Η τραχιά μορφολογία της Κρήτης είναι άρρηκτα συνδεδεμένη με την ύπαρξη πολυάριθμων σπηλαίων. Από την προϊστορική εποχή οι άνθρωποι χρησιμοποιούσαν τις σπηλιές, όπως μαρτυρείται στις βραχογραφίες χιλιάδων χρόνων στο σπήλαιο του Ασφένδου. Μάλιστα η σημερινή λατρευτική παράδοση στις σπηλιές της Κρήτης, με την ύπαρξη δεκάδων σπηλαιωδών ναών, αποτελεί μετεξέλιξη της λατρείας των θεών της κάθε εποχής.
Αρχικά στις σπηλιές, οι Μινωίτες, λάτρευαν τους σημαντικότερους θεούς τους, όπως την Ειλειθυία, τη θεά του τοκετού. Αργότερα, τοποθέτησαν τη γέννηση και την ανατροφή του βασιλιά των Θεών, Δία, στο Δικταίο Άντρο και στο Ιδαίο Άντρο, μετατρέποντάς τα σε σπουδαία λατρευτικά κέντρα. Κατά τη Βυζαντινή εποχή, σπηλιές που σύμφωνα με την παράδοση φιλοξένησαν αγίους, όπως οι Άγιοι Παύλος, Γεράσιμος και Ιωάννης ο Ξένος, μετατράπηκαν σε ζωντανές ασκητικές κοινότητες. Πολλές σελίδες της κρητικής ιστορίας γράφτηκαν με αίμα στα σπήλαιά της, όπως οι σφαγές των Οθωμανών στα σπήλαια του Μελιδονίου, της Μιλάτου, της Κρυονερίδας και του Τηγανιού στη Γραμβούσα.
Η σπηλαιολογική και οικολογική σημασία πολλών σπηλαίων είναι τεράστια. Επισκέψιμα σπήλαια με πλούσιο διάκοσμο είναι αυτά του Ψυχρού, του Μελιδονίου και του Σφενδόνη στα Ζωνιανά. Εκτός από τα επισκέψιμα σπήλαια με θρησκευτική ή ιστορική αξία, η Κρήτη διαθέτει περισσότερα από 4.500 χαρτογραφημένα σπήλαια – σπηλαιοβάραθρα, στη διάθεση κάθε έμπειρου σπηλαιολόγου να απολαύσει το πλούσιο διάκοσμό τους και τη μοναδική τους πανίδα. Περιοχές που φιλοξενούν μεγάλο αριθμό σπηλαίων, ιδανικές για όσους ασχολούνται με σπηλαιολογία, είναι η περιοχή του όρους Στρούμπουλα στο Ηράκλειο, τα Γεωπάρκα Σητείας και Ψηλορείτη και το Μελιδόνι στα Λευκά Όρη. Μάλιστα, τα τρία βαθύτερα εξερευνημένα σπηλαιοβάραθρα της Ελλάδας βρίσκονται όλα στην Κρήτη.
Σπήλαιο Μεγάλο Ψηστράκι 
Το Σπήλαιο Μεγάλο Ψηστράκι είναι βάραθρο που βρίσκεται σε υψόμετρο 950μ, στην περιοχή του Εβδόμου, στην περιφέρεια του χωριού Γωνιές Μαλεβιζίου. Στο εσωτερικό του έχει πολύ εντυπωσιακό ενεργό σταλαγμιτικό διάκοσμο, μεγάλα γκουρ, κουρτίνες και μια πανέμορφη λίμνη.
Κάτω από την Παλαιά Εθνική Οδό σχηματίζεται η μεγάλη θαλασσοσπηλιά του Κακού Όρους, ένας ιδιαίτερος γεωλογικός σχηματισμός σχετικά άγνωστος στους περισσότερους ντόπιους. Η οροφή της σπηλιάς είναι τρύπια, δημιουργώντας μια εντυπωσιακή πέτρινη καμάρα.
Το Σπήλαιο Εγγλέζου Τρύπα, Εγγλέζου Κουφάλα ή Σπηλιά Ανταρτών βρίσκεται σε απομονωμένη περιοχή του κυπαρισσόδασους της Τσίβης, στην τοποθεσία Ασφεντάμι. Στο σπήλαιο αυτό κρυβόταν κατά τον Δεύτερο Παγκόσμιο Πόλεμο αντιστασιακοί και Βρετανοί στρατιώτες, όπου και λειτουργούσαν ασύρματο για να επικοινωνούν με το Κάιρο.
Στην ευρύτερη περιοχή του χωριού Αλίκαμπος Χανίων συναντάμε αρκετά σπήλαια λόγω του ασβεστολιθικού γεωλογικού υπόβαθρου που έχει το χωριό. Ένα από αυτά τα σπήλαια είναι και το Φουρνί που βρίσκεται μέσα στο χωριό και κοντά σε σπίτια. Το Φουρνί σε αντίθεση με τα υπόλοιπα σπήλαια της περιοχής δεν διεκδικεί δάφνες σαν σπήλαιο πλούσιο σε φυσική ομορφιά και διάκοσμο αφού είναι πραγματικά φτωχό. Διεκδικεί όμως τον τίτλο του πιο φορτωμένου σε ιστορία σπηλαίου της περιοχής.
Το σπηλαιοβάραθρο Τάφκος Γιοματά βρίσκεται στην περιφέρεια του χωριού Αγιά Μυλοποτάμου, στα Ταλαία Όρη και στην τοποθεσία Γιοματάς. Αποτελεί ένα από τα ομορφότερα σπήλαια του νομού Ρεθύμνης και εξερευνήθηκε πρώτη φορά από τον Σπηλαιολογικό Όμιλο Κρήτης (ΣΠΟΚ) το 2003. Ο διάκοσμος αποτελείται από επιβλητικές κουρτίνες, σταλαγμίτες, σταλακτίτες και κολόνες.
Το Σπήλαιο των Μαρήδων βρίσκεται περίπου 300μ ανατολικά του χωριού Αδριανού και στην είσοδό του οδηγεί σύντομο μονοπάτι. Είναι μικρό σπήλαιο μήκους μόλις 20μ, με σχετικά μεγάλη είσοδο (ύψος 5μ και πλάτος 4μ). Στα πρώτα μέτρα της αίθουσας, το πλάτος είναι 4μ.
Το σπηλαιοβάραθρο Μαύρο Σκιάδι αποτελεί ένα από τα πλέον γνωστά βάραθρα της Κρήτης, κυρίως διότι έχει τη μεγαλύτερη γνωστή μονοκόμματη κατάβαση σε όλη την Ελλάδα κι από τις μεγαλύτερες στον κόσμο. Βρίσκεται στην τοποθεσία Ατζινόλακκος.
Το σπηλαιοβάραθρο του Ψακοφάραγγου βρίσκεται σε μικρό πλάτωμα σε υψόμετρο 1320 μέτρων στα όρια της κοινότητας του Ζαρού. Το όνομα το παίρνει από το φαράγγι του Ψακοφάραγγου που καταλήγει στη καρδιά του δάσους του Ρούβα
