινή λατρευτική παράδοση στις σπηλιές της Κρήτης, με την ύπαρξη δεκάδων σπηλαιωδών ναών, αποτελεί μετεξέλιξη της λατρείας των θεών της κάθε εποχής.
Αρχικά στις σπηλιές, οι Μινωίτες, λάτρευαν τους σημαντικότερους θεούς τους, όπως την Ειλειθυία, τη θεά του τοκετού. Αργότερα, τοποθέτησαν τη γέννηση και την ανατροφή του βασιλιά των Θεών, Δία, στο Δικταίο Άντρο και στο Ιδαίο Άντρο, μετατρέποντάς τα σε σπουδαία λατρευτικά κέντρα. Κατά τη Βυζαντινή εποχή, σπηλιές που σύμφωνα με την παράδοση φιλοξένησαν αγίους, όπως οι Άγιοι Παύλος, Γεράσιμος και Ιωάννης ο Ξένος, μετατράπηκαν σε ζωντανές ασκητικές κοινότητες. Πολλές σελίδες της κρητικής ιστορίας γράφτηκαν με αίμα στα σπήλαιά της, όπως οι σφαγές των Οθωμανών στα σπήλαια του Μελιδονίου, της Μιλάτου, της Κρυονερίδας και του Τηγανιού στη Γραμβούσα.
Η σπηλαιολογική και οικολογική σημασία πολλών σπηλαίων είναι τεράστια. Επισκέψιμα σπήλαια με πλούσιο διάκοσμο είναι αυτά του Ψυχρού, του Μελιδονίου και του Σφενδόνη στα Ζωνιανά. Εκτός από τα επισκέψιμα σπήλαια με θρησκευτική ή ιστορική αξία, η Κρήτη διαθέτει περισσότερα από 4.500 χαρτογραφημένα σπήλαια – σπηλαιοβάραθρα, στη διάθεση κάθε έμπειρου σπηλαιολόγου να απολαύσει το πλούσιο διάκοσμό τους και τη μοναδική τους πανίδα. Περιοχές που φιλοξενούν μεγάλο αριθμό σπηλαίων, ιδανικές για όσους ασχολούνται με σπηλαιολογία, είναι η περιοχή του όρους Στρούμπουλα στο Ηράκλειο, τα Γεωπάρκα Σητείας και Ψηλορείτη και το Μελιδόνι στα Λευκά Όρη. Μάλιστα, τα τρία βαθύτερα εξερευνημένα σπηλαιοβάραθρα της Ελλάδας βρίσκονται όλα στην Κρήτη.
Σπήλαιο Αγίας Φωτεινής και Ναός Αγίας Άννας 
Η Μονή της Αγίας Φωτεινής ήταν ερημητήριο σε σπήλαιο. Σύμφωνα με την παράδοση, η Αγία Φωτεινή έψαχνε να βρει κάποιο ήσυχο και απομονωμένο μέρος από τους υπόλοιπους ανθρώπους, ώστε να αφιερώσει το υπόλοιπο της ζωής της στον Θεό. Ενώ όμως δεν έβρισκε το μέρος που ήθελε, παρουσιάστηκε η Παναγία και κάνοντας θαύμα, άνοιξε τo σπήλαιο στο βράχο, ώστε να μπει η Αγία Φωτεινή.
Το σπήλαιο της Μιλάτου, γνωστό κι ως σπήλαιο του Ραπά, βρίσκεται 3 χλμ βορειοανατολικά της Μιλάτου, σε υψόμετρο 155μ.. Είναι γνωστό για την τραγωδία που έγινε το Φεβρουάριο του 1823, όταν ο Χασάν Πασάς, αφού κατάστρεψε και ερήμωσε το Οροπέδιο Λασιθίου, επέδραμε στην περιοχή του Μιραμπέλλου. Οι κάτοικοι, προβλέποντας την καταστροφική του μανία, κατέφυγαν σε διάφορα σπήλαια και στο σπήλαιο της Μιλάτου.
