Τα φαράγγια της περιφερειακής ενότητας Ηρακλείου σχηματίζονται κυρίως στους ορεινούς όγκους του Ψηλορείτη και των Αστερουσίων, αλλά και στις δυτικές απολήξεις της Δίκτης. Στα Αστερούσια κυριαρχεί το ξηρό και βραχώδες τοπίο, με φαράγγια που καταλήγουν σε απομονωμένες ακτές του Νότιου Κρητικού Πελάγους. Γνωστότερα πεζοπορικά φαράγγια είναι το Αγιοφάραγγο, το Μάρτσαλο και ο Τράφουλας, ενώ στην ίδια οροσειρά υπάρχουν πολλά τεχνικά φαράγγια με κατακόρυφες καταβάσεις και καταρράκτες.

Στον Ψηλορείτη ξεχωρίζει το φαράγγι του Γάφαρη και το δάσος του Ρούβα. Στην ίδια ορεινή ζώνη βρίσκονται το φαράγγι του Κρουσώνα, το Βοριζανό και τα φαράγγια των Ασιτών. Οι διαδρομές αυτές συνδυάζουν το τραχύ ορεινό ανάγλυφο με δάση, πηγές και παλιές διαβάσεις που συνέδεαν τις βόρειες περιοχές με την ενδοχώρα του Ψηλορείτη.

Κοντά στην πόλη του Ηρακλείου αναπτύσσεται το ενιαίο οικοσύστημα των φαραγγιών του Καρτερού, του Κουναβιανού και του Αρχανιώτικου, ενώ δυτικότερα βρίσκονται τα φαράγγια του Αλμυρού και του Βενεράτου. Στις δυτικές πλαγιές της Δίκτης σχηματίζονται τα φαράγγια της Ρόζας και της Αμπέλου, ενώ κοντά στη Χερσόνησο βρίσκεται το φαράγγι του Αποσελέμη.