Ο αρχαιολογικός χώρος των Μαλίων βρίσκεται 3km ανατολικά των Μαλίων, δίπλα στον υδροβιότοπο της περιοχής και πολύ κοντά στη θάλασσα. Εδώ υπήρξε μια σημαντική μινωική πόλη και το τρίτο μεγαλύτερο σε μέγεθος μινωικό ανάκτορο, μετά της Κνωσού και της Φαιστού.
Η αρχαία πόλη Άπτερα ιδρύθηκε τον 8ο αιώνα π.Χ. σε μια πανοραμική θέση που ελέγχει τον κόλπο της Σούδας και γνώρισε την ακμή της στα Ελληνιστικά χρόνια. Εγκαταλείφθηκε τα Αραβικά χρόνια, όταν καταστράφηκε από τους πειρατές.
Η αρχαία Λύκτος ή Λύττος βρίσκεται κοντά στον οικισμό Ξιδάς της Επαρχίας Πεδιάδος. Η πόλη ήταν μια από τις ισχυρότερες της Κρήτης, αιώνιος εχθρός της Κνωσού, και είχε λιμάνι της τη Χερσόνησο.
Το Καρφί είναι ένα μεγάλο βραχώδες εξόγκωμα στις κορυφές των Δικταίων Όρεων, με απίστευτη θέα προς τις βόρειες ακτές της Κρήτης και το Οροπέδιο Λασιθίου, κοντά στη Μονή Κεράς Καρδιωτίσσης. Στη κορυφή του, σε υψόμετρο 1200m, έχουν εντοπιστεί ίχνη από μινωικό ιερό κορυφής.
Η αρχαία Ίτανος υπήρξε μια από τις ισχυρότερες πόλεις της Κρήτης, ειδικά κατά τους Ελληνιστικούς και ελληνορωμαϊκούς χρόνους. Το όνομα της προέρχεται από τον ιδρυτή της Ίτανο, που καταγόταν από την Φοινίκη. Η επικράτεια της στην ακμή της έφτανε από το ακρωτήριο Σαμώνιο.
Στη θέση Ανεμόσπηλια , στη βόρεια πλαγιά του όρους Γιούχτας, βρέθηκε το 1979 από τους Γ. και Ε. Σακελλαράκη ένα μικρό ιερό της μινωικής Κρήτης που εξέπληξε την αρχαιολογική κοινότητα. Το μικρό αυτό ιερό έδωσε την πρώτη ένδειξη ανθρωποθυσιών στη Μινωική Κρήτη.
Ο αρχαιολογικός χώρος των Γουρνιών βρίσκεται σε μικρό λόφο δυτικά της Παχιάς Άμμου, δίπλα στον δρόμο που συνδέει τον Άγιο Νικόλαο με την Ιεράπετρα, 19km ανατολικά του Αγίου Νικολάου. Η πόλη ήκμασε την μινωική περίοδο και αποτελεί τον πληρέστερα ανεσκαμμένο μινωικό οικισμό στην Κρήτη.
Η μινωική Κυδωνία ήταν κτισμένη στη σημερινή περιοχή της παλιάς πόλης των Χανίων. Η Κυδωνία ήταν η τρίτη μεγαλύτερη πόλη της μινωικής Κρήτης. Ανέπτυξε ακμαία βιοτεχνία και πλούτισε μέσα από το θαλάσσιο εμπόριο, το οποίο ευνοούσε η θέση της. Μάλιστα, οι αρχαίοι συγγραφείς αναφέρουν την Κυδωνία ως τη μητέρα των Κρητικών Πόλεων.