Η τραχιά μορφολογία της Κρήτης είναι άρρηκτα συνδεδεμένη με την ύπαρξη πολυάριθμων σπηλαίων. Από την προϊστορική εποχή οι άνθρωποι χρησιμοποιούσαν τις σπηλιές, όπως μαρτυρείται στις βραχογραφίες χιλιάδων χρόνων στο σπήλαιο του Ασφένδου. Μάλιστα η σημερινή λατρευτική παράδοση στις σπηλιές της Κρήτης, με την ύπαρξη δεκάδων σπηλαιωδών ναών, αποτελεί μετεξέλιξη της λατρείας των θεών της κάθε εποχής.
Αρχικά στις σπηλιές, οι Μινωίτες, λάτρευαν τους σημαντικότερους θεούς τους, όπως την Ειλειθυία, τη θεά του τοκετού. Αργότερα, τοποθέτησαν τη γέννηση και την ανατροφή του βασιλιά των Θεών, Δία, στο Δικταίο Άντρο και στο Ιδαίο Άντρο, μετατρέποντάς τα σε σπουδαία λατρευτικά κέντρα. Κατά τη Βυζαντινή εποχή, σπηλιές που σύμφωνα με την παράδοση φιλοξένησαν αγίους, όπως οι Άγιοι Παύλος, Γεράσιμος και Ιωάννης ο Ξένος, μετατράπηκαν σε ζωντανές ασκητικές κοινότητες. Πολλές σελίδες της κρητικής ιστορίας γράφτηκαν με αίμα στα σπήλαιά της, όπως οι σφαγές των Οθωμανών στα σπήλαια του Μελιδονίου, της Μιλάτου, της Κρυονερίδας και του Τηγανιού στη Γραμβούσα.
Η σπηλαιολογική και οικολογική σημασία πολλών σπηλαίων είναι τεράστια. Επισκέψιμα σπήλαια με πλούσιο διάκοσμο είναι αυτά του Ψυχρού, του Μελιδονίου και του Σφενδόνη στα Ζωνιανά. Εκτός από τα επισκέψιμα σπήλαια με θρησκευτική ή ιστορική αξία, η Κρήτη διαθέτει περισσότερα από 4.500 χαρτογραφημένα σπήλαια – σπηλαιοβάραθρα, στη διάθεση κάθε έμπειρου σπηλαιολόγου να απολαύσει το πλούσιο διάκοσμό τους και τη μοναδική τους πανίδα. Περιοχές που φιλοξενούν μεγάλο αριθμό σπηλαίων, ιδανικές για όσους ασχολούνται με σπηλαιολογία, είναι η περιοχή του όρους Στρούμπουλα στο Ηράκλειο, τα Γεωπάρκα Σητείας και Ψηλορείτη και το Μελιδόνι στα Λευκά Όρη. Μάλιστα, τα τρία βαθύτερα εξερευνημένα σπηλαιοβάραθρα της Ελλάδας βρίσκονται όλα στην Κρήτη.
Σπήλαιο Ασφένδου (Σκορδαλάκια) 
Βρίσκεται κοντά στο ομώνυμο χωριό των Σφακίων, σε μια απόκρημνη πλαγιά, στη θέση Σκορδαλάκια, πήρε την ονομασία του από τα φυτά που φυτρώνουν εκεί, στο δρόμο από Ασφέντου προς Καλλικράτη και έχει μπροστά του ένα πλάτωμα με έκταση 2000 περίπου τετραγωνικά μέτρα.
Στην βόρεια είσοδο του οροπεδίου του Ομαλού Χανίων συναντάμε το επιβλητικό σπηλαιοβάραθρο του Τζανή ή Καταβόθρα ή Χώνο. Ο Σπήλιος του Τζανή όπως λέγεται από τους ντόπιους είναι ένα από τα μεγαλύτερα βάραθρα της Ελλάδας με συνολικό μήκος διαδρομών περίπου 3000 μέτρα στο εσωτερικό της γης ενώ ακόμα δεν έχει τελειώσει η πλήρης εξερεύνηση και χαρτογράφησή του.
Το σπήλαιο του Κουρνά βρίσκεται στη θέση Κερατιδέ, δυτικά του χωριού Κουρνάς, και είναι από τα πιο όμορφα σπήλαιο των Χανίων. Η κάθοδος στον κυρίως χώρο είναι λίγο δύσκολη, αλλά ο πλούσιος σπηλαιοδιάκοσμος με τις όμορφες αποχρώσεις και συνθέσεις θα σας αποζημιώσει.
Ο Χαϊνόσπηλιος βρίσκεται στη θέση Συκιά, 200 μέτρα έξω από τον οικισμό Καμαράκι. Το σπήλαιο ονομάζεται και Μαρμαρόσπηλιος, ενώ πολλοί ντόπιοι το γνωρίζουν ως «Λαβύρινθο». Είναι ένα μακρόστενο σπήλαιο με μορφή γαλαρίας που αποτελεί τμήμα της κοίτης παλαιού υπόγειου ποταμού.
Το σπήλαιο της Κρυονερίδας βρίσκεται στη χαράδρα Λαγγός, νοτιοδυτικά από το χωριό Βαφές, σε υψόμετρο 230μ.. Το σπήλαιο δεν έχει ιδιαίτερη σπηλαιολογική αξία, αλλά έχει τεράστια ιστορική σημασία, καθώς εδώ βρήκαν τραγικό θάνατο οι κάτοικοι του χωριού Βαφές το 1821.
Ο Γουμενόσπηλιος είναι ένα μικρό σπήλαιο που βρίσκεται μέσα στο Αγιοφάραγγο, περίπου 80km νότια του Ηρακλείου. Η είσοδος του είναι πολύ μικρή, αλλά μέσα μεγαλώνει και η οροφή έχει μια τρύπα από όπου μπαίνει το φως, θυμίζοντας θολωτό τάφο. Το σπήλαιο δεν έχει διάκοσμο, αλλά παρόλα αυτά είναι ιστορικό.
Λίγα μέτρα από τα τελευταία σπίτια του χωριού Σαμωνάς, το 1994, κατά τη διάρκεια διάνοιξης δρόμου, ανακαλύφτηκε μικρό σπήλαιο με πολύ πλούσιο διάκοσμο και μικρή λίμνη. Για την κάθοδο στο σπήλαιο χρησιμοποιείται σκάλα.
Το σπήλαιο Γερανίου είναι από τα σημαντικότερα και ομορφότερα σπήλαια του Νομού Ρεθύμνου αλλά και της Κρήτης ολόκληρης. Βρίσκεται 7 χιλιόμετρα δυτικά του Ρεθύμνου, στην τοποθεσία «Καμάρι» και κοντά στην παραλία του Γερανίου.
