Στο Ηράκλειο υπάρχουν πολλά φαράγγια, με τα περισσότερα από αυτά να διασχίζουν τους όγκους του Ψηλορείτη και των Αστερουσίων Ορέων. Τα Αστερούσια διαθέτουν υπέροχα πεζοπορικά φαράγγια, με πιο σημαντικά του Αγιοφάραγγου, του Μάρτσαλου και του Τράφουλα. Ωστόσο, το διασημότερο φαράγγι είναι του Γάφαρη στον Ψηλορείτη, που διασχίζει το μαγευτικό δάσος του Ρούβα. Άλλα φαράγγια του Ψηλορείτη είναι του Κρουσώνα, μέσα από το οποίο διερχόταν το Μινωικό μονοπάτι για το Ιδαίον Άντρον, του Βρωμονερού, το Βοριζανό και τα δύο μικρά φαράγγια των Ασιτών. Κοντά στην πόλη, υπάρχουν τα καταπράσινα φαράγγια του Καρτερού, το Κουναβιανό, το Αρχανιώτικο, του Αλμυρού και του Βενεράτου. Στις δυτικές υπερώιες των Λασιθιώτικων βουνών υπάρχουν επίσης τα φαράγγια της Ρόζας, της Αμπέλου, της Αποτύπωσης και κοντά στη Χερσόνησο το φαράγγι του Αποσελέμη.
Εκτός από τα περιπατητικά αυτά φαράγγια, κυρίως η περιοχή των Αστερουσίων Ορέων στο νότιο Ηράκλειο φιλοξενεί πολλά τεχνικά φαράγγια, που έχουν ασφαλιστεί και χρησιμοποιούνται συχνά για την εκπαίδευση νέων canyoners.
Φαράγγι Κουδουμά 
Το φαράγγι του Κουδουμά ή Κόφινα ξεκινάει σε υψόμετρο περίπου 1000μ κοντά στη βάση της ψηλότερης κορυφής των Αστερουσίων, του Κόφινα και καταλήγει στην παραλία της Μονής Κουδουμά. Το αρχικό τμήμα του φαραγγιού απίστευτης ομορφιάς, που οι ντόπιοι ονομάζουν Καταρράκτη ή Καιάδα, είναι τεχνικό με 8 καταβάσεις, με τη μεγαλύτερη στα 90 μέτρα.
Το φαράγγι του Μύντρη (ή Μίντρη) ξεκινάει κοντά στο χωριό Φίλιπποι της Μεσαράς και καταλήγει στο λιμάνι του Τσούτσουρα, αφού διανύσει απόσταση 6km. Είναι πολύ ανοικτό φαράγγι, χωρίς κάθετα τοιχώματα.
Το Ποροφάραγγο ή Σφακορύακο είναι μικρό φαράγγι με μήκος σχεδόν 2 χλμ που ξεκινάει από την Κάτω Βάθεια και καταλήγει κοντά στο Βραχόκηπο. Μέσα του περνάει ο ποταμός Κρομμυδιάς που μεταφέρει τα νερά του στην παραλία του Κοκκίνη Χάνι.
Ανατολικά του χωριού Βορίζα, στους πρόποδες του Ψηλορείτη, ξεκινάει ένα δασωμένο με πρίνους, άνυδρο φαράγγι που οδηγεί στο οροπέδιο της Νίδας και στο Ιδαίον Άντρον. Στην αρχή το φαράγγι είναι αρκετά απότομο με μικρούς καταρράκτες και κατακόρυφα πρανή στον κατακερματισμένο ασβεστόλιθο, σύντομα όμως ανοίγει διασχίζοντας μια περιοχή με μεγάλους πρίνους και πλούσια χλωρίδα στην οποία μπορεί να συναντήσει πολλά ενδημικά φυτά της Κρήτης.
Το φαράγγι του Έλιγκα είναι ένα μνημείο φυσικής ομορφιάς και βρίσκεται στη δυτική πλάγια της κορυφής του βουνού Κούπα της οροσειράς Δείκτη, κοντά στο χωριό Μηλιαράδω στην Έμπαρο. Είναι ουσιαστικά ένας ψηλός καταρράκτης με εννέα καταβάσεις, ιδανικός για canyoning, και με απίστευτους γεωλογικούς σχηματισμούς. Η υψομετρική διαφορά εισόδου – εξόδου είναι περίπου 230m.
Στη νοτιοανατολική πλευρά του Αφέντη Χριστού πάνω από τα χωριά του Κάμπου της Εμπάρου στο νότιο Ηράκλειο συναντάμε το κατάφυτο από αμπέλια οροπέδιο της Εργάνου σε 900 μέτρα υψόμετρο. Τα νερά που μαζεύονται από τα χιόνια των γύρω πλαγιών και από τις πολλές πηγές της περιοχής δημιουργούν τον κυριότερο παραπόταμο του Αναποδάρη τον Μπαρίτη ποταμό ο οποίος αφού διασχίσει το οροπέδιο της Εργάνου δημιουργεί το άγριο φαράγγι της Εργάνου, γνωστό στους ντόπιους ως Ράι.
Το φαράγγι της Αμπέλου βρίσκεται νοτιοανατολικά του οικισμού των Γωνιών, περίπου 1 χλμ από τα νότια όρια του οικισμού. Η προσέγγιση του γίνεται εύκολα με αγροτικό δρόμο ο οποίος διασχίζει το φαράγγι σε όλο το μήκος του παράλληλα με την κοίτη του, που είναι παραπόταμος του ποταμού Αποσελέμη.
Το Ξεροφάραγγο βρίσκεται νότια του χωριού Καλάμι Βιάννου, 75km νοτιοανατολικά του Ηρακλείου. Είναι ένα μικρό φαράγγι ιδανικό για canyoning (γνωστό στους canyoners ως Καλάμι ΙΙ) που τερματίζει πολύ κοντά στην παλιά εκκλησία της Παναγιάς της Κεραλιμενιώτισσας, όπου τερματίζει και το φαράγγι του Καλαμιού.