Το σπήλαιο της Αγίας Σοφίας βρίσκεται 47km νοτιοδυτικά της πόλης των Χανίων, στα δυτικά τοιχώματα των φαραγγιού των Τοπολίων. Πολύ κοντά στο σπήλαιο περνάει ο κύριος δρόμος για το Ελαφονήσι. Αριστερά από την είσοδο του σπηλαίου βρίσκεται το ομώνυμο εκκλησάκι. Η είσοδος του σπηλαίου έχει άνοιγμα 25m, ενώ το ύψος του φτάνει τα 20m. Στο σπήλαιο υπάρχουν δύο αίθουσες με διαφορετικό υψόμετρο, η επιφάνεια των οποίων είναι γεμάτη σταλακτίτες.
Το σπήλαιο του Αγίου Ιωάννη του Ερημίτη ή του Ξένου βρίσκεται κοντά στο φαράγγι Αυλάκι, Ακρωτηρίου Χανίων, μόλις μερικές εκατοντάδες μέτρα μακρύτερα από την Αρκουδοσπηλιά, στην ερειπωμένη Μονή Καθολικού και κοντά στη Μονή Γουβερνέτου. Ομοίως με την Αρκουδοσπηλιά, είναι και αυτό παλαιά κοίτη ποταμού με συνολικό μήκος περίπου 135μ. σε μορφή οριζόντιας γαλαρίας. Έχει πλούσιο διάκοσμο σε πολλά σημεία με μεγάλους σταλακτίτες και σταλαγμίτες.
Το σπήλαιο της Ειλειθυίας βρίσκεται 7χλμ. ανατολικά από το Ηράκλειο και 1χλμ. νοτιοανατολικά της Αμνισού. Αναπτύσσεται στις ανατολικές παρειές της κοιλάδας του ποταμού Καρτερού. Ο επισκέπτης θα το συναντήσει στα αριστερά του παλιού δρόμου που οδηγούσε στην Επισκοπή, με μια γέρικη συκιά να σηματοδοτεί την είσοδο του.
Το σπήλαιο των Καμαρών, γνωστό κι ως Καμαραϊκό Σπήλαιο, βρίσκεται στις Νότιες πλαγιές του Ψηλορείτη. Πιο συγκεκριμένα, βρίσκεται στις πλαγιές του όρους Σωρός, σε υψόμετρο 1700m και βορειοανατολικά του χωριού Καμάρες. Δεν είναι ιδιαίτερα σημαντικό από σπηλαιολογική σκοπιά, ωστόσο τα μινωϊκά ευρήματα που βρέθηκαν στο σπήλαιο κάνουν το σπήλαιο ένα πολύ σημαντικό αρχαιολογικό χώρο.
Ένας από τους πολλούς Νεραϊδόσπηλιους της Κρήτης και ίσως ο πιο όμορφος βρίσκεται στο χωριό Αστρίτσι Ηρακλείου. Την ονομασία του την πήρε από τη λαϊκή παράδοση της ύπαρξης νεράιδας που ζούσε μέσα στη σπηλιά και μάγευε όποιον περαστικό τύχαινε να σταματήσει μπροστά της τη νύχτα και να ακούσει το τραγούδι της.
Το σπήλαιο Τράπεζας, γνωστό κι ως Κρόνιο Σπήλαιο, βρίσκεται ανάμεσα στο χωριό Μαρμακέτο και το Τζερμιάδο, του Οροπέδιο Λασιθίου, σε υψόμετρο 860m. Βρίσκεται πολύ κοντά στον περιφερειακό δρόμο που ενώνει το Μαρμακέτω με το Γυμνάσιο του Τζερμιάδω. Υπάρχει πινακίδα που οδηγεί στο σπήλαιο από το Τζερμιάδο και από το Μαρμακέτο. Ένα ανηφορικό καλντερίμι με σκαλάκια, χωμένο μέσα σε πρίνους, οδηγεί στο σπήλαιο μετά από 5’ ανάβασης. Η είσοδος του σπηλαίου είναι δυσδιάκριτη και η θέα του Οροπεδίου από την είσοδο του είναι μαγευτική.
